宏基因組及宏轉錄組測序揭示極端環境微生物的生態學作用
中山大學與千年基因合作應用宏基因組及宏轉錄組測序對極端環境酸性礦山廢水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落進行研究，相關成果于11月7日發表于The ISME Journal雜志。 本研究是繼2012年11月發表于The ISME Journal雜志的微生物群落多樣性研究成果后，中山大學與千年基因合作在極端環境微生物研究中取得的進一步成果。在前期的研究中，研究者應用454平臺對59個理化差異較大的AMD樣本進行16S rRNA測序，測序結果結合理化因素的分析首次揭示了環境因素的變化是極端生境中微生物群落組成差異的主導因素，其中pH影響最為顯著。 16S rRNA測序只能揭示微生物群落中各成員多樣性的組成情況，為了進一步研究AMD中微生物的潛在代謝功能及活躍菌種的情況，本研究對整個微生物群落的基因組序列進行宏基因組測序。分別構建插入片段為500bp及2Kb的文庫，應用HiSeq 2000平臺測序......閱讀全文
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
退化土壤中微生物類群和功能基因的研究
研究背景 土壤退化是一個及其嚴重的全球問題，長期連作和濫用化肥會造成土質變差。全球范圍內，每年約有40%的農業土壤發生嚴重退化，24%的土壤仍在持續惡化。在中國，農業化肥的濫用導致土壤退化，造成土壤養分失衡、土壤酸化、污染物積累和生物多樣性下降等現象。但是關于土壤微生物群落對土壤退化及生
退化土壤中微生物類群和功能基因的研究
研究背景土壤退化是一個及其嚴重的全球問題，長期連作和濫用化肥會造成土質變差。全球范圍內，每年約有40%的農業土壤發生嚴重退化，24%的土壤仍在持續惡化。在中國，農業化肥的濫用導致土壤退化，造成土壤養分失衡、土壤酸化、污染物積累和生物多樣性下降等現象。但是關于土壤微生物群落對土壤退化及生態系統功能的反
Nature腸道微生物研究爭論：是環境，還是基因影響更大？
關于對微生物組成的相對影響以及微生物對疾病的影響，到底是宿主遺傳學，還是環境作用更大，一直都是腸道微生物研究的爭論熱點。 一項最新研究指出，環境在確定人類腸道微生物群的組成方面起著比宿主遺傳學更大的作用。這一研究發現，在預測人類特征（如膽固醇水平或肥胖）時，將微生物組學特征納入評估標準，能使得
人類腸道微生物基因集－為研究提供精準數據支持
7月7日，由華南理工大學生物科學與工程學院博士研究生李俊樺為第一作者，與深圳華大基因研究院、丹麥哥本哈根大學等單位共同合作完成的《人腸道微生物組參考基因集》研究成果在《自然—生物技術》上發表。這是“華工—華大”基因組科學創新班學子在國際頂級學術期刊上以第一作者身份發表的第二篇文章。 據介紹，人
微生物所等發表植物基因組編輯研究綜述
序列特異性核酸酶使得基因組編輯成為可能，快速推動了基礎和應用生物學的發展。CRISPR-Cas9系統自出現以來，作為可轉化植物的基因組編輯工具已得到廣泛應用。CRISPR-Cas9對基因組靶位點進行定向切割，造成DNA雙鏈斷裂。DNA雙鏈斷裂主要通過兩種高度保守的機制進行修復，即非同源末端連接(
研究揭示功能基因緩解大豆鋁毒害的微生物機制
近日，華南農業大學農學院教授年海團隊在功能基因緩解大豆（Glycine max L.）鋁毒害的潛在微生物機制方面取得新進展。相關研究發發表于Journal of Hazardous Materials。劉靈銳為該論文第一作者，年海、馬啟彬和連騰祥為共同通訊作者。植物抗性基因可以影響根際微生物群落結構
研究人員構建人類陰道微生物基因組庫
6月21日，深圳市寶安中醫院（集團）副院長黃鏈莎、轉化醫學中心助理研究員孫文與大連醫科大學副教授鄢秋龍等課題組的最新合作成果發表于《自然—微生物學》。人類女性陰道是一個包括細菌、真菌和病毒在內的復雜微生態系統，各微生物之間是相互制約、相互作用、相互依賴、對立統一的關系，其間的平衡關乎女性生殖健康及胎
退化土壤中微生物類群和功能基因的研究
研究背景 土壤退化是一個及其嚴重的全球問題，長期連作和濫用化肥會造成土質變差。全球范圍內，每年約有40%的農業土壤發生嚴重退化，24%的土壤仍在持續惡化。在中國，農業化肥的濫用導致土壤退化，造成土壤養分失衡、土壤酸化、污染物積累和生物多樣性下降等現象。但是關于土壤微生物群落對土壤退化及生
微生物所在人體腸道細菌耐藥基因研究方面取得進展
人體腸道中棲息著種類繁多的微生物，其數量超過人體自身細胞的10倍以上。這些微生物的基因組中(microbiome)蘊含大量的遺傳信息，被稱為是“人體的第二個基因組(the second genome of human body)”。人體腸道微生物對人體腸道內營養物質的代謝、人體自身的發育
我國科學家參與全球最大微生物基因組研究項目
近日，深圳華大基因研究院宣布，我國科學家將參與全球最大微生物基因組研究項目，對來自全球的20萬個樣本進行環境DNA測序或宏基因組測序，從而建立一個全球性的基因圖譜，并承擔核心工作。該項目旨在全方位、系統性研究全球范圍內微生物群落功能及進化多樣性，以便更好地造福社會及人類。 與以往的微
微生物果膠酶基因
近10年來，已從不同屬的真菌、細菌和放線菌中克隆和測序的果膠酶基因至少有70個(表1)，其中來自真菌的超過40個，且大多是多聚半乳糖醛酸酶基因。從中克隆到果膠酶基因的真菌主要有曲霉菌、炭疽菌、鐮刀菌和灰霉菌等。例如目前已從黑曲霉(Aspergillus niger)中克隆到6個多聚半乳糖醛酸酶基因，
微生物所多粘菌素耐藥基因mcr1的比較基因組研究獲進展
12月17日，國際學術期刊《柳葉刀感染性疾病》雜志在線發表了中國科學院微生物研究所病原室研究員朱寶利課題組對多粘菌素耐藥基因mcr-1的比較基因組分析通訊文章。 11月18日，華南農業大學教授劉健華和中國農業大學教授沈建忠領導的團隊在《柳葉刀感染性疾病》雜志發表文章，在動物和住院患者中發現多粘
微生物所多粘菌素耐藥基因mcr1的比較基因組研究獲進展
12月17日，國際學術期刊《柳葉刀感染性疾病》雜志在線發表了中國科學院微生物研究所病原室研究員朱寶利課題組對多粘菌素耐藥基因mcr-1的比較基因組分析通訊文章。 11月18日，華南農業大學教授劉健華和中國農業大學教授沈建忠領導的團隊在《柳葉刀感染性疾病》雜志發表文章，在動物和住院患者中發現多粘
研究揭示植物抗病基因與根際微生物群落新型關系
近日，中國農業科學院蔬菜花卉研究所蔬菜病害防控創新團隊揭示了抗病基因（R基因）可重塑植物根際微生物群落，并通過招募有益微生物作為核心微生物種群，構建更加穩定和復雜的微生物網絡結構，從而提高植物抗病性的新機制。相關研究結果發表在《微生物組》(microbiome)上。接種NA13的植株（左）可提高植物
微生物基因有助昆蟲生存繁衍
數億年前，微生物和植物可能通過水平基因轉移將基因傳遞給了昆蟲，從而給昆蟲帶來了進化優勢。浙江大學與美國范德堡大學科學家合作發現，蝴蝶、飛蛾等218種昆蟲的1400多個基因來自細菌、病毒、真菌和植物。這項研究認為，這些基因可能對昆蟲的進化至關重要，使它們在交配、營養、生長和適應環境變化等方面發展出有益
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
微生物所在H7N9病毒致病基因方面取得研究進展
2013年3月在我國出現了一種新型H7N9亞型禽流感病毒，是典型的低致病力禽流感病毒。感染該病毒的家禽沒有明顯的臨床癥狀，病毒僅可以在家禽的上呼吸道有限復制。然而，這種新型的H7N9病毒對人類卻表現出了強勁的致病力。截至目前已報道有453例感染病例，其中175例死亡，病死率高達38.6％。作為一
中科院微生物所在細菌耐藥基因組學研究獲進展
中科院微生物所朱寶利課題組在細菌耐藥基因組學研究中的最新進展，研究首次以基因組學大數據為依托，深入解析了耐藥基因在細菌間的傳播網絡和規律，對深入認識細菌耐藥性的進化、細菌耐藥的形成機制等具有重要意義。成果近日在線發表于《應用與環境微生物學》，并將于第82卷22期以“封面故事”形式發表。副研究員
深圳華大基因研究院揭示女性生殖系統中微生物群
近日，深圳華大基因研究院賈慧玨研究組在《自然—通訊》發表文章，報告了女性生殖系統（從陰道到輸卵管）中存在特殊微生物群。這些發現挑戰了人類胚胎發育在無菌環境下開展的傳統觀點。該研究還表明這些微生物群落中的變異與某些子宮病癥相關，或許能用作某些疾病的生物標記。 已知陰道中有大量微生物，但在無感
微生物所在鏈霉菌啟動子元件和內參基因研究中獲進展
鏈霉菌是重要的抗生素產生菌，對鏈霉菌進行代謝工程和合成生物學改造需要大量不同強度的啟動子元件。然而，前期鏈霉菌只有一個組成型啟動子ermEp* 被廣泛應用。中國科學院微生物研究所楊克遷課題組在2013年開發了活性明顯高于ermEp* 的強啟動子kasOp*（Appl. Environ. Micr
趙立平專訪：人類微生物組研究，解密人體第二基因組
2007年12月美國《科學》雜志預測：人體共生微生物的研究將可能是國際科學研究在2008年取得突破的7個重要領域之一。就如何研究共生微生物與人體健康的關系等問題，4月剛剛出席了巴黎國際人類微生物組研究聯盟籌委會會議的上海交通大學生命科學技術學院教授趙立平接受了《科學時報》的采訪。 深圳華大基因
聚焦微生物研究（系列二）
活菌 PCR 是一項嶄新的技術，能夠選擇性地擴增存活細胞的 DNA。這使得研究人員能夠快速、可靠地區分存活和死亡細胞，而不再依賴耗時的培養方法進行判斷。傳統 PCR 法的缺陷傳統 PCR 法的一個主要缺點就是無法分辨存活和死亡的微生物。這會導致誤導性結果的生成，例如高估污染水平。此外僅對于存活微生物
聚焦微生物研究（系列三）
BLU-V Viability PMA Kit、BLU-V 系統和 BLU-V Incubation Box（孵育盒）共同組成了 BLU-V 產品套裝。它們組合在一起，為您提供了一個開始活菌 PCR 應用的簡化工作流程。BLU-V Viability PMA KitBLU-V Viability P
聚焦微生物研究（系列一）
適用于您微生物學應用的活菌 PCR 技術對存活微生物實施快速、敏感和特異性檢測是許多微生物學研究和質控對照領域的基本需求。real-time PCR 等基于 DNA的擴增技術能夠提供所需的速度和特異性。活菌 PCR 是微生物學研究的新一代技術，它將細胞的存活信息與 PCR 類檢測法的速度和
華大基因構建全球首個小鼠腸道微生物參考基因集
2015年9月28日，中國深圳—深圳華大基因研究院、哥本哈根大學等研究機構共同構建了全球首個小鼠腸道微生物參考基因集，為以小鼠為基礎的人類疾病模型研究提供有益參考。最新研究成果今日在線發表于《自然生物技術》。 人類的腸道中居住著種類繁多，數量驚人的微生物，而在這些微生物中，細菌的比例高達90%
微生物基因檢測——基因檢測新藍海產業簡析
一、抗生素“退潮”，抗生素“精準應用”成難題 1. 高昂的研發成本及不匹配的市場前景，曾拯救全人類的抗生素正在被眾多藥企“拋棄”。 2018年6月，美國FDA批準Achaogen新一代氨基糖苷類抗生素Plazomicin用于治療成人復雜性尿路感染，包括由腸桿菌科細菌、假單胞菌屬等引起的腎盂腎
首個草魚腸道微生物基因目錄構建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，記者從中國農業科學院獲悉，該院飼料研究所水產微生物與飼料創新團隊成功構建了首個草魚腸道微生物基因目錄。該成果日前發表于國際期刊《微生物組》。腸道菌群在魚類的新陳代謝過程和免疫系
中科院微生物所等在油棕基因組學研究獲進展
中科院微生物所葉健課題組與中科院外籍院士、美國洛克菲勒大學教授蔡南海和新加坡淡馬錫生命科學研究院教授岳根華等人合作，完成了高產母本厚殼Dura基因組的高質量的序列測定和多個種質資源的基因組重測序以及進化分析。研究為油棕分子輔助育種和基因組編輯抗性育種工作奠定了堅實基礎，對日趨競爭激烈的全球食用
中科院應用微生物研究網絡農業微生物研究中心啟動會召開
近日，中國科學院應用微生物研究網絡農業微生物研究中心啟動會暨學術研討會在武漢召開。本次會議由農業微生物研究中心依托單位中國科學院武漢病毒研究所主辦。上海交通大學鄧子新院士，中科院生物局副局長蘇榮輝，生物局工業生物技術處處長邢雪榮、副處長劉斌，應用微生物研究網絡總中心主任