北京基因組所開發系列特色科學數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇數據庫文章在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表，并將于該刊2019年1月出版的數據庫專刊中集中刊發。包括表觀組關聯分析知識庫EWAS Atlas、犬類數據庫iDog、RNA編輯與疾病相關知識庫EDK、植物RNA編輯數據庫PED、人類長非編碼RNA數據庫LncBook、多物種全基因組核小體定位圖譜數據庫NucMap以及一篇介紹大數據中心整體資源建設進展的文章。 自成立以來，BIGD面向我國人口健康和社會可持續發展的重大戰略需求，圍繞國家精準醫學和重要戰略生物資源的組學數據，建立了針對原始數據遞交、存儲與共享的數據庫GSA，基因組變異數據庫GVM，基因組歸檔數據庫GWH，基因表達數據庫GEN，DNA甲基化數據庫Methbank，基于維基的生物學知識庫Science Wikis，......閱讀全文
谷歌致力于基因數據市場，整合Tute－Genomics基因數據庫
谷歌希望憑借人類基因組云端服務Google Genomics在基因組研究市場占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具來填滿這個工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一項云端服務，幫助大學實驗室和醫院等機構將患者或科研對象的生物基因儲存到云端上，推進人類基因組信息的存
缺乏數據使用指導原則，基因組數據共享遇阻
基因組數據共享將生物醫學研究推向快車道，但向公共領域發布的現有數據指南一方面承認免費和無條件使用數據的重要性，另一方面還未能解決這種重要性與數據生產者首次發布數據的“權利”之間的關系。 在美國能源部聯合基因組研究所負責人Nikos Kyrpides看來，這種自相矛盾導致了數據生產者和數據使用
基因芯片數據的分析方法
研究背景：基因芯片可以通過探針和熒光標記對某個時間點生物體的全部基因表達量進行檢測，探針代表的基因熒光強度通過儀器轉換成基本數據。這些數據的背后隱藏著很多的生物學意義，這就需要我們通過生物信息學的方法去分析和挖掘。不同實驗設計方案產生的海量芯片數據，其分析方法和思路都大同小異，這里分享一個多組實驗設
美國推進癌癥基因數據共享
美國麥利亞德基因公司(Myriad Genetics)擁有關于乳腺癌和卵巢癌的兩個基因的ZL，這讓它們壟斷乳腺癌檢測的行業多年。雖然美國最高法院在去年六月已經對這兩個基因的ZL做了無效判決，但該公司仍然掌握這獨有的130萬份的檢測數據。這些信息則使得麥利亞德公司在檢測結果解釋上有巨大優勢。但是遺
基因芯片數據的分析方法
研究背景：基因芯片可以通過探針和熒光標記對某個時間點生物體的全部基因表達量進行檢測，探針代表的基因熒光強度通過儀器轉換成基本數據。這些數據的背后隱藏著很多的生物學意義，這就需要我們通過生物信息學的方法去分析和挖掘。不同實驗設計方案產生的海量芯片數據，其分析方法和思路都大同小異，這里分享一個多組實驗設
大數據：助力判定癌癥驅動基因！
目前已知超過100個新的癌癥驅動基因，幫助解釋了怎樣的腫瘤驅動會造成：相同的癌癥基因導致不同的病患！ 在一項由Sanford Burnham Prebys醫學發現研究所(SBP)引導下的協作研究中,研究人員結合兩個公開的“組學”數據庫創建一個新的目錄“癌癥驅動者”。當癌癥驅動基因的改變造成癌癥
群眾基因數據：揭示疾病病因
本月月初，來自40個國家的研究人員和提倡者成立了一個全球聯盟來開啟安全共享的基因組和臨床數據庫，目的是為了在這個時代結束時可以使人類能夠利用遺傳數據。 英國政府，凱薩醫療機構及美國共同努力收集和整理了大量的遺傳數據。但是隨著全球的聯盟，有一天臨床醫生可以廣泛使用遺傳數據，全世界的研究者可以
谷歌將提供基因數據在線服務
近日，谷歌公司宣布將開始提供由生物醫學研究機構 Broad 研究所開發的DNA 分析軟件的云服務版本。 Broad 研究所是由來自哈佛大學、麻省理工學院和哈佛大學附屬醫院的科學家組成的。該機構的基因組分析工具包GATK，可用于分析基因組測序數據，并已被研究人員和企業下載20000 次。谷歌表示
Science：癌癥基因數據提出技術質疑
據美國國立癌癥研究所的一位病理學家David Levens稱，在PubMed數據目錄上有超過25,000篇關于Myc基因的論文，這種基因與轉移性癌癥有關，但是現在由于一項最新研究成果，因此都需要重新再評估，這項研究指出了Myc的致癌作用比大多數人認為的都要更廣泛，而目前的實驗方法具有缺陷，也
冰島基因公司數據挖掘計劃泡湯
圖片來源：基因解碼公司 因采集冰島人DNA用于發現基因和疾病之間關系而著名的基因解碼公司遇到了一個棘手問題。近日，《科學》雜志報道稱，冰島負責監督數據保密性的國家機構駁回了基因解碼公司的請求——該公司希望可以使用計算機方法分析該國的宗系記錄，以估算28萬名并未同意參與該公司的研究，
基因數據分析的主流軟件
基因組測序在過去的幾年中，許多生物的基因組完成了測序工作，如何對如此龐大的原始序列信息進行分析和應用，正是現在最為棘手的問題。大量的基因預測軟件和在線工具應運而生。如何廣泛而深入地了解并能有的放矢地利用這些工具，已經成為21世紀分子生物學家的必修課。隨著大規模EST和cDNA序列信息的獲取，那些基于
基因數據噪音或可保護患者隱私
大型基因組數據庫對于科學家尋找同疾病相關的遺傳變異來說是必不可少的。不過，對于貢獻了DNA的人來說，這會帶來隱私風險。一項2013年的研究顯示，黑客能利用網絡上公開可用的信息，從被匿名的基因組數據中辨別出人們的身份。 為解決這些擔憂，一個由美國麻省理工學院計算機科學家Bonnie Berger
基因數據分析的主流軟件
在過去的幾年中，許多生物的基因組完成了測序工作，如何對如此龐大的原始序列信息進行分析和應用，正是現在最為棘手的問題。大量的基因預測軟件和在線工具應運而生。如何廣泛而深入地了解并能有的放矢地利用這些工具，已經成為21世紀分子生物學家的必修課。隨著大規模EST和cDNA序列信息的獲取，那些基于表達序列同
概念動態|華大基因新增“數據要素”概念
2024年10月14日，華大基因（300676）新增“數據要素”概念。 據同花順數據顯示，入選理由是：2023年年報：公司在科研和產業化過程中形成了龐大的數據積累，在生物樣本和表型數據的基礎上，采用測序、質譜、PCR等多維度技術對生物樣本進行多組學的數據化，利用智能化技術、數據挖掘系統和生物信
－華大基因收購美國上市公司CG－奠定基因大數據基礎
對深圳華大基因，騰訊馬化騰有一段評價：用大數據的算法，與以前的醫學理論不一樣。看一個人的疾病，只是看他得病的特征與哪種病吻合，推導出具體對哪個部 位對癥下藥。到時，藥可能是治基因的某一段。基因哪一段出問題，就拿相應的藥去治。這個思路很開放，用了大數據，是一個很好的案例。 帶領華大基因建
國家基因組科學數據中心公布數據資源整合挖掘體系
近日，國家基因組科學數據中心在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表題為Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020 的文章，以整體形式介紹基因組數據資源整合與挖掘體系建設
警惕基因檢測背后的數據安全問題
日前，國內知名基因檢測公司23魔方推出第四代基因檢測產品。23魔方CEO周坤稱，目前，23魔方已累積16萬人的樣本數據庫，是中國消費級基因檢測公司中最大的。“得益于真實可留存的規模用戶數據，23魔方可以進一步開展科學研究，做準做精項目。” 點評：基金檢測公司主張用科技預測未來，并提供精準的護膚
基因大數據深度挖掘，我們將面臨挑戰
在日前于北京召開的第四屆全國功能基因組學高峰論壇上，眾多與會專家就基因技術發展方向及面臨的機遇與挑戰進行了深入交流。作為一種新型基因檢測技術，基因測序能從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性、個體的行為特征及行為合理性。基因測序技術能鎖定個人病變基因，予以提前預防和治療。
日本研究氣象數據如何影響水稻基因
將氣溫、降水量等氣象數據輸入電腦程序，就能推算出水稻稻葉中發揮機能的約1.72萬個基因的表達狀況，這是日本一個研究小組的最新研究成果。它將有助于人們更有針對性地改良水稻品種。 這是日本農業生物資源研究所等機構進行的一項研究，研究人員選擇了日本兩種較為常見的水稻品種“日本晴”和“農林8號”，
基因“好”“壞”，大數據說了算
為什么白菜有卷心不卷心之分，顏色也有黃綠藍白多種，但同屬十字花科的擬南芥，全世界的卻都長一個樣？4月18日，科技日報記者從江蘇省農業科學院獲悉，該院杜建廠研究團隊發現，基因性質在很大程度上取決于選擇方式，白菜的多樣性可能是因為正選擇作用基因較多。 根據自然選擇方式的不同，基因一般可分為兩種類型
日研究氣象數據如何影響水稻基因
將氣溫、降水量等氣象數據輸入電腦程序，就能推算出水稻稻葉中發揮機能的約1.72萬個基因的表達狀況，這是日本一個研究小組的最新研究成果。它將有助于人們更有針對性地改良水稻品種。 這是日本農業生物資源研究所等機構進行的一項研究，研究人員選擇了日本兩種較為常見的水稻品種“日本晴”和“農林8號”，
基因組數據分析的“金標準”
五月十八日，美國安大略癌癥研究所、俄勒岡健康與科學大學、賽智生物網絡（Sage Bionetworks）、分布式DREAM 團體(Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods)和加州大學圣克魯茲分校的癌癥研究人員，在《Nature M
－生物醫學基因大數據：現狀與展望
生物醫學大數據廣泛涉及人類健康相關的各個領域：臨床醫療、公共衛生、醫藥研發、醫療市場與費用、個體行為與情緒、人類遺傳學與組學、社會人口學、環境、健康網絡與媒體數據。 大數據(big data)是指由于容量太大和過于復雜，無法在一定時間內用常規軟件對其內容進行抓取、管理、存儲、檢索、共享、傳輸和
首款體內基因編輯療法公布首批數據
今天美國生物技術公司Sangamo公布了其Hunter氏癥（也稱MPS II）體內基因編輯療法SB-913的早期數據。兩位低劑量患者沒有什么應答，但兩位中劑量患者使用SB-913 16周后糖胺聚糖（GAGs）水平有顯著下降（尿GAG下降51%，硫酸皮膚素下降32%，硫酸類肝素下降61%）。但在外
測序新技術提供基因表達高精數據
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481704.shtm 科技日報北京6月27日電 （實習記者張佳欣）最近，日本東京理科大學的一個研究小組開發了一種新改進的單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術。這種新方法，即終止子輔助固相互補DN
在Matlab中探索基因表達數據分析
DNA微陣列基因表達數據分析 本文利用Matlab及其生物信息學 ?工具箱提供的函數識別差異表達基因并利用基因本體論確定差異表達基因的生物學功能。 引言 包含寡核苷酸或cDNA ?探針的微陣列可用來比較基因組尺度的基因表達譜，微陣列試驗的重要目的在于確定不同條件下，如兩種不同的腫瘤
Nat－Genetics：大數據揭示疾病的基因關聯
想象一下，雨水落在人行道上的場景。雖然雨滴落地似乎是隨機發生的，但隨著時間的推移，人行道仍然會有一片區域保持干燥。這個類比類似于猶他大學健康研究所的研究人員設計的一種新方法。他們探索了超過100,000名健康人，以確定我們不容易改變的基因區域。他們認為，這些“受限制”區域的DNA突變可能會導致嚴
雙創：科技是基因－大數據是骨骼
2016年5月30日，全國科技創新大會明確了我國科技事業的發展目標，并把創新驅動放在了國家發展全局的核心位置。 作為新興前沿科技，大數據是這個時代開放與創新的標志。數字經濟時代所帶來的顛覆與革新，正在讓這個世界悄然發生著巨變。數字經濟完全打破了區域時空的限制，讓資源配置更有效率，促進了產業間的
GenomeAsia－100K最新數據公布！探索亞洲人基因數據的秘密
目前已經測序的人類基因組序列中約有6%的樣本來自亞洲個體。而世界上約一半的人口是亞洲人。GenomeAsia 100K項目成立于2016年，由Macrogen、盆唐首爾大學醫院精準醫療中心、新加坡南洋理工大學、印度基因組分析企業MedGenome和美國羅氏集團子公司Genentech等組成，旨在
華大基因回應14萬中國人基因大數據是否外泄
就深交所問詢函，華大基因回復表示：“14 萬中國人基因大數據”項目無外方合作機構。項目分析工作均在境內由中國科研團隊完成。14 萬中國人基因大數據來自同意將樣本和數據供科學研究的受檢者。研究披露的是群體分析結果，不包含任何可識別個人身份信息，不存在泄露個人隱私的風險。 昨天北京青年報記者獲悉，