表觀遺傳學分子生物學軟件——DNA甲基化分析工具
第一類：基于引物設計功能的軟件。此類軟件主要是針對重亞硫酸鹽序列進行甲基化特異性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亞硫酸鹽測序（bisulfite sequencing, BS）引物的設計。由于重亞酸鹽修飾的特殊性，使常規的分子生物學軟件，如Primer Premier、Oligo、DNASis、DNA Max、Vecter NTI Suit等均無法適用于MSP和BS引物的設計。國外的研究者根據MSP和BS的特殊性，分別提供了多種免費或付費的專業軟件，其中，某些軟件，如MethPrimer已被國內外研究者廣泛使用。軟件：MethPrimer主頁：http://www.urogene.org/methprimer簡介：設計甲基化特異性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亞硫酸鹽測序（bisulfit......閱讀全文
表觀遺傳學分子生物學軟件——DNA甲基化分析工具
第一類：基于引物設計功能的軟件。此類軟件主要是針對重亞硫酸鹽序列進行甲基化特異性PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR or MSP）和重亞硫酸鹽測序（bisulfite sequencing, BS）引物的設計。由于重亞酸鹽修飾的特殊性，使常規的分子生物學
表觀遺傳學關于DNA甲基化
表觀遺傳學是研究表觀遺傳變異的遺傳學分支學科從目前的研究來看,X 染色體劑量補償、DNA 甲基化、組蛋白密碼、基因組印記、表觀基因組學和人類表觀基因組計劃等問題都是表觀遺傳學研究的內容。其中甲基化是基因組DNA 的一種主要表觀遺傳修飾形式,是調節基因組功能的重要手段。在脊椎動物中,CpG二核
表觀遺傳之DNA甲基化（一）
俗話說，龍生龍，鳳生鳳，老鼠的兒子會打洞。?這句話什么意思呢？想必很多人有不同的看法~~?從傳統的社會認知角度看，就是“出生決定論”，一個人的出生是什么樣的，以后就會有什么樣的作為和成就，家庭決定著個人的前途和發展方向。龍鳳階層的人自出生以來便是龍鳳，若是草根階層，也很難上升到龍鳳圈層，即使有這樣的
表觀遺傳之DNA甲基化（二）
二 DNA甲基化?DNA甲基化：DNA甲基化是通過DNA甲基轉移酶在胞嘧啶環的第5個碳原子上共價加成甲基而產生的，從而產生5-甲基胞嘧啶（5-mC），在體細胞中，幾乎僅在二核苷酸CpG的對稱甲基化配對中發現了5-mC，而在胚胎干（ES）細胞中，在非CpG中也觀察到了大量的5-mC。5-mC作為表型和
DNA分析系統：基因甲基化研究的最佳工具
甲基化研究對于基因的 調控和腫瘤的發生有非常密切的關系。在一般正常的細胞中，基因調控區CpG島處于非甲基化的狀態。而當細胞發生癌變后，這些CG區域往往呈現甲基化狀態。英國醫學刊物《the Lancet》報道奧地利因斯布魯克醫學院的專家們早就可以通過檢測大便中DNA的甲基化變化，把健康人的大便
簡述DNA甲基化分析儀的主要功能
DNA甲基化分析儀的主要功能：高度適用于表觀遺傳學研究的檢測工具 焦磷酸測序技術配合QIAGEN表觀遺傳學產品線，提供高度可靠的序列數據，能夠準確、靈敏的定量分析甲基化水平。甚至能夠檢測新的突變，以及低水平的DNA異常甲基化。PyroMark Q24包括了一個完整軟件包，用于分析CpG位點甲基化
Pyrosequencing－DNA分析系統：基因甲基化研究的最佳工具
甲基化研究對于基因的調控和腫瘤的發生有非常密切的關系。在一般正常的細胞中，基因調控區CpG島處于非甲基化的狀態。而當細胞發生癌變后，這些CG區域往往呈現甲基化狀態。英國醫學刊物《the Lancet》報道奧地利因斯布魯克醫學院的專家們早就可以通過檢測大便中DNA的甲基化變化，把健康人的大便與結腸癌患
JCB：“流放”DNA的表觀遺傳學修飾
皮膚細胞在發揮作用時啟動的基因與肝細胞完全不同，而其他基因需要保持關閉。將基因“流放”到細胞核邊緣，是能夠一舉關閉大量基因的重要途徑。Johns Hopkins大學的一項新研究揭示了DNA被發配到細胞核邊疆的具體機制，這一過程對于控制基因表達和決定細胞命運至關重要。相關論文發表在近期的Journ
甲基化芯片在表觀遺傳學中的應用
表觀遺傳改變可以定義為基因的遺傳性或獲得性改變，但是這種改變和DNA序列改變無關。DNA甲基化是最為常見的表觀遺傳改變；啟動子或第一外顯子CpG島中的甲基化改變將導致基因表達失活；組蛋白的化學修飾也可以作為表觀遺傳改變；組蛋白發生乙酰化改變的基因通常被開啟。CpG島的異常甲基化是導致基因沉默和過度表
甲基化芯片在表觀遺傳學中的應用
表觀遺傳改變可以定義為基因的遺傳性或獲得性改變，但是這種改變和DNA序列改變無關。DNA甲基化是最為常見的表觀遺傳改變；啟動子或第一外顯子CpG島中的甲基化改變將導致基因表達失活；組蛋白的化學修飾也可以作為表觀遺傳改變；組蛋白發生乙酰化改變的基因通常被開啟。 CpG島的異常甲基化是導致基
DNA甲基化——表現遺傳學中DNA的修飾
DNA甲基化是哺乳動物DNA最常見的復制后調節方式之一，是正常發育、分化所必需的，具有重要的生物學意義。在DNA甲基轉移酶 (DNAmethyltransferase，DNMT)的作用下，以S—腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體，可以將甲基基團轉移到基因組DNA胞嘧啶第 5位碳原子(C5)
Nature子刊：表觀遺傳學研究的強大工具
西奈山伊坎醫學院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的科學家們開發了一個新技術，可以更精確地揭示細菌群體的表觀遺傳學異質性。這項研究發表在六月十五日的Nature Communications雜志上，為人們提供了表觀遺傳學研究的新工具，有助于解決愈演
－DNA甲基化：癌癥共有的“指紋”
8月26日在線發表在Genome Medicine上的一篇文章中，研究人員說他們發現了多種癌癥中都存在的普遍特異性變化，DNA甲基化標記，它們幫助控制基因的開、關以及最終細胞的行為。這種DNA上可逆的化學標記就是表觀遺傳學。 約翰霍普金斯醫學院的Andrew Feinber
Nature－Methods發表單細胞重亞硫酸鹽測序技術
Babraham研究所和Wellcome Trust Sanger研究所的科學家們開發了一個單細胞表觀遺傳學檢測技術，并將其發表在七月二十日的Nature Methods雜志上。這一成果可以幫助人們解讀，環境怎樣影響人類的發育和遺傳性狀。 “表觀遺傳學標志”是指DNA上的化學或蛋白標簽，它們在
DNA甲基化：診斷癌癥的強大工具
最近，來自香港中文大學的研究人員，通過分析血漿DNA中的甲基化序列，能夠檢測到癌癥患者的肝腫瘤和淋巴瘤，以及孕婦胎盤中的遺傳異常。他們使用已知的組織甲基化圖譜，能夠識別循環DNA的組織起源，從而使其成為一種強大的工具，用于篩選、癌癥檢測和治療監測。這項研究是由幾個機構的研究人員合作，由香港中文大
DNA甲基化分析
The influence of methylation on the promoter activity and gene expression and the involvement of DNA methylation in carcinogenesis caused an extensive
PacBio推出首款檢測DNA堿基修飾的軟件
美國第三代測序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一個獨特的解決方案，可利用PacBio? RS測序儀檢測與表觀遺傳學調控和DNA損傷相關的DNA堿基修飾。 DNA堿基修飾(如甲基化)在多個生物進程中扮演了重要角色，包括生長和衰老、免疫、細菌致病性以及疾病發展。Pac
不可忽視的表觀遺傳學：運動可改變DNA
瑞典德隆大學的科研人員發現運動可以從基因角度改變脂肪存儲的方式。脂肪組織不僅可以被動地存儲能量，還能夠產生一些具有生物活性的化學物質作用于身體的其他部位。這項研究表明，運動可以使人體的脂肪細胞更高效地進行脂肪代謝，從而使脂肪存儲在正確的部位。這項研究發表在Public Library of
PNAS首次評估表觀遺傳學突變率
Groningen大學的科學家們在重要模式生物擬南芥中，精確評估了表觀遺傳學標志出現或消失的頻率，有助于深入理解表觀遺傳學改變在植物進化中的重要性。這項研究發表在五月十一日的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 表觀遺傳學修飾可以在不改變DNA序列的情況下影響基因的活性。大多數動物（包括人類）的
表觀遺傳正成為遺傳學研究新風口：7％的DNA甲基化模式打破孟德爾定律
一個多世紀以來，遺傳學一直遵循孟德爾通過他著名的豌豆實驗建立的基本原理。然而，約翰·霍普金斯大學醫學院的一項大規模小鼠研究發現，一些可遺傳性狀并不遵循這些經典規則。研究人員發現了數百個案例，其中化學DNA標記（表觀遺傳標記）表現出意想不到的行為，包括一些似乎“憑空出現”的標記。更重要的是，他們
南京農業大學國家重點實驗室聯合發表《Genome－Biology》
中國南京農業大學作物遺傳與種質創新國家重點實驗室、美國德州大學和德州A&M大學的科學家們分析了馴養的異源四倍體棉花和其4倍體和2倍體親緣植物的1200萬個差異甲基化胞嘧啶的綜合表觀基因和功能。 生物通報道：中國約有2000年的棉花種植歷史，是世界三大產棉國之一。長絨棉（纖維柔長）是紡高支紗的關
表觀遺傳學修飾
組蛋白修飾 表觀遺傳學是指表觀遺傳學改變 (DNA 甲基化、組蛋白修飾和非編碼 RNA 如 miRNA) 對 表觀基因組基因表達的調節，這種調節不依賴基因序列的改變且可遺傳表觀。因素如 DNA 甲基化、組蛋白修飾和 miRNA 是對環境刺激因素變化的反映，這些表觀遺傳學因素相互作用以調節基因
Nature子刊：熱點蛋白解決表觀遺傳爭議
????? 近二十年來，科學家開始逐漸認識到DNA中的遺傳密碼只代表了生命藍圖中的一部分信息。遺傳信息還來自于DNA結構上的特殊化學標簽模式，這些表觀遺傳學標簽決定了DNA包裝的緊密程度以及特定基因的開關。 隨著越來越多的表觀遺傳學標簽被發現，研究人員開始好奇這些表觀遺傳學標簽之間是否存在著某
甲基化試驗有助于區分原發腫瘤類型
未知性癌癥（CUP）在轉移性腫瘤患者中占比10%，然而這些癌癥的原發腫瘤位置通常無法確定。由于無法分辨究竟是哪種腫瘤類型，這些患者的生存率很低。 “傳統方法只能鑒定30%不明病灶的轉移性腫瘤的原發腫瘤位置，一些分子生物學方法可以提高這一比例，但往往造價昂貴，并且，所使用的RNA樣本比較脆弱容易
ChIPChip技術的介紹與應用
人類基因組計劃的完成開啟了一個新的紀元——功能基因組時代來臨，與基因信息相比較，人們更關注于基因的功能、調控網絡與信號通路等信息。表觀遺傳學研究與核內蛋白因子的功能分析成為基因表達調控研究的重要組成部分。結合了染色質免疫共沉淀與基因芯片技術的ChIP-chip技術的浮現使得全基因組范圍內DNA與蛋白
TheScientist熱議：出人意料的甲基化
DNA甲基化是基因組中重要的表觀遺傳學標志，在大多數生物的生命周期中基因組的甲基化模式都相對穩定。然而近期發表在Genome Biology雜志上的兩篇文章顯示，有的生物在一生中不斷累積著甲基化，有的生物則可能通過甲基化去除大量DNA。 吉林大學劉明遠教授所領導的研究團隊首次在線蟲中發
上海植物逆境研究中心在植物DNA去甲基化調控研究進展
6月15日，國際權威學術期刊Science在線發表了中科院上海植物逆境生物學研究中心、中科院上海生命科學研究院植物生理生態所朱健康課題組的研究論文A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in
兩篇Nature論文挑戰流行表觀遺傳學觀點
Friedrich Miescher生物醫學研究所(FMI)的Dirk Schübeler和他的研究團隊，確定了沿著基因組設置表觀遺傳學標記的決定因素。這項發表在《自然》（Nature）雜志上的新研究表明，基因活性和DNA序列在對表觀遺傳標記的調控中發揮了比以往認為更大的作用。這對流行的觀點：外
Aging：利用DNA甲基化工具或能有效預測機體健康壽命
死神終會降臨在我們每個人頭上，那么知道死神何時降臨不是更好嗎？近日，來自加州大學洛杉磯分校的科學家們通過研究開發出了一種新工具，或能幫助提前計劃好與死神的約會，相關研究刊登于國際雜志Aging上；研究者指出，這種名為DNA甲基化GrimAge的生物標志物能幫助人們預測壽命和健康壽命，并能幫助測試
揭示全基因組DNA甲基化、半甲基化與遺傳突變的新方法
5月31日，中國科學院北京生命科學研究院研究員孫中生團隊與北京大學腫瘤醫院合作，在Briefings in Bioinformatics上，發表了題為A new approach to decode DNA methylome and genomic variants simultaneousl