聚焦基因組組裝至今最大組裝競賽尋找最優基因組指標
2013年7月23日，由華大基因和BioMed Cental聯合創辦的開放式期刊《GigaScience》發表了當前最大、最系統的基因組組裝過程及評價結果。在第二屆Assemblathon競賽中，共有21個團隊基于由三種不同的測序技術所得的鳥、魚和蛇的未組裝基因組數據，提交了43個組裝結果，其中來自華大基因的SOAPdenovo團隊也參與了此次競賽。通過對每個組裝結果進行100多次評定，大賽共選出十項與組裝質量相關的關鍵性指標。 這項研究結果經過特殊的同行評議得以發表。Assemblathon2存放在一個存檔服務器上(http://arxiv.org/abs/1301.5406 )，指定評審人可以登錄該服務器對文章進行評審。由于數據公開存放，作者之間可以自由討論，《GigaScience》編輯也非常鼓勵這種同行評審間的開放性探討。 隨著新的物種基因組以幾乎每天一個的速度公布，基因組學研究也不斷加速且更便宜......閱讀全文
印度實施大規模基因組測序計劃
據4月19日《印度教徒報》消息，印度將實施一項涉及1萬人的基因組測序項目，以便進一步開展相關疾病防治研究。 2003年人類基因組首次被測序，開啟了將個體特定基因與疾病相關聯的新途徑。包括囊性纖維病、珠蛋白生成障礙性貧血等在內的近萬種疾病與單個基因故障有關。同時基因還可能對特定藥物具有不同敏感性
近期最受關注的基因組測序研究
想象一下有人遞給你一杯奶昔，要你鑒別出里面所有的東西。或許你能夠辨別出有一點點的草莓或是酸奶的味道。但總體上它的味道就像是無法分辨的成分構成的混成品。 現在再想象一下，這杯奶昔是由來自大腦的2萬個碾碎了的細胞所組成。你可以通過測試來確定樣本中有什么分子，這就是科學家們現在所做的事情。這當然會提
基因組測序的方法和臨床應用
基因組測序主要有兩種方法?鳥槍法?和克隆重疊群法。臨床全外顯子測序是針對人類全部基因的外顯子進行檢測，適用于一些難以判斷病因的復雜遺傳病的診斷，是一種常用的基因組測序方法。
近期最熱門的基因組測序成果
生物通報道：The scientist雜志對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點，包括瀕臨滅絕的幾維鳥和極其聰明的章魚。 種屬：甜瓜（Cucumis melo） 西班牙和意大利的研究團隊在Molecular Biology and Evolution雜志上率先發布了七個甜瓜品種的基因組分
PacBio完成大型基因組測序項目
什么叫PacBio技術應用到大型基因組測序項目中會大打折扣，在哪個環節大打折扣?提出這個問題的讀者幾乎都是抱有同樣的心態，盡管大多數讀者都基本認同了，如果為了得到Finishing Genome，那么PacBio無論技術和成本，理論上都是最低的，但即使這樣，客觀成本還是高的嚇人，而假如將就D
首個蕨類植物基因組測序完成
蕨類植物是地球上最多樣化的植物種群之一，也是僅有的沒有完成基因組測序的主要植物種群。2018年7月18日，美國康奈爾大學研究人員在《自然-植物》期刊上發表了其完成蕨類植物基因組測序的結果。 蕨類植物的基因組較大，可以擁有多達720對染色體，包含多達1480億個堿基對的DNA序列（Gb）。相比之
關于全基因組測序的應用介紹
全基因組測序的應用：通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成SNP及基因組結構注釋。 DNA突變可誘發癌癥。吸煙過程中所釋放的>60種致癌化學物質可與DNA結合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進行化學修飾從而產生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結構，如果不被核苷酸剪切修復
Nature－Methods發布基因組測序新工具
十月十七日Nature Methods雜志發表的一項研究顯示，新測序技術與新算法的結合可以為人們揭示復雜基因組的詳細信息。加州大學戴維斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人員的FALCON-Unzip算法能夠將長讀取測序數據裝配成高度準確、連續和正確定相的二倍體基因組。 隨
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
近期最熱門的基因組測序成果
大千世界無奇不有，這都是進化的功勞。大航海時代，科學家們揚帆遠航去探索大自然的神奇造化。如今，科學家們正在測序技術的幫助下進一步揭示生命的奧秘。The scientist雜志對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點，華大基因參與的兩項測序研究格外引人矚目。 種屬：長頸鹿和okapi 基因組
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
Nature：實時、便攜式基因組測序
埃博拉病毒（EBOV）感染人類會引起致命的出血熱，發病率和病死率極高。2014年這種病毒在西非造成了嚴重的疫情，死亡人數已經超過11,000人。今年一月份，就在人們以為這場疫情正式結束之際，塞拉利昂又出現了新的病例。 本期Nature雜志發表的一項新研究展示了便攜式基因組測序儀在這次疫情中起到
埃博拉基因組測序發布重要發現
來自巴斯德研究所（Institut Pasteur）、法國國家科學研究中心和悉尼大學的科學家們，通過對在幾內亞流行的埃博拉病毒株進行基因組測序，追蹤了病毒的傳播，并監測了這一國家的病毒進化情況。 研究揭示出有三種不同的病毒變種在幾內亞，尤其是首都的城市區域和附近的市鎮同時傳播，研究人員在發表
PacBio助力感染菌株基因組重測序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遺傳與基因組中心的副主任。他目前領導著一些專攻治療和診斷的合作項目，而他自己的研究也主要在病原體檢測，藥物基因組學，睡眠與遺傳的關系幾個方面展開。在加入西奈山之前，他曾經就職于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
HiSeqXTen開創基因組測序的新時代
新年伊始，Illumina公司在第32屆摩根大通保健大會上重磅推出最強大的測序儀：HiSeq X Ten。這一套測序系統包括10臺HiSeq X測序儀，適合群體規模的測序項目。據Illumina介紹，HiSeq X Ten首次讓$1000的基因組測序成為現實。以Illumina成熟的
華大基因發布基因組測序新成果
來自深圳華大基因研究院的研究人員，對4種代表性的彈涂魚（mudskippers）進行了基因組測序，由此闡明了兩棲魚類適應陸地生活環境的分子機制。相關研究論文發布于12月2日的《自然通訊》（Nature Communications）雜志上。 深圳華大基因研究院的石瓊(Qiong Shi)研究員
《自然》封面：大熊貓基因組測序
由深圳華大基因研究院發起，中國科學院昆明動物研究所、中國科學院動物研究所、成都大熊貓繁育研究基地和中國保護大熊貓研究中心參與的合作研究成果《大熊貓基因組測序和組裝》，1月21日以封面故事形式在國際權威雜志《自然》上發表。 在國家林業局、深圳市政府、深圳市鹽田區政府及相關企業的支持下，“
Nature子刊發布重磅測序技術：基因組和轉錄組平行測序
四月二十七日的Nature Methods雜志上發布了一項引人注目的測序技術，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。該技術能夠實現大規模的DNA和RNA平行測序，同時展現單個細胞的基因組序列和基因活性。 研究人員用G&T-seq對220個小鼠
科學家進行基因組測序－成功破譯金雕基因組
?? 作為一種知名度極高的猛禽，金雕經常以威猛霸氣的形象出現在影視作品和小說中。現在，英國研究人員完成了對金雕的基因組測序工作，希望從基因層面深入了解這一物種，以便更好地保護它們。 金雕以巨大的體型和敏捷有力的飛行等特征而著名，其成鳥的翼展平均超過2米，體長可達1米。金雕一般生活于多山或丘陵地區
宏基因組學技術測序木乃伊的肺結核基因組
來自華威大學的研究者使用宏基因組學技術發現215年之久的木乃伊的肺結核基因組。 由Mark Pallen帶領的研究團隊試圖用技術來發現組織學標本中的肺結核的DNA。 宏基因組學是一種從樣本中檢測DNA序列的技術，并且樣本不需要培養或擴增。這種方法避免了與細菌培養或DNA擴增
The－scientist：值得關注的基因組測序新成果
佛羅里達大學的神經科學家Leonid Moroz領導研究團隊，在五月二十一日的Nature雜志上發布了櫛水母Pleurobrachia bachei的基因組，以及其他十種櫛水母的基因表達數據。他們的分析指出，櫛水母可能是動物界最早的一支，獨立發展出了復雜的神經和肌肉系統。 研究人員發現，櫛水母
Nature－Genetics：全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來
今年底要測序3000個基因組
1月17日，美國《國家科學院院刊》刊發了一組文章，描述了地球生物基因組計劃（EBP）的目標、迄今的成就和下一步的行動。這意味著旨在繪制地球上所有植物、動物、真菌和其他微生物基因組圖的EBP進入一個新階段，從試點項目轉向全面測序。“EBP特輯報道了生物學史上最大規模協同工作的本質和激動人心之處。”EB
300多種反芻動物基因組將測序
據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。該項目建立在T2T聯盟最新發布的一系列重要成果的基礎之上
高質量沙漠蝗蟲基因組測序完成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481733.shtm 近日，美國農業部農業研究院（ARS）的一項研究公布了第一個高質量沙漠蝗蟲基因組。這項研究是ARS的Ag100Pest計劃的一部分。該計劃旨在破譯對農業和環境產生影響的100種害蟲
科學家完成古老綠藻基因組測序
已知最小的真核生物Micromonas之一的電子斷層切片( 0.5微米厚) 一個國際研究小組日前對兩株被認為屬于同一種藻類的古老綠藻進行了基因組測序，結果發現二者的基因只有90%相同。由于研究所用的綠藻位于真核生物生命樹底部，科學家認為，這一發現為研究藻類以及陸地植物的進化提供了新線索
300多種反芻動物基因組將測序
科技日報北京8月8日電（記者劉霞）據最新一期《自然·遺傳學》雜志報道，由多個機構組成的國際“端粒對端粒（T2T）”聯盟正在推進“反芻動物端粒-端粒”項目，旨在對300多種反芻動物的基因組進行測序。研究團隊期望通過測序得到的基因組圖譜，推動農業的發展并促進動物保護工作的深入開展。該項目建立在T2T聯盟