Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individual specie)為對象獲得的研究成果。大約在10年前，科研人員們開始獲得自然環境中存在的、非人工培養的細菌或古細菌(archaea)的基因組草圖，這些基因組數據為科研人員們了解這些微生物在自然環境中的作用打開了一條新的渠道。這就是所謂的宏基因組學(metagenomics)技術，該技術的發展現在已經可以做到從多個不同的環境樣本中快速、準確地獲得環境微生物的基因組序列。這些成果有可能會徹底顛覆我們對生命之樹結構，以及各個物種代謝能力的理解和認識。生物信息學的飛速發展也提供了另外一種便利，由于能夠全面了解遺傳信息和數據，所以能夠快速......閱讀全文
基因序列揭示非洲人早期歷史
人類在非洲的早期歷史正日益成為人們關注的焦點。一項新的研究對源自這片大陸的十幾個族群的180個基因組進行了研究，其中一些基因組之前從未被分析過。 初步研究結果表明，在4萬多年前，其中兩個族群（桑人和巴卡人）的規模相當于當時其他族群的兩倍，并且這兩個族群生活在中東部非洲或南部非洲。 研究人員在
首次測定玉米蛇基因組序列
在現有的5000種哺乳動物中，有超過100種已經進行了基因組測序，但是，只有9種爬行動物（在10000個物種當中）的基因組對科學界來說是可用的。最近，瑞士日內瓦大學（UNIGE）的一個研究小組，構建了一個大的數據庫，其中就包括一種爬行動物——玉米蛇的新基因組測序，這種蛇越來越多地被用來了解爬行動
3000株水稻基因序列公開發表
近日，3000株水稻基因組測序文章在GigaScience正式發表，且整套水稻基因序列以可引用形式在該雜志的附屬開放獲取數據庫GigaDB中公開。 該項目產生的數據是目前已公開水稻序列數據量的四倍。該成果標志著3000株水稻基因組項目第一階段的完成，主要由中國農業科學院、國際水稻研究
結構基因的側翼序列的介紹
1、前導區和尾部區 此二區被轉錄并參與成熟mRNA的組成，但不被翻譯，前者位于轉錄起始點和第一外顯子之間，相當于mRNA5’端的非翻譯區(5’UT)；后者位于最末外顯子和終止子之間，相當于mRNA3’端非翻譯區(3'UT)。前導區和尾部區轉錄后的相應序列在mRNA中起維持mRNA穩定性的
如何設計基因cds序列的pcr引物
提取細胞總RNA然后用試劑盒反轉錄成cDNA，用cDNA作為模板擴增基因的CDS區，然后想要轉染進細胞中。比如MYOD1基因，首先在NCBI找到它的mRNA序列，然后找到它的CDS序列，全部復制下來，在primer5.0中。正向引物直接從CDS的第一個核酸開始（比如18bp），反向引物從CDS最后一
概述釀酒酵母的基因組序列
1996年6月，在國際互聯網的公共數據庫中公布了釀酒酵母的完整基因組順序，它被稱為遺傳學上的里程碑。因為首先，這是人們第一次獲得真核生物基因組的完整核苷酸序列；其次，這是人們第一次獲得一種易于操作的實驗生物系統的完整基因組。 [10] 在釀酒酵母測序計劃開始之前，人們通過傳統的遺傳學方法已確定
萬人藥物基因組研究項目采用羅氏NimbleGen序列捕獲技術
來自美國的藥物基因組研究專家將開展一個由一萬人參加的藥物基因組項目，將參加這個的醫療記錄與他們的基因組信息進行關聯，這些信息主要包括了84個與藥物應答相關的基因情況。 為了獲得與藥物治療相關的基因信息，研究人員將利用NimbleGen序列捕獲產品，從全基因組DNA中富集這些
胡蘿卜基因組序列草圖成功繪出
來自美國的一個研究小組稱，他們完成了對30余種胡蘿卜樣品的測序，繪制出了胡蘿卜基因組序列草圖。這很可能是迄今最完整的蔬菜基因組序列草圖。研究人員稱，這一研究闡明了胡蘿卜的起源和演化過程，對改善胡蘿卜和其他農作物的營養價值提供了可能。相關論文在線發表在《自然·遺傳學》雜志網站上。 胡蘿卜和生菜
新軟件按需組裝無縫基因組序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日報北京2月16日電?（記者張夢然）美國國立衛生研究院研究人員發布了一種創新的軟件工具，用于組裝來自各種物種的真正完整（即無縫）的基因組序列。這種名為Verkko的軟件在芬蘭
科學家首次完成蜈蚣基因序列測定
日前，科學家完成了蜈蚣的基因組測序的測定。結果表明，它們的基因數量比人類大約少三分之一。科學家以生活在西北歐沿海的一種常見蜈蚣物種作為測序對象。參與該項研究的106名科學家來自10多個國家和地區。 研究表明，蜈蚣的基因組大小是人類基因組的十分之一，含有的基因數量是人類的三分之二，共1.5萬個，
關于斷裂基因的調控序列種類介紹
①在5′端轉錄起始點上游約20～30個核苷酸的地方，有TATA框(TATA box)。TATA框是一個短的核苷酸序列，其堿基順序為TATAATAAT。TATA框是啟動子中的一個順序，它是RNA聚合酶的重要的接觸點，它能夠使酶準確地識別轉錄的起始點并開始轉錄。當TATA框中的堿基順序有所改變時，m
－震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！
?震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！ 隨著基因組測序技術的飛速發展以及測序成本的快速降低，全基因組數據也在急速增加。盡管參考基因組數據是非常有價值的資源，但是由于測序過程中的外源污染或者研究者對數據組裝方法的誤用，使得基因組數據面臨很多問題。 近日，約翰霍
科學家首次發現重度抑郁基因序列
【新聞事件】：本周《自然》發表了一篇重要論文。在分析5303例漢族女性重度抑郁患者和5337名對照的DNA序列后發現兩個和重度抑郁相關的基因序列。一個緊靠SIRT1，另一個是LHPP的內含子。這是科學家第一次把重度抑郁和某個基因序列可靠地聯系在一起，為以后藥物開發打下基礎。 【藥源解析】：抑郁
白菜甘藍油菜全基因組序列測定
? 由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果,獲得了白菜全基因組的精細圖,甘藍和油菜全基因組的框架圖。 研究表明，白菜、甘藍和油菜的基因組大小分別約為5億、6.5億和11億個堿基對,白菜和甘藍含有的基因總數目分別約4.2萬和4.5萬個,油菜基因覆蓋度85%以上。該
怎么樣通過引物序列找目的基因
你先看看你引物序列是什么吧，如果是巢氏PCR的引物，很有可能一部分序列是不在靶基因中的。即使是一般的PCR引物，也可以只有3'端的一部分序列與靶基因匹配即可。如果你想驗證，直接合成后PCR，然后測序，驗證下是不是得到EGFR序列即可。當然，你也可以根據EGFR基因自己設計引物，這個很容易。
馬鈴薯基因組序列框架圖全球發布
中國科學家的創新性思路助推測序工作提前完成 9月23日，由14國科學家組成的“國際馬鈴薯基因組測序協作組”分別在北京、阿姆斯特丹、倫敦、紐約、利馬等地同時宣布了馬鈴薯基因組序列框架圖的完成。此次公布的馬鈴薯基因“藍圖”繪制工作的中國參與單位主要來自中國農業科學院蔬菜花卉所和深圳華大基因研究院。
草魚全基因組序列圖譜繪制完成
近日，記者從中國科學院水生生物研究所獲悉，該所魚類功能基因組學學科組負責的草魚全基因組序列圖譜繪制完成。該成果由水生生物研究所、中國科學院國家基因研究中心和中山大學等機構合作完成，相關研究成果于5月4日在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 據該所研究員汪亞平介紹，該研究采用鳥槍法測序策略，分別對一
四篇Science文章公布最新基因組序列
小麥是全球最重要的糧食作物之一，提供了20%人類所需的熱量。2010年英國科學家宣布他們繪制出了小麥基因組草圖，但這一序列并不完整。在7月17日Science雜志上，兩個研究組分別公布了Chinese Spring小麥品種的每個染色體臂的基因組序列，以及小麥染色體3B基因組序列，另外兩個研究小組
牡蠣全基因組序列圖譜繪制完成
牡蠣基因組部分序列及其分析牡蠣基因組計劃（OGP）團隊成員在深圳華大基因研究院討論項目中國科學院海洋研究所和深圳華大基因研究院簽約儀式牡蠣是產量最大的海水養殖動物 牡蠣養殖 近日，牡蠣基因組計劃（Oyster Genome Project，OGP）項目組宣布，
新“基因魔剪”按需敲入長DNA序列
北京11月27日電 據最新一期《自然·生物技術》發表的一項研究，在CRISPR基因編輯系統的基礎上，美國麻省理工學院研究人員設計了一種新工具，可以更安全、更高效的方式剪除有缺陷的基因并用新基因替換它們。 使用這個系統，研究人員可將長達36000個DNA堿基對的基因傳遞給幾種類型的人類細胞，以及小
我國獲得輸入性黃熱病毒全基因序列
國家衛計委13日通報，我國確診一例輸入性黃熱病病例。今日，記者從中國疾控中心獲悉，該中心病毒病預防控制所和北京市疾病預防控制中心合作，獲得了輸入性黃熱病病毒的全基因序列。 據悉，中國疾控中心病毒病預防控制所和北京市疾病預防控制中心合作，在病人血液標本中直接獲得了病毒全基因組序列。該病毒基因組全
《Genome－Research》：根據基因組序列預測MRSA毒性
微生物毒力一直是一個復雜的多因素表型，與病原體的進化軌跡有著復雜的關聯。毒性，破壞宿主細胞膜和粘附的能力，粘附到人體組織的能力，是許多細菌病原體的主要毒力因子，包括金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。 金黃色葡萄球菌是臨床上常見的毒性較強的細菌，自從上世紀40
《科學》：毛發助科學家測定猛犸基因序列
丹麥和美國的科學家近日利用來自俄羅斯凍土帶的十頭猛犸(Mammuthus primigenius)毛發標本，成功拼湊出了猛犸的線粒體DNA序列。這一成果顯示了毛發驚人的抗降解能力，以及它在獲得遠古DNA片斷方面出人意料的有用性。相關論文發表在9月28日的《科學》雜志上。?領導最新研究的是丹麥哥本哈根
史上最全小麥基因組序列圖集問世
??據最新一期《自然》雜志報道，加拿大薩斯喀徹溫大學領導的國際團隊在一項對全球小麥生產具有里程碑意義的研究——10+基因組計劃中，對代表全球育種計劃的15個小麥品種的基因組進行了測序。這將使科學家和育種人員能夠更快地識別出具有影響力的基因，從而提高小麥產量、害蟲抗性和其他重要的農作物性狀。 小麥
中國新型冠狀病毒的基因組序列
《自然》雜志2月3日發表了新型冠狀病毒的基因組序列（論文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒樣本系從一名曾在最先爆發疫情的海鮮市場工作過的患者體內分離得到。基因組分析顯示，該病毒與此前在
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定2
目前應用的兩種快速序列測定技術是Sanger等（1977）提出的酶法（雙脫氧鏈終止法）和Maxam（1977）提出的化學降解法。雖然其原理大相徑庭，但這兩種方法都同樣生成相互獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組核苷酸都有共同的起點，卻隨機終止于一種（或多種）特定的殘基，形成一系列以某一特定核苷酸
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定3
2．利用末端轉移酶和α-32P-ddNTP標記DNA的3ˊ-末端 在二價陽離子存在下，末端轉移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羥基末端，如果作為底物的核苷酸經過修飾（如ddNTP），則可以在DNA的3ˊ-OH上僅加入一個核苷酸。對于雙鏈DNA片段，亦存在DNA的兩側均被標記問題，可通過上述同
測序技術及DNA序列測定結果分析
實驗概要?在分子生物學研究中，DNA的序列分析是進一步研究和改造目的基因的基礎。目前用于測序的技術主要有Sanger等（1977）發明的雙脫氧鏈末端終止法和Maxam和 ? Gilbert（1977）發明的化學降解法。這二種方法在原理上差異很大，但都是根據核苷酸在某一固定的點開始，隨機在某一個特定的
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定1
㈣ DNA聚合酶 如前所述，選用合適的DNA聚合酶進行測序反應也是保證測序質量的重要因素之一。常用于雙脫氧末端終止法測序的有幾種不同的酶： 1．大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ大片段（Klenow片段） 此酶是最早用于建立Sanger測序的酶。但通常會有兩個問題：①Klenow片段的持續合成能力較
DNA序列分析電泳儀技術參數
電泳儀電源按電壓分為高壓1500～5000V、中壓500～1500V、低壓500V以下三種；按電流分為大電流500mA～2000mA、中電流100～500mA、小電流100mA以下三種；按功率分為大功率200～400W、中功率60～200W、小功率60W以下三種。基本參數外形尺寸（L×W×D）：47