蛋白質二級結構(proteinsecondarystructure)預測軟件
蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步，二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對于形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四個折疊類型。預測蛋白質二級結構的算法大多以已知三維結構和二級結構的蛋白質為依據，用過人工神經網絡、遺傳算法等技術構建預測方法。目前較為常用的幾種方法有：PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA，其中最常用的是PHD。PHD結合了許多神經網絡的成果，每個結果都是根據局部序列上下文關系和整體蛋白質性質（蛋白質長度、氨基酸頻率等）來預測殘基的二級結構。那么，最終的預測是這些神經網絡每個輸出的算術平均值。這種結合方案被稱為陪審團決定法（jurydecision）或者稱為所有勝利者（winner-take-all）法。PHD被認為是二級結構預測的標準。總的來說，二級結......閱讀全文
蛋白質二級結構(protein－secondary－structure)預測軟件
蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步，二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對于形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四個折疊類型。預測蛋白質二級結構的算法大多以已
蛋白質二級結構預測(protein－secondary－structure－prediction)
蛋白質二級結構的預測開始于20世紀60年代中期。二級結構預測的方法大體分為三代，第一代是基于單個氨基酸殘基統計分析，從有限的數據集中提取各種殘基形成特定二級結構的傾向，以此作為二級結構預測的依據。第二代預測方法是基于氨基酸片段的統計分析，使用大量的數據作為統計基礎，統計的對象不再是單個氨基酸殘基，而
蛋白質結構預測(protein－structure－prediction)
一種生物體的基因組規定了所有構成該生物體的蛋白質，基因規定了組成蛋白質的氨基酸序列。雖然蛋白質由氨基酸的線性序列組成，但是，它們只有折疊成特定的空間構象才能具有相應的活性和相應的生物學功能。了解蛋白質的空間結構不僅有利于認識蛋白質的功能，也有利于認識蛋白質是如何執行其功能的。確定蛋白質的結構對于生物
蛋白質三級結構(tertiary－structure－of－protein)的預測軟件
由于用X光晶體衍射和NMR核磁共振技術測定蛋白質的三維結構，以及用生化方法研究蛋白質的功能效率不高，無法適應蛋白質序列數量飛速增長的需要，因此近幾十年來許多科學家致力于研究用理論計算的方法預測蛋白質的三維結構和功能，經過多年努力取得了一定的成果。蛋白質三維結構的預測方法通常包括：同源性建模和從頭開始
ChouFasman預測方法預測蛋白質二級結構
Chou-Fasman方法是一種基于單個氨基酸殘基統計的經驗參數方法，由Chou和Fasman在20世紀70年代提出來。通過統計分析，獲得的每個殘基出現于特定二級結構構象的傾向性因子，進而利用這些傾向性因子預測蛋白質的二級結構。每種氨基酸殘基出現在各種二級結構中傾向或者頻率是不同的，例如Glu主要出
蛋白質二級結構預測－綜合各種分析方法預測
綜合各種分析方法預測在實際進行蛋白質二級結構預測時，往往會綜合應用各種分析方法和相關數據。綜合方法不僅包括各種預測方法的綜合，而且也包括結構實驗結果、序列對比結果、蛋白質結構分類預測結果等信息的綜合。實際應用中最常見的綜合方法是同時使用多個軟件進行預測，通過分析各個軟件的特點以及各個軟件預測結果，最
二級結構預測的
中文名稱二級結構預測英文名稱secondary structure prediction定 義預測大分子(核酸、蛋白質)可能具有的二級結構。現在已有多種計算機軟件可以進行這類預測，如nnPREDICT、ZPRED Server等。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），方法與技術（二級學科）
蛋白質二級結構預測－最鄰近方法－NearestNeighboringmethods
早期，由于數據的缺乏，預測方法多基于單條序列。隨著序列和結構數據的增加，人們的研究轉向同源序列分析，充分利用隱藏在同源序列中的結構信息，使得結構預測的準確率得到了較大的提高。同源分析的基礎是序列比較，通過序列比較發現相似的序列，根據相似序列具有相似結構的原理，將相似序列（或者序列片段）所對應的二級結
遠紫外CD－預測蛋白質二級結構的方法
利用圓二色光譜儀獲得蛋白質CD 主要的工作包括:溶劑體系的選擇,蛋白質溶液樣品的制備[14 ] ,圓二色光譜儀實驗參數的選擇與調整等。對此,Kelly 等[15 ] 已經作了較為全面的綜述。正確的蛋白質CD 圖譜是預測蛋白質結構的基礎與關鍵。在正確獲得蛋白質CD 后,主要的工作是如何從CD 圖譜
蛋白質二級結構預測－人工神經網絡方法
人工神經網絡是一種復雜的信息處理模型。隨著神經網絡研究的興起，科學家們也將神經網絡用于生物信息學，其中包括二級結構的預測、蛋白質結構的分類、折疊方式的預測以及基因序列的分析等等。將神經網絡用于二級結構預測的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他們受到神經網絡在文字語言處理方面應用的啟發，將
蛋白質二級結構預測－基于氨基酸疏水性的預測方法
這種方法是一種用物理化學方法進行二級結構預測的方法，或稱為立體化學方法。在蛋白質中，氨基酸的理化性質對蛋白質的二級結構影響較大，因此在進行結構預測時考慮氨基酸殘基的物理化學性質，如疏水性、極性、側鏈基團的大小等，根據氨基酸殘基各方面的性質及殘基之間的組合預測可能形成的二級結構。“疏水性”是氨基酸的一
蛋白質二級結構的基本介紹
蛋白質二級結構（secondary structure of protein）是指多肽主鏈骨架原子沿一定的軸盤旋或折疊而形成的特定的構象，即肽鏈主鏈骨架原子的空間位置排布，不涉及氨基酸殘基側鏈。蛋白質二級結構的主要形式包括α-螺旋、β-折疊、β-轉角、Ω環和無規卷曲。 [1] 由于蛋白質的分子量
抗體結構（antibody－structure）
抗體（antibody，Ab）是機體免疫細胞被抗原激活后，由分化成熟的終末B細胞--漿細胞合成、分泌的一類能與相應抗原特異性結合的具有免疫功能的球蛋白。?抗體是具有4條多肽鏈的對稱結構，其中2條較長、相對分子量較大的相同的重鏈（H鏈），含450?550個氨基酸殘基，相對分子質量在 55000?7
蛋白質的二級結構與超二級結構結構的組裝塊
一、蛋白質的二級結構 蛋白質在細胞中必須通過詳細的三維結構識別成千上萬種的不同分子，這就需要蛋白質分子具有結構多樣性。蛋白質結構研究得出的第一個重要的基本規律是水溶性球狀蛋白質分子折疊的重要驅動力，它是將疏水側鏈置于分子內部，產生一個"疏水內核"和一個親水表面。為了把側鏈放到分子內部去，相應的高度
蛋白質組學實用分析技術一覽
分析其實也屬于技術的一部分，且在蛋白質組學研究中顯得尤為重要，因為蛋白質組學研究提供的數據是生物學上最龐大的，而且蛋白質組比基因組具有更大的復雜性，因此蛋白質組信息學更有挑戰性。今天小編先拋磚引玉地介紹幾個常用的分析方法和軟件。蛋白質定性分析蛋白質定性分析通常是指利用質譜法進行蛋白質鑒定和序列分析。
SLX1A基因編碼的功能和結構描述
這個基因編碼的蛋白質是基因組穩定性的重要調節因子該蛋白代表SLX1-SLX4結構特異性核酸內切酶的催化亞單位，它可以解析修復和重組過程中形成的DNA二級結構由于節段性重復，該基因的兩個相同拷貝位于16號染色體的p臂上；該記錄代表更多的著絲粒拷貝。選擇性剪接導致多個轉錄變體該基因與下游SULT1A3（
SLX1A基因突變因子與藥物介紹
這個基因編碼的蛋白質是基因組穩定性的重要調節因子該蛋白代表SLX1-SLX4結構特異性核酸內切酶的催化亞單位，它可以解析修復和重組過程中形成的DNA二級結構由于節段性重復，該基因的兩個相同拷貝位于16號染色體的p臂上；該記錄代表更多的著絲粒拷貝。選擇性剪接導致多個轉錄變體該基因與下游SULT1A3（
蛋白質二級結構的定義
成氫鍵，這是穩定α－螺旋的主要鍵。 （4）肽鏈中氨基酸側鏈R，分布在螺旋外側，其形狀、大小及電荷影響α－螺旋的形成。酸性或堿性氨基酸集中的區域，由于同電荷相斥，不利于α－螺旋形成；較大的R（如苯丙氨酸、色氨酸、異亮氨酸）集中的區域，也妨礙α－螺旋形成；脯氨酸因其α－碳原子位于五元環上，不易扭轉，加之
關于蛋白質結構的結構預測介紹
測定蛋白質序列比測定蛋白質結構容易得多，而蛋白質結構可以給出比序列多得多的關于其功能機制的信息。因此，許多方法被用于從序列預測結構。 一、二級結構預測 二、三級結構預測 同源建模：需要有同源的蛋白三級結構為基礎進行預測。 Threading法。“從頭開始”（Ab initio）：只需要蛋
遠紫外CD－預測二級結構存在的問題
隨著基因工程與蛋白質工程的發展,人們迫切需要了解蛋白質的結構。CD 已經成為研究溶液中蛋白質二級結構的強有力工具,得到了越來越廣泛的應用,然而遠紫外CD 光譜預測蛋白質二級結構仍然存在一些不足之處。膜蛋白是近年來分子生物學研究的熱點。膜蛋白是一類具有晶體類似結構的鑲嵌于細胞膜上的蛋白,到目前為止,僅
布魯克與Protein－Metrics達成蛋白質表征軟件聯合營銷協議
分析測試百科網訊 近日，Protein Metrics公司和布魯克公司簽署了一份正式的聯合營銷協議，使兩家公司更加緊密地合作，用于生物治療表征。 Bruker是質譜領域的世界領先者，而Protein Metrics是供應商中性蛋白質表征軟件的動態創建者，將使用Protein Metrics軟件與
基于蛋白質物理性質的蛋白質預測軟件
ExPASy工具包包涵的程序ComputepI/MW：是ExPASy工具包中的程序，計算輸入序列等電點和分子量的工具。對pI的確定基于早期研究中將蛋白質從由中性到酸性變性條件下遷移過程中所獲得的pK值（Bjellqvist等，1993）。分子量的計算是把序列中每個氨基酸的同位素平均分子量加在一起，再
基于氨基酸組成的蛋白質預測軟件
根據組成蛋白質的20種氨基酸的物理和化學性質可以辨析電泳等實驗中的未知蛋白質，也可以分析已知蛋白質的物化性質。ExPASy工具包包涵的程序：http://www.expasy.ch/tools/AACompIdent：與把氨基酸序列在SWISS-PROT庫中搜索不同，AACompIdent工具利用未
蛋白組學分析軟件一覽
蛋白組學分析軟件?StartFragmentProtParam 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，適用于蛋白質序列的物理-化學參數（氨基酸、原子組成，等電點，消光系數等）?MultiIdent 瑞士蛋白質專家分析系統中的子程序，適用于通過等電點、分子量、氨基酸組成、序列標簽、肽指紋數據等識別蛋白?A
蛋白質二級結構擬合算法
早期的蛋白質或多肽的二級結構擬合計算方法中,主要采用多聚氨基酸為參考多肽。Greenfield 等采用多聚L2賴氨酸作參考多肽,建立α2螺旋、β2折疊及無規卷曲等二級結構參考CD 光譜曲線,采用單一波長法(208nm) 計算出α2螺旋含量后,然后假設不同的β2折疊含量( Xβ) 值,并假設CD 值是
概述蛋白質二級結構的形式
蛋白質二級結構的基本類型有α螺旋、β折疊、β轉角、Ω環和無規卷曲。如血紅蛋白和肌紅蛋白中含有大量的α-螺旋，鐵氧蛋白（ferredoxin）則不含任何的α螺旋。蛋白質中各種類型的二級結構并不是均勻地分布在蛋白質中，不同蛋白質中β折疊和β-轉角的數量也有很大的變化。
關于蛋白質二級結構的定義
蛋白質分子的二級結構（secondarystructure）通常是指蛋白質多肽鏈沿主鏈骨架方向的空間走向、規則性循環式排列，或某一段肽鏈的局部空間結構，即蛋白質的二級結構為肽鏈主鏈或一段肽鏈主鏈骨架原子的相對空間盤繞、折疊位置，它并不涉及氨基酸殘基側鏈的構象。
蛋白質的二級結構的特點
二級結構以往是由生物巨分子在原子量級結構下的氫鍵來定義的。在蛋白質，二級結構則是以主鏈中氨基之間的氫鍵模式來定義，亦即DSSP所定義的氫鍵，并不包括主鏈與旁鏈間或是旁鏈之間的氫鍵。而核酸的二級結構是以堿基之間的氫鍵來定義。在很多RNA分子，二級結構對RNA正常功能非常重要，有時甚至于較序列重要。這可
蛋白質二級結構的紅外檢測
蛋白質是與生命及各種形式的生命活動緊密聯系在一起的物質，機體中的每一個細胞和所有重要組成部分都有蛋白質的參與。蛋白質是由不同氨基酸以肽鍵相連所組成的具有一定空間結構的生物大分子物質，其結構可分為以下4個結構層次： 圖1 蛋白質的四個結構層次 我們所關注的蛋白質二級結構指的是蛋白質
醫學微生物學(Medical－Microbiology)詞匯歸納（三）
domain 域,結構域,功能區donor site 給位double helix 雙螺旋effector 效應器,效應物elongation 延長endopeptidase 內肽酶enhancer 增強子enolphosphopyruvate 磷酸烯醇式丙酮酸 enzyme 酶es