利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴大腦皮層的細胞類型
闡明大腦皮層的細胞類型組成對于理解大腦結構和功能至關重要。中國科學院腦智卓越中心利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴皮層的細胞類型。該研究成果于近日發表在《Cell》雜志上，題為：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex。 研究人員通過對143個獼猴皮層區域進行大規模單細胞RNA測序和空間轉錄組分析，獲得了264種轉錄組定義的大腦皮層細胞類型的綜合圖譜，并繪制了它們在整個皮層的空間分布圖。研究人員描述了興奮性神經元、抑制性神經元和非神經元細胞在大腦各皮層和區域的特異性。值得注意的是，研究人員發現在視覺和身體感覺系統中，各種細胞類型的區域分布與腦區層級組織之間存在相關性。進一步對人類、獼猴和小鼠皮層轉錄組數據跨物種比較，揭示了富集在第四層興奮性神經元只在靈長類動物存在，其標記基因以區域依賴的方式表達。 綜上，......閱讀全文
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
單細胞和空間組學技術在肝臟領域應用
近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞
布魯克發布全新空間單細胞代謝組學研究策略
摘要 * 創新的無偏原位空間單細胞代謝組學（SSCM）能夠以單細胞分辨率實現高通量代謝組織樣本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技術可在大視場內提供幾乎無偽影的小分子圖像； * 創新的 4D-代謝組學可通過 CCS-Predict
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
單細胞和空間組學技術在肝臟領域的應用
近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞
單細胞轉錄組制備儀的功能
fluidigm C1 單細胞自動制備儀用于 mRNA 測序 更完整的流程 ?-首尾相連的流程對單細胞進行全轉錄組分析 最高的通量 ?-每次運行可前所未有的平行處理 96 個單細胞 更容易的操作 ?-直接從單細胞開始，簡化的樣本制備，只需 3 小時手工操作時間，沒有 片段化和純化步驟 更節省的成
研究開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
與轉錄組學和蛋白組學比較，代謝組學有何優點
那年夏天Forever與轉錄組學和蛋白組學比較,代謝組學有以下優點：①代謝組學放大了基因和蛋白表達的微小變化,從而使檢測更容易；②代謝組學的研究不需建立全基因組測序及大量表達序列 標簽(EST)的數據庫,且代謝產物的種類要遠小于基因和蛋白的數目.③ 由于給定的代謝產物在每個組織中都是一樣的,所以研究
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（一）
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（二）
4.單細胞轉錄組測序在植物領域嶄露頭角相比動物的單細胞研究，由于植物具有細胞壁的特點，使得植物的單細胞研究相比較難，但是繼2月份的擬南芥根組織單細胞轉錄組學研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又發表了一篇基于擬南芥根組織的單細胞轉錄組學研究報道[9]。來自德國圖賓根大學植
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
大咖云集，共襄單細胞多組學及空間組學線上峰會
2009年，第一篇單細胞mRNA測序的文章的發表，標志著單細胞轉錄組測序的時代正式來臨。2013年，單細胞測序技術被《Nature Methods》評為年度技術。同年，《Science》將單細胞測序列為年度最值得關注的六大領域榜首，認為該技術將改變生物界和醫學界的許多領域。 目前，基于單細胞技
大咖云集，共襄單細胞多組學及空間組學線上峰會
2009年，第一篇單細胞mRNA測序的文章的發表，標志著單細胞轉錄組測序的時代正式來臨。2013年，單細胞測序技術被《Nature Methods》評為年度技術。同年，《Science》將單細胞測序列為年度最值得關注的六大領域榜首，認為該技術將改變生物界和醫學界的許多領域。 目前，基于單細胞技
肝臟生物學中單細胞和空間組學技術的成果與挑戰
近期，中國科學院上海營養與健康研究所李虹研究組在《肝臟病學雜志》（Journal of Hepatology）上，發表了題為Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的綜述文章。該文章闡述了前沿的單細胞
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
單細胞轉錄組制備儀的技術指標
將 C1 應用于單細胞 mRNA 測序，可以從多個細胞個 體平行處理多達 96 個 cDNA 文庫，在任何 Illumina 測序儀上對 mRNA表達進行相對定量。此系統的主要特征包括： 高通量 ?-可對 96 個單細胞進行大規模平行、連貫的制備， 引入條形碼序列標記（Barcode），可將測序