任兵教授利用CRISPR發現新型增強子
人類基因組只有不到2%編碼蛋白質，因此解析非編碼DNA的功能是一個很大的挑戰。科學家們已經通過分析DNA甲基化、染色質修飾、核酸酶敏感性、轉錄因子結合，在人類基因組中預測了數百萬個調控序列，但只有少數序列在天然條件下得到證實。 加州大學的研究團隊為此開發了基于CRISPR/Cas9的高通量篩選策略，并由此發現了一類新型增強子。這項研究發表在一月二十六日的Genome Research雜志上，文章的通訊作者是加州大學的任兵（Bing Ren）教授。 研究人員用自己開發的CRISPR/Cas9方法，在人胚胎干細胞（hESC）中研究了1Mbp POU5F1位點的174個候選調控序列。他們鑒定了POU5F1轉錄所必需的兩個經典調控元件，一個啟動子和一個近端增強子。 此外，研究人員還還意外發現了一類新型增強子。研究顯示，這種增強子以一種獨特的方式促進POU5F1轉錄。干擾增強子序列會導致暫時的POU5F1轉錄損失，但POU5F1......閱讀全文
為什么增強子對啟動子沒有專一性
（1）增強子可提高同一條DNA鏈上基因轉錄效率，可以遠距離作用，通常距離l～4kb，個別情況下離開所調控的基因30kb仍能發揮作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增強子作用與其序列的正反方向無關，將增強子方向倒置依然能起作用。而將啟動子倒置就不能起作用，可見增強子與啟動子是很不相同
研究可視化觀察增強子和啟動子的動態運動控制基因活性
盡管密集地排列在細胞核中，但儲存我們遺傳信息的染色體總是處于運動狀態。這使得染色體的特定區域能夠被接觸到，從而激活一些基因。在一項新的研究中，來自奧地利科技學院、美國普林斯頓大學和法國巴斯德研究所的研究人員可視化觀察這一動態過程，并對DNA的物理特性提出了新的見解。相關研究結果發表在2023年6
出人意料的非編碼RNA調控
為了將六英尺多的DNA塞進細胞核里，細胞將基因組緊緊纏繞在組蛋白核心上形成核小體，并最終將其包裝成緊密的染色質。DNA轉錄的時候需要打開核小體，而胚胎干細胞的染色質重塑復合體esBAF可以做到這一點。它不僅會打開需要轉錄的DNA，還暴露了促進轉錄的啟動子和增強子。 基因組測序研究最近顯示，增強
增強子的增強子的特點作用
① 具有遠距離效應。② 無方向性。③ 順式調節。④ 無物種和基因的特異性。⑤ 具有組織特異性。⑥ 有相位性。⑦ 有的增強子可以對外部信號產生反應。增強子能大大增強啟動子的活性。增強子有別于啟動子處有兩點:[1]增強子對于啟動子的位置不固定，而能有很大的變動;[2]它能在兩個方向產生相互作用。一個增強
Science重大成果：細胞分化的通用規則
本RIKEN牽頭的國際合作項目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science雜志上發表了一項具有里程碑意義的新成果。 研究人員對不同細胞類型的RNA表達進行了廣泛的分析。他們發現，當細胞經歷表型改變（比如細胞分化）
Science重大成果：細胞分化的通用規則
日本RIKEN牽頭的國際合作項目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science雜志上發表了一項具有里程碑意義的新成果。 研究人員對不同細胞類型的RNA表達進行了廣泛的分析。他們發現，當細胞經歷表型改變（比如細胞分化
Genes－－Devel：科學家揭示如何阻斷癌細胞的轉錄？
闡明介導子如何與TFIID串擾促進啟動子-增強子之間的交流溝通對于揭示增強子功能的機制非常重要；近日，一篇發表在國際雜志Genes & Development上題為“The Pol II preinitiation complex (PIC) influences Mediator bindin
Nature突破守則：干細胞基因表達新規則
十年前，基因的表達看上去是那么的簡單：基因被開啟或被關閉，不能同時開啟又關閉。之后時間到了2006年，一個重磅級的發現指出，在小鼠胚胎干細胞中的發育調控基因可以即激活基因，又抑制基因，這樣的基因被稱為“二價標記基因(bivalently marked genes)”，在發育和分化過程中可以有
基因組研究的“98K”——人工智能算法
每個分子遺傳學家都希望找到一個易于使用的程序，可以比較來自不同細胞條件的數據集，識別增強子區域，然后將其分配給目標基因。 如今，柏林馬克斯·普朗克分子遺傳學研究所的馬丁·溫格隆（Martin Vingron）領導的研究小組現已開發出一個掌握所有這些內容的程序。 “ DNA非常無聊，因為它在每個
CRISPR觸發的內源Oct4或Sox2基因位點染色質重塑激活細胞
題目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影響因子：23.3
CRISPR觸發的內源Oct4或Sox2基因位點染色質重塑激活細胞
題目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影響因子：23.3
上海生科院揭示轉錄中介體Med23亞基在神經分化過程
1月6日，國際學術期刊Development 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所王綱研究組的研究成果Mediator Med23 deficiency enhances neural differentiation of murine embryonic stem
CRISPR觸發的內源Oct4或Sox2基因位點染色質重塑激...（二）
3. CRISPR-dCas9-SunTag-VP64系統單獨對Sox2基因進行內源激活，也能有效獲得iPS研究者單獨選取了能對Sox2進行激活的SgRNA進行iPS誘導，發現在有效激活內源Sox2基因表達的情況下，能成功得到誘導性多能干細胞，并能穩定增殖傳代。得到iPS通過體內體外實驗，如干細胞基
增強子的分類
增強子可分為細胞專一性增強子和誘導性增強子兩類:①組織和細胞專一性增強子。許多增強子的增強效應有很高的組織細胞專一性,只有在特定的轉錄因子(蛋白質)參與下,才能發揮其功能。②誘導性增強子。這種增強子的活性通常要有特定的啟動子參與。例如,金屬硫蛋白基因可以在多種組織細胞中轉錄,又可受類固醇激素、鋅、鎘
增強子的定義
增強子是DNA上一小段可與蛋白質結合的區域,與蛋白質結合之后,基因的轉錄作用將會加強。增強子可能位于基因上游,也可能位于下游。且不一定接近所要作用的基因,這是因為染色質的纏繞結構,使序列上相隔很遠的位置也有機會相互接觸。
CRISPR觸發的內源Oct4或Sox2基因位點染色質重塑激...（一）
CRISPR觸發的內源Oct4或Sox2基因位點染色質重塑激活細胞重編程題目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus EnablesReprogramming to Pluripotency期刊：C
生物物理所揭示基因組重復序列Alu調控轉錄新機制
7月12日，中國科學院生物物理研究所薛愿超團隊在《自然》（Nature）上，在線發表了題為Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究論文。 轉錄調控在維持細胞功能和正常發育過程中起著關鍵作用。其中，增
概述增強子的特點作用
① 具有遠距離效應。 ② 無方向性。 ③ 順式調節。 ④ 無物種和基因的特異性。 ⑤ 具有組織特異性。 ⑥ 有相位性。 ⑦ 某些增強子可以應答外部信號。 增強子能大大增強啟動子的活性。增強子有別于啟動子處有兩點:[1]增強子對于啟動子的位置不固定,而能有很大的變動；[2]它能在兩個
關于增強子的特點介紹
① 具有遠距離效應。 ② 無方向性。 ③ 順式調節。 ④ 無物種和基因的特異性。 ⑤ 具有組織特異性。 ⑥ 有相位性。 ⑦ 某些增強子可以應答外部信號。 增強子能大大增強啟動子的活性。增強子有別于啟動子處有兩點:[1]增強子對于啟動子的位置不固定，而能有很大的變動；[2]它能在兩個
順式作用元件的結構增強子的特點介紹
（1）增強子可提高同一條DNA鏈上基因轉錄效率，可以遠距離作用，通常距離l～4kb，個別情況下離開所調控的基因30kb仍能發揮作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增強子作用與其序列的正反方向無關，將增強子方向倒置依然能起作用。而將啟動子倒置就不能起作用，可見增強子與啟動子是很不相同
順式作用元件的結構增強子的介紹
增強子是遠離轉錄起始點、決定基因的時間、空間特異性表達、增強啟動子轉錄活性的DNA序列，其發揮作用的方式通常與方向、距離無關，可位于轉錄起始點的上游或下游。從功能上講，沒有增強子存在，啟動子通常不能表現活性；沒有啟動子時，增強子也無法發揮作用。 增強子最早是在SV40病毒中發現的長約200bp
Cell繪制廣泛的人類基因組互作圖譜
來自歐洲分子生物學實驗室(EMBL)、斯坦福大學的科學家們闡明了，我們的基因表達在DNA中受控的機制。發表在《細胞》(Cell)雜志上的這項新研究，將促成更好地了解某些遺傳變異可以開啟或關閉控制基因表達的調控元件，最終表現為個體特征和疾病易感性的機制。 這些變異存在于非直接負責編碼基因，而是發
任兵教授利用CRISPR發現新型增強子
人類基因組只有不到2%編碼蛋白質，因此解析非編碼DNA的功能是一個很大的挑戰。科學家們已經通過分析DNA甲基化、染色質修飾、核酸酶敏感性、轉錄因子結合，在人類基因組中預測了數百萬個調控序列，但只有少數序列在天然條件下得到證實。 加州大學的研究團隊為此開發了基于CRISPR/Cas9的高通量篩選
關于順式作用元件的簡介
順式作用元件是指與結構基因串聯的特定DNA序列，是轉錄因子的結合位點，它們通過與轉錄因子結合而調控基因轉錄的精確起始和轉錄效率。 在分子遺傳學領域，相對同一染色體或DNA分子而言為“順式”（cis）；對不同染色體或DNA分子而言為“反式”（trans）。 順式作用元件是轉錄調節因子的結合位點
5月13日《自然》雜志精選
封面故事：?“伯吉斯頁巖型”動物群落?在早奧陶世地層被發現? 加拿大的伯吉斯頁巖以含有各種各樣軟體動物化石而出名，這些動物來自寒武紀中期，距今約5.1億年，它們提供了一個了解早期海洋動物的窗口。現在，人們知道類似的動物來自相距非常遠的不同地方，如中國和格陵蘭，但過去有關證據似乎表明
關于增強子的作用介紹
增強子具有組織特異性，例如免疫球蛋白基因的增強子只有在B淋巴胞內，活性才最高。除此以外，在胰島素基因和胰凝乳蛋白酶基因的增強子中都發現了有很強的組織特異性。此外，所有的增強子中均有一段由交替的嘧啶-嘌呤殘基組成的DNA，這種DNA極易形成Z-DNA型；故有人認為在形成一小段Z-DNA后，增強子才
增強子的特點作用
① 具有遠距離效應。② 無方向性。③ 順式調節。④ 無物種和基因的特異性。⑤ 具有組織特異性。⑥ 有相位性。⑦ 某些增強子可以應答外部信號。
簡述增強子的發現
1981年Benerji在SV40DNA中發現一個140bp的序列,它能大大提高SV40DNA/兔β—血紅蛋白融合基因的表達水平,這是發現的第一個增強子。它位于SV40早期基因的上游,由兩個正向重復序列組成,每個長72 bp。發現的增強子多半是重復序列,一般長50bp,通常有一個8—12bp組成
增強子元件的定義
中文名稱增強子元件英文名稱enhancer element定 ?義存在于高等真核生物和各種病毒的基因組中的一種DNA序列。通常位于基因轉錄起始位點的上游,在與專一的轉錄因子結合后能提高該基因的轉錄水平。與啟動子不同,單獨的增強子元件不足以使基因表達。它們在兩個方向和與啟動子的任何距離處都能發揮作用。
增強子的特點作用
① 具有遠距離效應。② 無方向性。③?順式調節。④ 無物種和基因的特異性。⑤ 具有組織特異性。⑥ 有相位性。⑦ 某些增強子可以應答外部信號。