全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細胞大模型，不僅可以幫助我們深入解析疾病機制，還能加速藥物靶標發現。當前，單細胞轉錄組大模型已經能夠整合數千萬細胞數據，實現了跨器官、跨物種的通用細胞表征。空間單細胞轉錄組技術則進一步突破了單細胞轉錄組的局限，能夠更全面地揭示細胞間互作和微環境調控機制，但目前尚未出現全面的空間轉錄組基礎模型。研究團隊此次開發的BrainBeacon，模型訓練基于橫跨4個物種（人、食蟹猴、狨猴、小鼠）和5種主流空間組學平臺的數據，覆蓋總面積超過210000平方毫米的全腦空間轉錄組數據，細胞總數超過1.33億。模型采用雙階段Transformer架構，分別......閱讀全文
全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細
全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細
科學家發表跨物種小腦皮層單細胞空間轉錄組圖譜
9月27日，《科學》（Science）在線發表了題為Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex的研究論文。該成果由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心聯合杭州華大生命科學研究院、
利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴大腦皮層的細胞類型
闡明大腦皮層的細胞類型組成對于理解大腦結構和功能至關重要。中國科學院腦智卓越中心利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴皮層的細胞類型。該研究成果于近日發表在《Cell》雜志上，題為：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
tBA－轉錄組數據基礎分析
本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量和多種重要信息進行圖形可視化。我們的流程：1.???Pretreatment（有效序列Reads提取）l??高通量測序質量評估，獲得測序有效讀長。l??剔除每條序列中的index序列和
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，
人腦類器官有了“跨物種整合”模型－有助探索未知疾病
英國《自然》發表的一項神經科學研究發現，人類干細胞來源的類腦組織能與新生大鼠的大腦整合，還會影響其行為。研究結果或能提高人們構建人類神經精神疾病實際模型的能力。人類干細胞培養的大腦類器官是一種很有潛力的平臺，可以模擬人類發育和疾病。然而，體外生長的類器官缺少在真實有機體中存在的各種連接，這會限制類器
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
【技術前沿】空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
遙感跨模態基礎模型關鍵技術研究項目獲批
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500252.shtm近日，科技創新2030—“新一代人工智能”重大項目中的“遙感跨模態基礎模型關鍵技術研究”項目獲批。 ???為落實國務院印發的《新一代人工智能發展規劃》總體部署，科技部啟動實施科
精神疾病轉錄組分析－Science揭示轉錄組變化的遺傳基礎
大多數醫學疾病在組織，器官和體液中都有明確的物理特征。但是，精神疾病并不是由這種病理所定義的，它們是由行為所決定的。這就造成了精神障礙如精神分裂癥和自閉癥的定義特征一直存在爭議。 加州大學洛杉磯分校的一項研究通過分析來自患有自閉癥，精神分裂癥，雙相性精神障礙，嚴重抑郁癥或酒精中毒的已故受試者大
華人學者Nature子刊：人類轉錄組跨平臺靶向分析
來自普林斯頓大學等處的研究人員發表了題為“Targeted exploration and analysis of large cross-platform human transcriptomic compendia”的文章，公布了一種新研發的針對轉錄組數據的搜索引擎，利用這一平臺，研究人員可
科學家構建空間轉錄組測序新方法
中科院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾課題組新近創立了一種技術方法，可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜。相關研究成果日前在線發表于《自然—實驗室指南》。 無論是體內組織還是體外細胞系，不同細胞之間都存在著差異性，即細胞的異質性。細胞的異質性對解釋腫瘤的發生、干細胞或前體細胞的多能性與
空間轉錄組綜合資源存儲庫CROST正式上線！
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心合作開發的空間轉錄組綜合資源存儲庫（CROST）正式上線，該研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”為題在國際學術期刊Nucleic
昆明動物所人類大腦轉錄組進化研究獲進展
人類在進化過程中，腦的大小和復雜程度得到了極大得增加。腦的結構使得人類有著區別于其他物種的極高的認知能力，比如語言能力、抽象思考能力等等。轉錄后修飾，如RNA編輯、可變剪切等能夠由相同的DNA序列生成不同的RNA，進而翻譯成不同的蛋白質構體，是擴大蛋白質多樣性的重要機制。隨著二代測序發展，轉錄后
2025蛋白質組學大會之跨物種蛋白質組學研究
2025年10月14日下午，第12屆AOHUPO大會、第8屆AOAPO大會、π-HuB國際大科學計劃第三屆全球峰會暨第13屆CNHUPO大會“Cross-species Proteomics（跨物種蛋白質組學）”分會場于廣州白云國際會議中心國際會堂順利舉行。會議由中國科學院北京基因組研究所 （國
相分離調控線粒體基因組空間秩序的模型
中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員劉興國團隊聯合清華大學、南方科技大學、北京大學、香港中文大學等科研人員，研究發現線粒體基因組與其結合蛋白，利用生物分子最基礎的自發聚集的相分離性質，調控線粒體類核的組裝以及轉錄的復雜過程，構建了首個相分離調控線粒體基因組結構與功能的模型。相關研究10月28日在
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechn
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi