中科院植物所植物適應性進化研究取得新進展
中科院植物研究所郭亞龍研究組在研究中首次提供了在全基因組水平上開展植物平衡選擇研究的案例。圖片來源于網絡 適應性是生物在變化多樣的環境中生存所需的最基本能力，其中一個核心因素是遺傳多樣性的高低，豐富的遺傳多樣性是保證物種在變化多端的生態環境中生存繁衍的根本。中科院植物研究所郭亞龍研究組在研究中首次提供了在全基因組水平上開展植物平衡選擇研究的案例，研究成果于近日在線發表于國際學術期刊《生物基因》（Genome Biology）上。 據了解，從對遺傳多樣性的影響來看，各種自然選擇的作用不同。正選擇表現為固定某種有利變異的等位基因，負選擇表現為清除新的稀有變異，平衡選擇則表現為多種等位均具有一定的選擇優勢從而能共存。因此，在這3種自然選擇中，只有平衡選擇能保持并提高居群的遺傳多樣性。 目前，平衡選擇在全基因組水平的研究僅在人類及大猩猩中已有一定進展，尚未見關于植物的類似研究報道，特別是平衡選擇位點在植物進化中有何功能尚不清楚......閱讀全文
全基因組測序揭示喀斯特植物適應性進化機制
中國南方喀斯特起源古老、分布廣泛，被認為是生態與進化研究的“天然實驗室”。中國科學院華南植物園研究員康明團隊等完成了首個喀斯特植物懷集報春苣苔的全基因組測序。相關研究近日在線發表于《新植物學家》。 喀斯特植物是我國植物多樣性和特有性的重要組成部分，但迄今為止對喀斯特植物的多樣性起源和適應性進
解析斑鱉的全基因組序列及其適應性進化基礎
斑鱉（Rafetus swinhoei）是目前地球上現存體型最大的鱉類物種，其背甲長度可達1.5米、體重可達115公斤。此外，斑鱉也是全球目前最瀕危的龜鱉類物種。在2019年初，全球已經明確記錄的斑鱉個體僅僅只有4只。然而，2019年4月13日，我國的雌性個體意外死亡（這也是當時全球唯一確定性別
研究構建藏族人群全基因組水平的適應性遺傳變異圖譜
8月7日，《國家科學評論》（National Science Review）在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所——馬普計算生物學研究所徐書華團隊的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
基因組研究揭示駱駝沙漠適應性機制
沙漠生存動物能忍受普通生物不能容忍的高溫、缺水的環境，過去人們對動物的沙漠適應性基因機制知之甚少。近日，內蒙古農業大學、深圳華大基因研究院以及沙特阿拉伯阿卜杜拉國王科技城國家生物技術中心等多家單位的科研人員成功破譯了駱駝科的三個物種：雙峰駝、單峰駝、羊駝的基因組序列，首次從基因層面剖析了駱駝科的
科學家構建藏族人群全基因組水平的適應性遺傳變異圖譜
8月7日，《國家科學評論》（National Science Review）在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所——馬普計算生物學研究所徐書華團隊的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
花椒基因組進化和適應性演化研究獲進展
中國熱帶農業科學院香料飲料研究所（以下簡稱香飲所）熱帶香辛飲料種質資源研究室在中國花椒基因組進化和適應性演化研究方面取得重要進展。研究團隊在實現竹葉花椒和紅花椒基因組的高質量拼接和染色體錨定的基礎上，揭示了花椒獨特的花器官退化、利己素合成和適應性表型創新的遺傳基礎，表明花椒基因組進化和表型創新與晚新
基因組測序揭示水熊蟲極端環境適應性
水熊蟲是一種小型水生動物，又稱為緩步動物，9月20日出版的《自然—通訊》發表了一篇有關其基因組測序的最新研究成果。該研究在緩步動物體內發現一種基因，其蛋白質能夠抵抗人類培養細胞內的DNA損傷。這表明特異于緩步動物的蛋白質或有助于細胞抵抗DNA損傷來源。 緩步動物可以在極端的壓力環境（包括真空）
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
全基因組研究解碼口吃根源
口吃跨越不同語言和血統，影響著全球約7000萬人。過去，許多人認為口吃能夠通過自主控制來改善。但數十年來的研究表明，口吃實際上是一種高度遺傳的不可控疾病，其原因復雜且模糊。而一項7月28日發表于《自然-遺傳學》上的研究讓口吃的部分原因變得清晰。 研究人員利用基因檢測服務公司23andMe的龐大
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇的原因卻不
研究揭示植物基因組倍性變化和適應性進化機制
日，中山大學生命科學學院教授施蘇華、副教授何子文團隊以紅樹植物杯萼海桑所在支系為對象，全面分析基因組進化軌跡，探索倍性變化（多倍化-重二倍化過程）在基因組進化中的作用，研究全球氣候變化背景下的植物適應性進化機制。相關成果發表于《自然-通訊》。 該研究基于高質量的基因組數據，使用共線性分析、非同
研究揭示植物基因組倍性變化和適應性進化機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/518047.shtm
“千人藏族基因組”重新評估藏人高原適應性特征
中國科學院昆明動物所研究員宿兵團隊與西藏大學、西藏阜康醫院等單位研究團隊合作，利用大規模WGS（全基因組測序）數據，構建了首個藏族人群基因組參考面板（1000 Tibetan-Genome Panel，1KTGP）。近日，相關研究成果發表于《基因組生物學》（Genome Biology）。 據
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
中國樹鼩全基因組解析完成
中科院昆明動物研究所張云研究員課題組與深圳華大基因研究院合作，解析了新型實驗動物中國樹鼩的全基因組，系統評估了樹鼩作為藥物研發實驗動物的特征和優勢。研究近日發表于《公共科學圖書館·綜合》。 研究不僅為中國樹鼩用于新藥研發的藥效學、藥理學和毒理學評價提供了系統的基礎信息數據和科學依據，而且揭示了
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
小須鯨全基因組圖譜獲破譯
11月25日，韓國海洋科學技術研究所、深圳華大基因研究院等宣布成功破譯了小須鯨全基因組圖譜，并對鯨類獨特生理習性的遺傳學機制進行了分析。相關成果在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 人們一直癡迷于海洋生物是如何演化為陸生生物的。鯨類的進化卻反其道而行之，由陸生向水生演化，和陸生偶蹄動物如牛、豬等
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
中國種茶樹全基因組密碼破解
記者從安徽農業大學獲悉，該校茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室宛曉春教授研究團隊，聯合深圳華大基因等單位，破解了世界上分布最廣的中國種茶樹的全基因組信息，成果日前在線發表于《美國科學院院刊》上。 世界主栽茶樹分屬兩個變種：即中國種和阿薩姆種，前者葉小，分布廣泛，適制綠茶等六大茶類；后者葉大，主