三篇Nature子刊：如何克服CRISPR的脫靶效應
規律成簇的間隔短回文重復CRISPR與內切酶Cas9的組合，原本是細菌抵御病毒的重要武器，現在這一組合已經成為了一個通用工具，被用于在真核生物中進行位點特異性的基因組修飾。 最近Nature Biotechnology雜志上發表了三個研究團隊的研究成果，研究人員深入分析了CRISPR的脫靶效應，并提出了非常可行的解決之道。 CRISPR系統修改目的基因的簡便性，讓幾乎所有實驗室都有可能隨心所欲的進行基因組編輯。你需要做的只是，在自己感興趣的細胞或生物中，表達Cas9內切酶和引導RNA（gRNA）。引導RNA是一段與目標DNA片段匹配的短RNA，它指導著CRISPR-Cas9的DNA剪切活性。 不過困擾其他定向核酸酶的老問題——脫靶效應，也同樣影響著CRISPR系統。人們發現，Cas9會在基因組的一些脫靶位點進行剪切。弗吉尼亞大學Mazhar Adli等人的研究顯示，在人類基因組中Cas9除了結合目的基因以外，還殃及了許......閱讀全文
盤點全基因組檢測CRISPR脫靶位點的幾種重要技術
在2013年，來自麻省總醫院的研究人員發現使用CRISPR-Cas RNA引導性核酸酶的一個重要局限：會在預期靶點以外的位點上生成多余的DNA突變。此后陸續有研究直接說明了CRISPR/Cas9存在嚴重的脫靶性，即該技術可以發生非特異性切割，引起基因組非靶向位點的突變，這樣會造成研究結果的不確定
Detectseq技術為堿基編輯領域內提供了CBE脫靶位點
2021年6月8日，北大-清華生命科學聯合中心、北京大學生命科學學院伊成器教授課題組在Nature Methods雜志發表了題為“Detect-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand editing by cytosine
分子細胞中心等研發出系統性鑒定siRNA脫靶位點新方法
12月4日，Molecular Therapy–Nucleic Acids在線發表了中國科學院分子細胞科學卓越創新中心（生物化學與細胞生物學研究所）吳立剛研究組，上海市計劃生育科學研究所李衛華研究組與揚州大學趙雅研究組合作的研究成果Identifying Cleaved and Noncleav
Rosa2基因組中的安全位點
當我們提到“safe harbour”，你首先想到的什么呢？我們今天要討論的不是船只安全停泊的港口，而是小鼠基因組中外源基因定點整合的安全位點。接下來就讓我們一起探索小鼠基因組中的最經典的安全位點之一：Rosa26，作為基因組中的安全位點是種怎樣的體驗吧。?Rosa26：安全這塊我拿捏的死死地！?隨
CRISPR新工具開辟更多可編輯基因組位點
據最新一期《科學進展》報道，美國麻省理工學院（MIT）研究人員發現了一種可靶向幾乎一半基因組位點的Cas9酶，從而極大地擴展了基因編輯工具的適用范圍。 盡管基因編輯工具近年來取得了相當大的成功，但CRISPR-Cas9在基因組上可訪問的位點數量仍然有限。這是因為CRISPR需要在基因組靶向位點
剪接位點
中文名稱剪接位點英文名稱splicing site;splice site定 義剪接體可識別的RNA前體中內含子和外顯子連接邊界的序列和接頭位點。根據位置不同可以分為供體和接納體剪接位點。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），基因表達與調控（二級學科）
識別位點
中文名稱識別位點英文名稱recognition site定 義限制性內切酶特異結合的核苷酸序列。應用學科細胞生物學（一級學科），細胞遺傳（二級學科）
進入位點
中文名稱進入位點英文名稱entry site定 義特指氨酰tRNA進入核糖體的部位。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）?
加帽位點
中文名稱加帽位點英文名稱cap site定 義mRNA中加帽結構的部位，該位點在前體mRNA的5'端。應用學科遺傳學（一級學科），分子遺傳學（二級學科）
人類基因組“primiRNA”剪切位點圖譜繪制
人體的基因表達是一個復雜的過程，那么多的基因不可能都總是持續表達。指揮基因表達的功臣之中就包括幾種RNA分子。MicroRNA（miRNA）是一類真核生物內源性的小分子單鏈RNA，它是一種古老的、生死攸關的基因調節因素，30-60%的哺乳動物蛋白質編碼基因都受miRNA的調控（主要是基因沉默調控
曬黑還是曬傷－全基因組研究揭示曬黑相關基因位點
英國《自然·通訊》雜志近日在線發表的一項基因學研究顯示，暴露于陽光下的皮膚會曬傷而不是曬黑，正是皮膚癌的主要風險因素，而新近一項176678人參與的全基因組關聯研究（GWAS），在過去研究的基礎上，鑒定出了可能與曬黑反應相關的額外基因位點。 曬黑是皮膚在紫外線的作用下生成黑色素，造成皮膚顏色變
什么是活性位點
者一般用在大分子化學中，活性位點指的是可以發生化學反應的集團。活性位點少，發生有效碰撞的機率就少，也就是說反應比較單一，容易被控制
nut－位點的定義
中文名稱nut 位點英文名稱nut site定 義噬菌體基因組中抗終止因子N蛋白的識別位點。N蛋白對nut位點的識別和隨之發生的相互作用，使RNA聚合酶能忽略終止信號而持續通過終止子。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
磷酸化位點分析實驗磷酸化位點的確定
磷酸肽的化學測序 磷酸肽的質譜分析 源后衰變 用酶和化學方法去磷酸化 ? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 磷酸化位點的確定也使用一
磷酸化位點分析實驗磷酸化位點的確定
實驗方法原理 磷酸化位點的確定也使用一些通用方法；磷酸化蛋白質被純化，如果可能蛋白質要均一；磷蛋白被特異性的化學或酶反應切斷、產生肽混合物，其中含有一到兩個磷酸肽不同之處在干其分離磷酸肽的策略是為了確定氨基酸序列，定位肽段內磷酸化的殘基。上面所述的分離方法， 2D-PP 作圖、 HPLC 或 l
Nature?Methods：兩種新型?CRISPR?脫靶效應的分析方法
昨日，在 Nature Methods 同時刊登的兩篇研究中，發表了兩種分析 CRISPR/Cas -9 基因組編輯脫靶效應的新方法。其中一種方法可以鑒定細胞類型特異性 SNP 相關的脫靶突變，另一種則可以檢測潛在脫靶切割位點。 第一項研究中，來自麻省綜合醫院（MGH）和哈弗大學的研究人員開發
基因科學和醫學領域的新學科——脫靶基因組編輯
隨著基因組編輯技術的不斷發展，基因組編輯設計過程中的非特異性基因突變導致的脫靶效應形成了一門新的基因科學學科和醫學學科。基因編輯和檢測方法，基因改變的解析方法或對照參考的不同，使基因組編輯發生脫靶效應，從而導致不同程度的短期和長期副作用，毒性或動力學改變。對基因組編輯產生的直接或間接的動態脫靶效
證實CRISPR/Cpf1基因組編輯幾乎沒有脫靶效應
作為CRISPR基因組編輯的新工具，Cpf1因其不同于Cas9的性質而引起人們的廣泛關注。它只需要單個RNA，即crRNA（CRISPR RNA），因而組裝更加簡單；它的交錯切割模式可能促進利用所需的序列替換現有的DNA序列；它識別富含胸腺嘧啶的DNA序列，而且相對于Cas9識別的富含鳥嘌呤的序
陰離子位點顯示實驗
實驗方法原理 實驗材料 組織樣品試劑、試劑盒 磷酸緩沖液陽離子化鐵蛋白液體戊二醛鋨酸實驗步驟 1. 0.1 mol/L磷酸緩沖液配制陽離子化鐵蛋白，濃度為0.2～0.5 mg/ml。2. 組織樣品懸浮于陽離子化鐵蛋白液體中，室溫下反應30 min。3. 0.1 mol/L磷酸緩沖液充分漂洗。4. 3
加帽位點的概念
中文名稱加帽位點英文名稱cap site定 義mRNA中加帽結構的部位，該位點在前體mRNA的5'端。應用學科遺傳學（一級學科），分子遺傳學（二級學科）
細胞化學詞匯nut－位點
中文名稱：nut 位點英文名稱：nut site定 義：噬菌體基因組中抗終止因子N蛋白的識別位點。N蛋白對nut位點的識別和隨之發生的相互作用，使RNA聚合酶能忽略終止信號而持續通過終止子。應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
無嘌呤位點的定義
中文名稱無嘌呤位點英文名稱apurinic site定 義核酸中脫去嘌呤堿的部位。產生的醛基，易發生β消除反應而使核酸鏈在該處斷裂。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
SNP位點的選擇原則
1，如果是檢測基因的所有已知的SNP，那么首先要去了解并查詢到這些SNP位點，SNP位點可以通過查詢dbSNP數據庫（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）和TSC（The SNP Consortium）數據庫（http://snp.cshl.org/），可以獲知基因及上
無堿基位點的定義
中文名稱無堿基位點英文名稱abasic site定 義核酸中失去堿基的部位。該部位堿基失去后，產生一個醛基，易發生β消除反應而使核酸鏈在該處斷裂。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
核糖體結合位點
核糖體結合位點（ribosomebinding site，簡稱RBS），是指mRNA的起始AUG上游約8~13核苷酸處，存在一段由4~9個核苷酸組成的共有序列-AGGAGG-，可被16SrRNA通過堿基互補精確識別的序列。
無嘧啶位點的概念
中文名稱無嘧啶位點英文名稱apyrimidinic site定 義核酸中脫去嘧啶堿的部位。產生的醛基，易發生β消除反應而使核酸鏈在該處斷裂。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
什么是序列標簽位點？
序列標簽位點（sequence-tagged site），是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因組中任何單拷貝的短DNA序列，長度在100～500bp之間。
序列標簽位點的簡介
任何DNA序列，只要知道它在基因組中的位置，都能被用作STS標簽。作為基因組中的單拷貝序列，是新一代的遺傳標記系統，其數目多，覆蓋密度較大，達到平均每1kb一個STS或更密集。這種序列在染色體上只出現一次，其位置和堿基順序都是已知的。在PCR反應中可以檢測出STS來，STS適宜于作為人類基因組的一種
序列標簽位點的定義
序列標簽位點（sequence-tagged site），是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因組中任何單拷貝的短DNA序列，長度在100～500bp之間。
改進的CRISPRCas9，可靶向整個基因組中的任何位點
許多基礎研究人員和臨床研究人員正在測試利用一種簡單有效的基因編輯方法來研究和校正導致從失明到癌癥等各種疾病的致病突變的潛力，但是這種技術受到一定限制，即必須在基因編輯位點附近存在某個較短的DNA序列。 如今，來自美國麻省總醫院（MGH）的研究人員對這個基因編輯系統進行了改進，使得它幾乎不再受到