中科院植物所植物適應性進化研究取得新進展
中科院植物研究所郭亞龍研究組在研究中首次提供了在全基因組水平上開展植物平衡選擇研究的案例。圖片來源于網絡 適應性是生物在變化多樣的環境中生存所需的最基本能力，其中一個核心因素是遺傳多樣性的高低，豐富的遺傳多樣性是保證物種在變化多端的生態環境中生存繁衍的根本。中科院植物研究所郭亞龍研究組在研究中首次提供了在全基因組水平上開展植物平衡選擇研究的案例，研究成果于近日在線發表于國際學術期刊《生物基因》（Genome Biology）上。 據了解，從對遺傳多樣性的影響來看，各種自然選擇的作用不同。正選擇表現為固定某種有利變異的等位基因，負選擇表現為清除新的稀有變異，平衡選擇則表現為多種等位均具有一定的選擇優勢從而能共存。因此，在這3種自然選擇中，只有平衡選擇能保持并提高居群的遺傳多樣性。 目前，平衡選擇在全基因組水平的研究僅在人類及大猩猩中已有一定進展，尚未見關于植物的類似研究報道，特別是平衡選擇位點在植物進化中有何功能尚不清楚......閱讀全文
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
關于全基因組測序的應用介紹
全基因組測序的應用：通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成SNP及基因組結構注釋。 DNA突變可誘發癌癥。吸煙過程中所釋放的>60種致癌化學物質可與DNA結合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進行化學修飾從而產生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結構，如果不被核苷酸剪切修復
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
基因組所肝癌全基因組合作研究取得新進展
近日，由中國科學院北京基因組研究所所長吳仲義及其科學團隊與國立臺灣大學醫學院陳定信院士、陳培哲院士共同合作開展的“肝癌癌癥基因組合作研究”計劃獲最新進展，相關學術論文在在最新出版的PNAS雜志上發表。 “肝癌癌癥基因組合作研究”計劃于2009啟動，作為基因組所一項長期的癌癥基因
基因組內簡單重復序列在對蝦適應性進化中的作用
近日，由中國科學院海洋研究所李富花課題組主導完成的科研論文Simple sequence repeats drive genome plasticity and promote adaptive evolution in penaeid shrimp，在Communications Biolog
Nature－Genetics：全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來
全基因組設計培育高產優質抗病粳稻
近日，江蘇里下河地區農業科學研究所李愛宏團隊聯合中國農業科學院植物保護所寧約瑟團隊、揚州大學楊澤峰團隊在《基因組生物學》發表研究論文。? ? 該研究收集了我國江蘇省、浙江省和山東省等地大面積推廣的198份粳稻品種并進行基因組重測序分析，解析了華中地區優良粳稻品種的基因組信息和優勢基因位點的遺傳學
全基因組測序提高罕見病診斷率
每4300人中就有1人患有線粒體疾病，并會導致進行性的不治之癥。這種疾病是最常見的遺傳疾病之一，但對臨床醫生來說很難診斷，這是因為它們可以影響許多不同的器官，并與許多其他疾病相似。而其中40%的患者未能被目前的基因檢測制度診斷。 近日，英國研究人員的一項新研究為尚不能被確診的患者帶來了希望。該
全基因組測序提高罕見病診斷率
每4300人中就有1人患有線粒體疾病，并會導致進行性的不治之癥。這種疾病是最常見的遺傳疾病之一，但對臨床醫生來說很難診斷，這是因為它們可以影響許多不同的器官，并與許多其他疾病相似。而其中40%的患者未能被目前的基因檢測制度診斷。 近日，英國研究人員的一項新研究為尚不能被確診的患者帶來了希望。該研
全基因組測序解密慢性高原病
8月16日，由加州大學圣地亞哥分校、華大基因等單位共同完成的安第斯高地人慢性高原病全基因組測序及相關研究，在《美國人類遺傳學雜志》上發表。研究為探索高原適應性的遺傳機制提供了基礎理論，也為慢性高山病的機理研究及治療提供了科學依據。 全球約有1.4億人世居高原。對于高原低氧環境的不適，通常會
草魚全基因組序列圖譜繪制完成
近日，記者從中國科學院水生生物研究所獲悉，該所魚類功能基因組學學科組負責的草魚全基因組序列圖譜繪制完成。該成果由水生生物研究所、中國科學院國家基因研究中心和中山大學等機構合作完成，相關研究成果于5月4日在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 據該所研究員汪亞平介紹，該研究采用鳥槍法測序策略，分別對一
又一滅絕物種全基因組數據解析
日前，吉林大學考古學院蔡大偉教授團隊與西北農林科技大學動物科技學院姜雨教授團隊在馬屬動物古DNA研究領域取得重要進展。該研究在國際上首次成功獲取已滅絕馬屬動物奧氏馬的高質量全基因組數據，重建了馬屬動物的演化歷史。 馬科動物自古以來就與人們的關系密切,對人類社會文明的發展產生了重大影響。中國家馬起源
線粒體全基因組測定揭示家雞馴化史
為探討家雞的馴化歷史，中科院昆明動物研究所的研究人員發現了家雞較為清晰的母系遺傳背景信息。該研究成果日前在線發表于國際期刊《遺傳》。 據介紹，從肉蛋供應到供人娛樂，家雞在人類生產生活中扮演著重要角色。在被馴化之后，家雞跟隨人類擴散到世界各地，成為飼養最為廣泛的家禽。而家雞的馴化問題，自達爾
分子的重復機制全基因組復制
又稱多倍性，是減數分裂不分離導致整個基因組復制的現象。多倍體在植物中很常見，但動物上也發生過?[3]??。全基因組復制會使得許多其它基因最終丟失，返回到單一狀態。然而，許多基因的保留導致了適應性創新。多倍體也是眾所周知的物種形成的一個來源，因為具有與親本物種不同染色體數目的后代通常不能與非多倍體生物
Nature－Genetics：全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全基因組設計培育高產優質抗病粳稻
近日，江蘇里下河地區農業科學研究所李愛宏團隊聯合中國農業科學院植物保護所寧約瑟團隊、揚州大學楊澤峰團隊在《基因組生物學》發表研究論文。? ? 該研究收集了我國江蘇省、浙江省和山東省等地大面積推廣的198份粳稻品種并進行基因組重測序分析，解析了華中地區優良粳稻品種的基因組信息和優勢基因位點的遺傳學
牡蠣全基因組序列圖譜繪制完成
牡蠣基因組部分序列及其分析牡蠣基因組計劃（OGP）團隊成員在深圳華大基因研究院討論項目中國科學院海洋研究所和深圳華大基因研究院簽約儀式牡蠣是產量最大的海水養殖動物 牡蠣養殖 近日，牡蠣基因組計劃（Oyster Genome Project，OGP）項目組宣布，
全基因組測序助力食源性疾病檢測
CDC研究人員檢查用于全基因組測序的電腦芯片。 李斯特菌暴發致3人死亡并且迫使美國得克薩斯州藍鈴冰淇淋公司在上個月底召回其全部產品，這是遺傳流行病學如何正在改變食源性疾病檢測的最新例子。兩年前，位于亞特蘭大的美國疾病控制和預防中心（CDC）啟動一項試點計劃，測序與某種疾病相關聯的每個李斯特菌樣品的
買麻藤類植物全基因組破譯
近日，由深圳市中國科學院仙湖植物園，中科院中-非聯合研究中心、武漢植物園、植物研究所，英國皇家植物園邱園等10余家國內外知名院所聯合開展的“裸子植物——買麻藤全基因組計劃”取得重要進展。 裸子植物和被子植物的起源、分歧及演化，是現代植物學科的基礎熱點領域。現存35萬余種種子植物被分成蘇鐵類、松
《自然》獲得首創性全基因組RNAi庫
來自奧地利科學院維也納分子生物學研究院（Institute of Molecular Biotechnology of the Austrian Academy of Sciences）的研究人員以果蠅為研究對象，利用一套完整的基因組序列數據，從達到了88%覆蓋率的蛋白編碼基因中獲得了全基因組范圍內
芝麻大規模全基因組關聯分析完成
由中國農科院油料所張秀榮研究員領銜的芝麻與特色油料遺傳育種創新團隊，與中科院國家基因研究中心等單位合作，在國際上率先完成了芝麻高密度單倍型圖譜構建、主要農藝性狀大規模全基因組關聯分析。10月19日，國際知名期刊《自然·通訊》雜志在線發表了上述研究成果。 該研究得到973、國家自然科學基金、中國
全基因組測序確定腦瘤的基因變異
日前，圣猶達兒童研究醫院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人員在新研究中鑒別出了一種兒童腦瘤亞型一半以上患者的致病性突變。此外他們還證實這些腫瘤對已經在研發中的一些藥物敏感。這項研究論文刊登在了近期出版的《自然-遺傳學》（Nature Genet
我率先破譯花生栽培種全基因組
近日，福建農林大學組織的“花生栽培種全基因組序列破譯”成果認證會上，該研究組在國際上首次破譯了花生栽培種基因組，成果總體處于國際同類研究領先水平。圖片來源于網絡 花生是世界重要油料作物和第二大植物蛋白來源，中國花生單產、總產和消費量均居于世界首位。花生屬有近80個物種，卻只有一個栽培種，該基因
關于全基因組測序的測序指標介紹
一、全基因組測序的測序指標— 深度 測序深度（Sequencing depth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系，測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Ma
科學家完成玉米全基因組測序
美國研究人員11月19日宣布，他們已經完成了玉米的全基因組測序工作，這一成果有望用于培育更高產的玉米品種。 來自美國圣路易斯華盛頓大學、亞利桑那大學等機構的150名研究人員歷時4年多完成了這一項目。他們以代號為B73的玉米品種為研究對象進行測序。結果顯示，玉米共有10對染色體，約3.2
人類不同祖先的全基因組關聯分析
一項由埃克塞特大學領導的發表在《Nature Genetics》上的研究擴大了人類不同祖先的全基因組關聯分析，并最終受益于全球患者護理。到目前為止，近87%的這種類型的基因組研究是在歐洲人身上進行的。 Lundquist研究所翻譯基因組學和人口科學研究所研究員和所長，加州大學洛杉磯分校Geff
全基因組突變新技術原理簡介
人類遺傳圖譜中，基因只占了全部DNA的2.5％，基因與基因之間的“非編碼”大片段并不全是“垃圾”，有些能夠調節基因的開啟和關閉，有些負責DNA折疊和將DNA打包運往細胞核。不止基因突變，控制基因的DNA發生突變也可能導致疾病。小鼠是疾病研究的常用模型，想要弄清小鼠基因組中每個DNA片段的功能，需要依
動物全物種基因組測序仍有很大空白
近日，美國華盛頓州立大學領導的一項研究發現，目前對動物基因組進行的測序多數集中在與人類相似的動物上，研究人員警告稱，該現狀可能會忽視大量的生物多樣性和機會。相關研究結果發表于美國《國家科學院院刊》。 研究人員分析發現，近3300種動物的基因組已被測序。雖然動物物種測序工作一直在進行，但與世界
華大基因參與破譯虎尾海馬全基因組
2016年12月15日，由中國科學院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院共同組成的研究小組，聯合破譯了虎尾海馬（Hippocampus comes）的全基因組，有關研究成果以封面文章的形式發表在Nature雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高