lncRNA在農業領域的研究成果（三）

【結論】

①通過lncRNA測序，在上萬條白菜中候選的lncRNA中挑出了1,300余條與花粉授粉相關的lncRNAs。分析結果顯示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整個發育過程中持續表達，其余的部分為階段、部位特異性表達。lncRNA在白菜不同發育階段花蕾種的表達呈現出較明顯的差異，在V級花蕾中特異表達的lncRNA均最多；

②授粉受精的過程中具有眾多LncRNA的表達，與未授粉對照相比，在授粉后3h即花粉管在花柱道中生長時lncRNA的表達最多；由此可以為鑒定與授粉受精過程密切相關的lncRNA。

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【彩蛋時刻】LncRNA相關數據庫的介紹

1.TAIR（專門的擬南芥數據庫）

TAIR(TheArabidopsisInformationResource)是擬南芥基因專門的數據庫，是對模式生物擬南芥進行各類生物學研究很重要的一個信息來源。TAIR中詳細記錄了擬南芥的基因組圖譜、各種基因的序列、結構、表達模式、功能注釋及詳盡的各種代謝途徑，同時還包括了擬南芥種子庫。在最新版的TAIR數據庫中記錄了擬南芥478條lncRNA的信息，但數據庫并沒有對這些記錄在案的lncRNA進行功能注釋。

2.PLncDB（目前較為全面的植物lncRNA數據庫）

PLncDB(Plantlongnon-codingRNAdatabase)是目前唯一公開發表的植物lncRNA專用數據庫，也是目前較為全面的植物lncRNA查詢數據庫。該數據庫收集了EST分析、RepTAS分析、芯片、RNA-seq分析及TAIR中發現的16,227個擬南芥lncRNA的信息，記載了植物在不同組織、發育階段、突變體和應激處理條件下這些lncRNA的表達特性，這個數據庫的特點為：(1)從很多植物資源中收集到大量基因組中lncRNA的信息 (2)植物lncRNA的在線瀏覽及搜索平臺 (3)多種樣品的轉錄組信息融合，包括了不同組織，突變，環境脅迫，發育階段等 (4)一系列表觀修飾和小RNA數據 (5)下載瀏覽免費。

3.lncRNAdb(lncRNAsDatabase)常用的多物種lncRNA數據庫

lncRNAdb(lncRNAsDatabase)數據庫是非常常用的“多功能數據庫”，其中記載了lncRNA的序列及結構特征、進化保守性、表達、基因組序列、亞細胞定位、功能證據和文獻鏈接等其他相關信息，就植物方面，包括了擬南芥、水稻、大豆、苜蓿、葡萄、西紅柿和楊樹共計16個物種lncRNA表達情況和可能的功能等相關信息。

4.GENCODE（人鼠lncRNA數據庫）

此數據庫主要是詳細記載了人和鼠相關的lncRNA，包括其序列，結構，功能，表達，保守型等。

5.NONCODE，人類動植物的non-codeRNA數據庫，整合其他數據庫及注釋。