JenniferDoudna：除了基因編輯，CRISPR還能做什么？
Jennifer A. Doudna（左） 很少有發現能夠像CRISPR那樣在一夜之間改變整個領域。CRISPR-Cas原本是原核生物的適應性免疫系統，自從人們發現了Cas9的應用潛力，這一系統迅速成為了炙手可熱的基因組編輯工具。加州大學伯克利分校的Jennifer A. Doudna在本期Molecular Cell雜志上發表文章，全面探討了CRISPR-Cas9在各方面的應用。Doudna是CRISPR技術的共同開發者，曾因這一技術獲得了“生命科學突破獎”（Breakthrough Prize），也是CRISPRZL的有力競爭者。 CRISPR-Cas9基因組編輯 人們發現Cas9的分子功能之后，很快開始用Cas9和sgRNA編輯基因組。CRISPR-Cas9讓以往費時費力的基因組編輯變成了一件非常容易的事。 引入插入/缺失 Cas9在sgRNA的引導下，靶標目的位點并誘導雙鏈斷裂DSB，細胞通過NHEJ（no......閱讀全文
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
類轉錄化學藥物誘導型基因組編輯和轉錄激活系統
生物學變化多受到高度動態的分子事件調控，為了更精確的理解并研究這些過程，應用條件性可誘導的技術手段是十分必要的。此前，得到廣泛應用的藥物誘導技術之一是通過配體結合激發雌激素受體蛋白（ER）從細胞質到細胞核的轉運。在沒有激素配體的情況下，ER與熱激蛋白（hsp90）結合定位于細胞質中；一旦與配體結
Nature－Genetics：基因組其實是這樣轉錄的
在人類基因組中大約儲存著兩萬個基因和數千個調控元件。基因編碼蛋白質合成的信息，其他基因組元件負責調節基因活性和執行其他功能。所有這些DNA編碼信息都需要被復雜的分子機器讀取，并轉換為細胞能使用的信息。 人們一般認為，讀取基因就和讀一個語句差不多。讀取機器被多種序列引導到基因的起始位置，然后從左
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
植物葉綠體基因組可以全部轉錄的新機制
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能、供給地球上的其它生物能量來源的重要細胞器，對葉綠體的功能和葉綠體基因組轉錄機制的研究一直以來是全球細胞生物學家、遺傳學家和分子生物學家孜孜以求的研究熱點。中國科學院昆明植物研究所研究員高立志帶領的研究團隊，歷時五年，通過對三種高等植物（水稻、玉米和擬南芥
基因組所小鼠組織新轉錄本鑒定研究取得進展
近日，中國科學院北京基因組研究所胡松年項目組利用新一代測序數據，運用生物信息學方法，在小鼠的幾個組織中發現了幾千個新的轉錄本。該研究成果的完成拓寬了轉錄組數據分析的思路，有利于更全面地認識小鼠的轉錄組組成，并進一步補充了其基因組的注釋，相關成果論文在frontiers in genetics
Nat－Commun：揭秘轉錄因子“勘察”細胞基因組的分子機制
轉錄因子（TFs）是一種能調節基因表達的特殊蛋白，其能在完整的基因組中搜索并結合特殊區域來調節基因的表達；我們都知道，轉錄因子不僅能結合特殊的DNA序列，還能非特異性結合任何DNA鏈。這些非特異性的關聯就能夠明顯增加轉錄因子尋找特殊靶點的能力，然而目前研究人員并不清楚在掃描大量基因組、定位以及結
基因組所發布全轉錄組關聯研究知識庫
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心（NGDC）開發的全轉錄組關聯研究知識庫正式上線。該研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”為題在
關于基因轉錄的轉錄因子介紹
轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點
人血細胞中的所有蛋白編碼基因進行全基因組轉錄組分析
在臨床和研究環境中，血液都是對人類進行分子分析的主要來源，并且是許多治療策略的目標，這突顯了需要對構成人類血液的細胞進行全面的分子圖譜構建。人類蛋白質圖譜計劃（www.proteinatlas.org）是一個開放式數據庫，旨在通過整合各種組學技術（包括基于抗體的成像）來繪制所有人類蛋白的圖譜。在
利用人工組合轉錄因子對人類基因組掃描
Scanning the human genome with combinatorial transcription factor librariesPublished online: 18 February 2003, doi:10.1038/nbt794March 2003 Volume 21
多名學者推薦全基因組分析轉錄因子功能新技術
來自北卡羅來納大學教堂山分校，NIH等處的研究人員利用一種新型方法，分析了酵母轉錄因子Rap1在整個基因組中的結合動態，從而可以更好研究這一轉錄因子的功能，這一方法將有助于科學家們實時分析轉錄情況，相關成果公布在Nature雜志上。 對于這一成果，來自法國國家科學研究中心的Fran?ois
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
研究發現植物葉綠體基因組可以全部轉錄的新機制
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能、供給地球上的其它生物能量來源的重要細胞器，對葉綠體的功能和葉綠體基因組轉錄機制的研究一直以來是全球細胞生物學家、遺傳學家和分子生物學家孜孜以求的研究熱點。中國科學院昆明植物研究所研究員高立志帶領的研究團隊，歷時五年，通過對三種高等植物（水稻、玉米和擬南芥
千年基因總部助力韓國人胃癌基因組及轉錄組研究
千年基因總部Macrogen助力研究者完成了韓國人胃癌基因組及轉錄組微衛星突變的研究，該研究的基因組和轉錄組測序于Macrogen通過ISO9001 & ISO13485 & CLIA認證的國際最高質量標準的大型基因組學實驗室完成，研究成果于6月4日發表于Genome Research。
突破性單細胞表觀基因組與轉錄組分析新技術
由英國及比利時的研究人員開發出的一種新方法，使得在單細胞中同時研究表觀基因組及轉錄組成為可能。發布在《自然方法》（Nature Methods）上的實驗方案，可幫助科學家們精確描繪出DNA甲基化改變與基因表達之間的關系。 近年來單細胞測序技術發展迅速，被廣泛用于研究細胞間的基因表達譜（轉錄組）
Nature子刊發布重磅測序技術：基因組和轉錄組平行測序
四月二十七日的Nature Methods雜志上發布了一項引人注目的測序技術，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。該技術能夠實現大規模的DNA和RNA平行測序，同時展現單個細胞的基因組序列和基因活性。 研究人員用G&T-seq對220個小鼠
利用人工組合轉錄因子對人類基因組掃描2
Figure 5: Regulation of?CDH5?by TFZFs in several human cancer cell lines.Blue, cells infected with a pMX construct containing the DNA binding domain o
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
生物物理所揭示基因組重復序列Alu調控轉錄新機制
7月12日，中國科學院生物物理研究所薛愿超團隊在《自然》（Nature）上，在線發表了題為Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究論文。 轉錄調控在維持細胞功能和正常發育過程中起著關鍵作用。其中，增
北京基因組所轉錄因子TALE和DNA相互作用研究獲進展
近日，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室雷紅星研究組，在其開展的轉錄因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得階段性進展，該研究對TALE蛋白的構象可塑性以及特異性識別DNA的機制進行了深入的計
北京基因組所揭示共轉錄m6A修飾建立機制及功能
4月2日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）任捷團隊和楊運桂團隊，在《分子細胞》（Molecular?Cell）上在線發表了題為DDX21 mediates co-transcriptional RNA m6A modification to promote transcription
北京基因組所構建出多物種轉錄圖譜綜合數據庫
隨著高通量測序技術的發展，轉錄組測序（RNA-seq）已成為系統研究基因轉錄及轉錄后水平調控狀態的常規方法，并在多個物種中得到廣泛應用。海量轉錄組數據以前所未有的速度產生，以數據驅動為導向的大規模數據整合、挖掘與解析面臨挑戰。為更充分展現轉錄組數據蘊含的豐富信息，服務生物醫學基礎研究領域需求，構
基因轉錄調控的途徑
可分為三種主要途徑：1）遺傳調控（轉錄因子與靶標基因的直接相互作用）；2）調控轉錄因子與轉錄機制相互作用，3）表觀遺傳調控（影響轉錄的DNA結構的非序列變化）。
基因轉錄后調控方式
真核生物的RNA被翻譯之前需要通過核孔輸出，因此核輸出對基因表達有著顯著影響。所有進出細胞核的mRNA的運輸都是通過核孔進行的，受到各種輸入蛋白和輸出蛋白的控制。攜帶遺傳密碼的mRNA需要存活足夠長的時間才能被翻譯，因為mRNA在翻譯之前必須經過很長距離的運輸。在典型的細胞中，RNA分子僅在特異性保
誰在先？“雞基因組”和“雞蛋基因組”
是先有雞還是先有雞蛋？這個問題相當惱人，恐怕很難說清楚。現在，研究人員回答了與這個問題一樣惱人的問題：是人類基因組中的成千上萬的長重復DNA片段中，那個是第一個產生的？那些被復制了？ 這個答案發表在10月7日的《自然·遺傳學》雜志上。該研究給出了人類基因組中DNA重復片段復制的第一個進化證據，這種
基因轉錄因子的相關介紹
轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點
關于基因轉錄的過程介紹
(1)基因轉錄— 轉錄的啟動 DNA上存在著轉錄的起始信號，它是特殊的核苷酸序列，稱為啟動子。 轉錄是由RNA聚合酶全酶結合于啟動子而被啟動的。 其機理是：s因子能識別啟動子，并識別有義鏈，它與核心酶結合，引導核心酶定位到啟動子部位。 (2)基因轉錄—?轉錄的起始 當聚合酶結合到啟動子
關于基因轉錄的基本介紹
基因轉錄是在細胞核和細胞質內進行的。它是指以DNA的一條鏈為模板，按照堿基互補配對原則，在RNA聚合酶作用下合成RNA的過程。基因轉錄有正調控和負調控之分。 如細菌基因的負調控機制是當一種阻遏蛋白(repressor protein)結合在受調控的基因上時，基因不表達；而從靶基因上去除阻遏蛋白
基因表達的轉錄機制介紹
轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行,以DNA為模板,產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動,留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成,每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉錄本序列的