PacBio推出首款檢測DNA堿基修飾的軟件
美國第三代測序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一個獨特的解決方案，可利用PacBio? RS測序儀檢測與表觀遺傳學調控和DNA損傷相關的DNA堿基修飾。 DNA堿基修飾(如甲基化)在多個生物進程中扮演了重要角色，包括生長和衰老、免疫、細菌致病性以及疾病發展。PacBio此次推出的新軟件能夠讓研究人員輕松檢測并查看這些DNA修飾。軟件通過測定測序過程中DNA堿基摻入的速率而發揮作用。此信息在測序過程中自動收集，是該公司單分子實時(SMRT)測序技術的一個獨特之處。 大家可以在PacBio的DevNet網站免費下載SMRT分析軟件升級。此分析工具可處理用PacBio RS及最新的C2試劑所產生的數據，讓研究人員可重新分析現有數據，以檢測甲基化及其他堿基修飾。 目前已知有20多種生物學上重要的DNA堿基修飾，而新型修飾也不斷被發現。此軟件具有一個用戶友好的分析和查看界面，從而簡化了在......閱讀全文
Science解讀甲基化組新觀點
在真核生物中，DNA甲基化通常發生在CG中的胞嘧啶上。由于甲基化不會改變DNA序列，它被視為一種表觀遺傳學標志。DNA甲基化可以在細胞分裂過程中延續到子代細胞，這一機制現在已經相當明確。而這種繼承性使DNA甲基化成為儲存表觀遺傳學記憶的潛在途徑，這種記憶包括環境或發育過程中的基因調控。不過要證實
基因組DNA甲基化分析方法
早期的基因組DNA甲基化分析技術，如SssI甲基轉移酶分析法、氯乙醛反應法、免疫學抗體技術等，已經不能滿足現代表觀遺傳學研究的需求。今年來常用的基因組甲基化的方法有以下兩種。1. 甲基化敏感擴增多態性實驗甲基化敏感擴增多態性實驗技術被用于檢測雙向型真菌的DNA甲基化，它是在擴增片段長度多態性技術的基
院士Science解開長期生物學謎題
最近，澳大利亞莫納什大學的研究人員，與日本、德國和瑞士的同事合作的一項研究，以原子級的分辨率解析了線粒體外膜轉運蛋白復合物（TOM）的分子結構。這一研究是由澳大利亞科學院院士、澳大利亞桂冠院士Trevor Lithgow指導完成，解開了生物學中一個長期的謎題，于九月二十五日發表在國際著名期刊《S
在基因組范圍定位DNA甲基化
DNA甲基化在哺乳動物基因表達中扮演了重要角色。盡管通過線粒體遺傳且隨時間穩定，但是細胞分化、疾病或環境影響都會改變DNA甲基化的模式。近年來，科學家們開發出多種新方法，試圖在基因組范圍定位DNA甲基化。 盡管從理論上來說，全基因組亞硫酸氫鹽測序能讓研究人員全面觀察甲基化組，但它還是面臨技
甲基化的基因組直接測序法
基因組直接測序法是過去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化學裂解法對基因組DNA進行處理，并以連接介導的PCR來放大信號強度，然后進行序列分析。此法是基于5mC在標準的Maxam—Gilbert胞嘧啶化學裂解反應中不被裂解，故5mC可通過在測序膠上缺少對應于胞嘧啶降解
－Science：一幅腦內的甲基化圖譜
我們基因的表達可能會受到我們DNA上的特定標記的影響，例如那些通過對特定核苷酸堿基對的甲基化而被賦予的標記——這一過程被稱為表觀遺傳學過程。科學家們現在提出了一個詳細的圖譜用以闡釋在發育中的哺乳動物大腦中的甲基化如何隨著時間的推移而變化。在我們很小的時候及在我們的神經環路正在成形時，DNA甲基化
Science發表基因組研究重要成果
科學家們日前發現，人類基因組的遺傳學差異主要來自于拷貝數變異（CNV）。在此之前人們對CNV的了解并不多，因為CNV一直是基因組測序的一大挑戰。 華盛頓大學的遺傳學家Evan Eichler領導研究團隊克服了這一困難。他們對來自全球125個族群的人進行了深度基因組測序，全面分析了基因組中的SN
Science公布最新基因組測序結果
來自法國農業科學研究院（Institut National de Recherche Agronomique）的研究人員發表了題為“Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome”
Science揭示基因組的捍衛者
從細菌到人類，生物體都必須要保護自身對抗稱作為轉座子的寄生遺傳元件，并且賭注下得很大。這些DNA片段可在基因組中四處跳躍破壞基因，其可以造成極大的破壞因此細胞有專門的監視機制來抑制它們。 為了保護后代對抗基因組破壞，這些天然防御系統發生缺陷通常會導致不育不孕。在動物中，對抗搗亂轉座子的主要防御
Science揭示古老基因組的秘密
馬克斯?普朗克研究所的研究人員描述了丹尼索瓦人(Denisovans)的基因組，闡明了丹尼索瓦人與現代人類之間的關系。相關研究發表在8月30日的《科學》(Science)雜志上。 由德國馬克斯?普朗克進化人類學研究所的Svante P??bo領導的一個國際研究人員小組在新研究中證實了丹
Science專題：癌癥基因組學
在2001年完成人類基因組測序后，許多的研究人員立即將目光放到了利用這些信息來更好地了解遺傳學上。最近，越來越多的研究確定了表觀遺傳學在癌癥的發生、形成及發展過程中起效應。從鑒別與遺傳性癌癥相關的單基因變異的前基因組時代轉向，測序技術的進步使得研究人員能夠利用全基因組方法來檢測基因組間的差異，以
Science解析熱點基因組編輯工具
近來，Cas9酶作為一種有力的新基因組編輯工具，引起了人們極大的研究熱情。現在加州大學伯克利分校的研究人員，首次成像了這種酶的精細三維結構，這一成果無疑會進一步提高Cas9的應用價值。文章于二月六日發表在Science雜志上。 加州大學的生化學家Jennifer Doudna和生物物理學家
Science發表基因組研究重要成果
科學家們日前發現，人類基因組的遺傳學差異主要來自于拷貝數變異（CNV）。在此之前人們對CNV的了解并不多，因為CNV一直是基因組測序的一大挑戰。 華盛頓大學的遺傳學家Evan Eichler領導研究團隊克服了這一困難。他們對來自全球125個族群的人進行了深度基因組測序，全面分析了基因組中的SN
Science綜述專輯：皮膚細胞生物學
早在四十年前，科學家們就已經在活檢過程中培養人體皮膚細胞。自此之后，科學家們也對這種常見的細胞了解的越來越多，比如這個通常被稱為人體最大器官的部位如何形成、如何修復、如何對疾病作出反應，又是如何進行觸覺感知，以及與微生物溝通的。不過還是存在不少問題，如譬如狀況，傷口形成，疾病關聯等等。 11月
五篇Science聚焦生物學最新前沿
說到對地球生命至關重要的生態系統，大多數人首先會想到熱帶雨林，其實浮游生物也同樣重要。這些微小的生物漂浮在海洋上層，它們不僅是海洋食物鏈的基礎，還生產了地球上一半的氧，可以作為碳匯（Carbon Sink）和影響氣候。 本期Science雜志以封面形式重磅推出了生物學最新前沿，浮游生物學。Ta
甲基化領域重要研究成果解讀！
本文中，小編整理了近年來科學家們在甲基化研究領域取得的重要研究成果，與大家一起學習！ 【1】Science：重大進展！揭示DNA甲基化增強基因轉錄機制 doi：10.1126/science.aar7854 DNA甲基化（DNA methylation）為DNA化學修飾的一種形式，能夠在不
頂級科學家張毅Cell子刊表觀遺傳學新文章
幾年前，湯姆森科技信息集團旗下《科學觀察》(Science Watch)評出了的高影響力論文數量最多的研究人員。原北卡羅萊納大學醫學院生物化學與生物物理學系教授、霍華德?休斯醫學研究院(HHMI)研究員張毅（現就職于哈佛醫學院）成為分子生物學和遺傳學領域高影響力論文的數量最多的前十位頂級科學家之
線蟲基因組中存在DNA甲基化現象
2012年10月18日，吉林大學和華大基因合作完成的旋毛形線蟲不同發育階段DNA甲基化差異分析的相關研究成果在國際著名期刊《基因組生物學》(Genome Biology)上發表。該研究首次證實了線蟲基因組中存在DNA甲基化現象，改寫了長期以來認為線蟲中沒有該表觀遺傳修飾的歷史，同時也使以DN
全基因組甲基化定量檢測技術ＬＵＭＡ
LUMA介紹基因組DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的變化被認為是正常和病理細胞過程中的重要的事件，有助于正常發育和分化以及癌癥和其他疾病。在此，我們介紹一種新的方法評估全基因組DNA甲基化，稱為熒光甲基化檢測(Luminometric Methylat
全基因組測序解讀重要甲基化機制
DNA看起來只是AGTC四種堿基的簡單排列，可一旦它與組蛋白包裝形成染色質，情況就復雜得多了。組蛋白主要有四種，分別是H2A、H2B、H3和H4。這些組蛋白要么令DNA盤繞起來保持沉默，要么將DNA解開允許基因表達。組蛋白上的化學修飾(如甲基化)，能夠影響它對基因的控制。 H3K4me3是
全基因組甲基化定量檢測技術ＬＵＭＡ
LUMA介紹 基因組DNA甲基化(Genomic DNA Methylation, GDM)的變化被認為是正常和病理細胞過程中的重要的事件，有助于正常發育和分化以及癌癥和其他疾病。在此，我們介紹一種新的方法評估全基因組DNA甲基化，稱為熒光甲基化檢測(Luminometric Methyl
家蠶基因組甲基化譜研究獲突破
我國科學家利用新一代測序技術構建家蠶絲腺甲基化譜 由中國科學院昆明動物研究所、深圳華大基因研究院、西南大學、上海腫瘤所等合作的研究成果“家蠶基因組甲基化譜”，5月2日在國際著名學術雜志《自然—生物技術》（Nature Biotechnology）上發表，這是中國科學家
Science：人類基因組編輯指南
人類基因組編輯在研究和治療方面不斷取得進展，同時也在世界各地的科學家中引發了倫理問題。 一方面，技術進步可以使醫生能夠修改那些包含在精子和卵子中的種系基因，防止后代罹患毀滅性的遺傳疾病。但與此同時，基因編輯改變人類遺傳的可能性，也警示著許多科學家，促使他們認為應該無限期禁止種系編輯。 來自麥
華大基因再發Science進行基因組比對
來自深圳華大基因研究院，丹麥哥本哈根大學，澳洲科學院等處的研究人員利用Illumina的 HiSeq 系統，完成了兩種蝙蝠的高通量全基因組測序分析，并進行了基因比對，為解析蝙蝠的飛行起源，以及蝙蝠為何會攜帶多種致病性強的病毒，提出了新的觀點。相關成果公布在Science雜志上。 文章的
Science發表CRISPR基因組編輯重要成果
利用兩種互補的分析方法，Whitehead研究所和麻省理工學院-哈佛大學Broad研究所的科學家們，第一次在人類基因組中鑒別出了人類細胞系或培養人類細胞生存及增殖必需的基因宇宙。 他們的研究結果和在該研究中開發出的材料，不僅為全球科研團體提供了寶貴的資源，還可應用于發現各種人類癌癥藥物可靶向的
－Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
Science：新技術實現精確基因組編輯
麻省理工學院、布洛德研究所以及洛克菲勒大學的研究者開發出了一種新穎的技術，可以通過添加或去除基因來對活細胞的基因組進行修改。研究者表示，這種技術易于操作且成本低，可以用于對產生物燃料的生物將進行基因工程操作，設計用于人類疾病研究的動物模型，開發新的疾病療法，以及其他的潛在應用
Science子刊：基因組醫學顯神威
最新一項研究公布了針對超過100個患有廣泛神經功能和發育障礙的兒童的家庭，進行基因組測序分析的大規模研究成果，這一成果公布在12月3日Science Translational Medicine.雜志上。 這項研究第一次利用基因組診斷方法直接對神經系統疾病嬰兒和兒童進行分析，其中45%的家庭完
中科院Science公布最新基因組
繼2012年中國科學院昆明動物研究所、深圳華大基因研究院等單位合作完成了首個山羊全基因組圖譜之后，6月昆明動物研究所，華大基因等處的研究人員又公布了綿羊基因組序列，并且將這一基因組與其它哺乳動物基因組進行了比對，構建了相關的系統發育樹。這一研究成果公布在6月6日Science雜志上。 參與這項
Science：揭示大腦回路的表觀基因組成
表觀基因組學的變化，包括DNA的化學修飾，可以作為基因組的一層額外信息。表觀基因組學在學習和記憶及年齡相關的認知度方面扮演著重要的角色。新的研究發現DNA甲基化，一種特殊的表觀基因組學修飾的形式。從出生到成年，DNA甲基化形式在大腦細胞中是動態變化的。從而幫助理解大腦細胞中基因組學的信息是如何控