Science：新測序法挖掘新的核糖調控元件
最近，以色列魏茨曼科學研究所分子遺傳學系的副教授Rotem Sorek帶領的一個研究小組，開發出一種新的測序技術，為細菌核糖調控打開了大門。相關研究結果發表在《Science》雜志。 當涉及到調節基因時，細菌與真核生物有很大的不同。在細菌中，稱為核糖開關（riboswitches）的功能性調控因子，存在于基因序列上。當結合時，核糖開關可以有效地阻止一個基因的轉錄，從而導致轉錄過早終止、產物縮短，以及沒有蛋白質產生。在研究這種形式的基因調控時，研究人員面臨的挑戰一直在于，識別這些核糖開關，然后僅僅確定哪些分子在它們的調控中發揮作用。延伸閱讀：細菌如何打開核糖開關？；發現新型“核糖開關”； 復旦大學最新Cell：核糖開關十年。 定位這些位點的一種可能的方法是，使用RNA測序尋找縮短的轉錄本。在真核生物中，尋找縮短的轉錄本或評估任何轉錄本的3′末端是很容易的，因為這些轉錄本通常在末端包含一個聚腺苷酸化[poly(A)]標簽，作......閱讀全文
Science：新測序法挖掘新的核糖調控元件
最近，以色列魏茨曼科學研究所分子遺傳學系的副教授Rotem Sorek帶領的一個研究小組，開發出一種新的測序技術，為細菌核糖調控打開了大門。相關研究結果發表在《Science》雜志。 當涉及到調節基因時，細菌與真核生物有很大的不同。在細菌中，稱為核糖開關（riboswitches）的功能性調控
核糖核酸（RNA）測序
RNA在細胞中的穩定性較差，在實驗中也更容易受到核酸酶的攻擊。因為RNA是由DNA轉錄產生的，所以信息已經存在于細胞的DNA中。然而，有時也需要對RNA分子進行測序。雖然DNA測序給出了生物體的遺傳圖譜，但RNA測序卻反映了細胞中活躍表達的序列。為了給RNA測序，通常的方法是首先對從樣品中提取的
DNA(脫氧核糖核酸)測序
DNA測序是確定特定DNA片段的核苷酸順序的過程。到目前為止，大多數的DNA測序都是使用弗雷德里克·桑格開發的鏈終止方法進行的。這種技術利用修飾的核苷酸底物通過序列特異性終止DNA的合成反應。然而，新的測序技術，如焦磷酸測序正在獲得越來越多的測序市場份額。焦磷酸測序比桑格DNA測序產生了更多的基
微小核糖核酸蘊藏基因調控之謎
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/10/531128.shtm 維克托·安布羅斯（左）和加里·魯夫坎（右）因發現微小核糖核酸及其在轉錄后基因調控中的作用而獲得2024年諾貝爾生理學或醫學獎。諾貝爾獎官網 ? 同一個人的所有細胞都包
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circ
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（二）
3. 環狀RNA的差異表達與前列腺癌的進展有關研究者對144個前列腺癌進行了聚類分析，與線性RNA相比，環狀RNA最強模式與它們在每個樣本中的總體豐度相一致。另外，極端circRNA分布的患者的預后明顯較circRNA分布穩定的患者差，同時極端circRNA index組也與更高的轉移發生率
PNAS驚人發現：核糖體兼具調控功能
最難捉摸的除了人心還有病毒，RNA病毒復制起來實在太不準確，這也使其往往能夠輕松戰勝抗病毒藥物。病毒每復制一次基因組至少會產生一個錯誤，這樣一邊增殖一邊突變的病毒基因組對于抗病毒藥物來說簡直就像移動靶。成功對付逆轉錄病毒并不容易，人們為了攻擊HIV得將多種藥物混合在一起展開包圍圈，才讓讓病毒更難
《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制！
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
DNA測序的測序技術
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（Next-generation sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以
測序解析miRNA調控害蟲發育機制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范圍內嚴重危害十字花科作物生長的鱗翅目害蟲，據估計每年造成的損失和防治成本達到40-50億美元。最近的轉錄組分析和基因組測序為了解小菜蛾適應環境脅迫的分子機制提供了一個極好的機會。盡管Etebari等1發現了在寄生脅迫下二齡幼蟲中的一組miRNA
小核糖核酸分子可調控腫瘤血管新生
科技日報昆明2月7日電 來自中國科學院昆明動物研究所的消息，國際學術期刊《致癌基因》最新發表了該所腫瘤生物學學科組陳策實課題組的成果，他們在小核糖核酸分子調控乳腺癌血管新生功能及機制的研究中取得了重要進展。 據陳策實研究員介紹，實體瘤生長，需依賴于血液提供充足的營養和氧氣。因此，只要將腫瘤
小核糖核酸分子可調控腫瘤血管新生
來自中國科學院昆明動物研究所的消息，國際學術期刊《致癌基因》最新發表了該所腫瘤生物學學科組陳策實課題組的成果，他們在小核糖核酸分子調控乳腺癌血管新生功能及機制的研究中取得了重要進展。 據陳策實研究員介紹，實體瘤生長，需依賴于血液提供充足的營養和氧氣。因此，只要將腫瘤的發展阻斷在血管新生階段，就
利用納米孔測序技術揭示基因表達的染色質調控基礎
作為染色質的基本單元，核小體由大約147 bp的DNA和組蛋白八聚體（H2A, H2B, H3和H4）組成。核小體的動態定位和折疊組織會產生兩種不同的染色質狀態：“開放”（open）和“閉合”（closed）。核小體的定位和染色質狀態的動態變化對以DNA為模板的生物學過程（比如，轉錄、DNA復制
DNA測序技術的測序規律
生成互相獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組寡核苷酸都有固定的起點，但卻隨機終止于特定的一種或者多種殘基上。由于DNA上的每一個堿基出現在可變終止端的機會均等，因此上述每一組產物都是一些寡核苷酸混合物，這些寡核苷酸的長度由某一種特定堿基在原DNA全片段上的位置所決定。在可以區分長度僅差一個核苷酸
DNA測序技術的測序原理
化學修飾法測序原理化學試劑處理末段DNA片段，造成堿基的特異性切割，產生一組具有各種不同長度的DNA鏈的反應混合物，經凝膠電泳分離。化學切割反應：包括堿基的修飾，修飾的堿基從其糖環上轉移出去在失去堿基的糖環處DNA斷裂。Sanger法測序的原理就是利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物
核糖核酸干擾技術(RNAi技術)介紹
轉錄后基因沉默（PTGS， post- transcriptional gene silencing）-最初被認為僅限于矮牽牛花和其它一些植物中的奇異現象，是目前分子生物學研究中一個最熱門的話題。過去幾年中，科研工作者已明確轉錄后基因沉默現象普遍存在于動、植物中，在機體防御病毒入侵和轉座子沉默效應中
DNA測序技術
目前還有一種基于半導體芯片的新一代革命性測序技術——Ion Torrent。該技術使用了一種布滿小孔的高密度半導體芯片， 一個小孔就是一個測序反應池。當DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA鏈上時，會釋放出一個氫離子，反應池中的PH發生改變，位于池下的離子感受器感受到H+離子信號，H+離子信號再直
DNA測序技術的測序的規律
生成互相獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組寡核苷酸都有固定的起點，但卻隨機終止于特定的一種或者多種殘基上。由于DNA上的每一個堿基出現在可變終止端的機會均等，因此上述每一組產物都是一些寡核苷酸混合物，這些寡核苷酸的長度由某一種特定堿基在原DNA全片段上的位置所決定。在可以區分長度僅差一個核苷酸
測序技術及測序儀器的比較
自sanger測序技術發明以來，經人類基因組計劃的促進，測序技術有了跨越式的發展，以實驗方法與實驗儀器的改進為標志,測序技術經歷了三代的發展，同時測序技術向著高通量測序，單分子測序，低價格測序的方向發展，目前測序技術已成為分子生物學實驗中的重要的實驗手段。本文主要簡單回溯了測序技術的發展歷史，介紹了
高通量測序技術——第二代測序技術
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(de
中國農大:測序解析miRNA調控害蟲發育機制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范圍內嚴重危害十字花科作物生長的鱗翅目害蟲，據估計每年造成的損失和防治成本達到40-50億美元。最近的轉錄組分析和基因組測序為了解小菜蛾適應環境脅迫的分子機制提供了一個極好的機會。盡管Etebari等1發現了在寄生脅迫下二齡幼
測序與芯片揭示miRNA調控海參夏眠機制
海參（Apostichopus japonicus），是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物，以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨，上層海水由于太陽光強烈照射，溫度上升。此時，海底的小生物都浮到海面，進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參，迫于夏季食物中斷，進入夏眠，此時，其基礎代謝率明
北林大構建木質素生物合成遺傳互作調控網絡
北京林業大學高精尖林木分子育種創新團隊開展楊樹木質素生物合成通路遺傳調控網絡的解析工作，通過大規模鑒定木質素合成通路中具有調控作用的小核糖核酸、長鏈非編碼核糖核酸與轉錄因子，構建了木質素生物合成遺傳互作調控網絡。研究成果近日發表于《植物生物技術》。 該研究以我國毛白楊優異種質資源群體為材料，利
研究揭示Tbox核糖開關折疊動態的調控機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512798.shtm
測序牛人發布蛋白單分子測序技術
人類生命的藍圖是三十億堿基對組成的人類基因組。而DNA編碼的蛋白質是幾乎所有生命過程的主要執行者。 現在，美國亞利桑納州立大學Biodesign研究所的Stuart Lindsay及其同事，在納米孔DNA測序技術的基礎上，開發了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術。這一技術不僅可以用
DNA測序技術的測序反應的介紹
1. 對于每組測序反應，標記四個0.5ml eppendorf管(G、A、T、C)。每管加入2ml適當的d/ddNTP混合物(d/ddNTP Mix)。各加入1滴(約20ml)礦物油，蓋上蓋子保存于冰上或4℃備用。 2. 對于每組四個測序反應,在一個eppendorf管中混合以下試劑： （1
DNA測序技術自動測序法介紹
自動測序法基因分析儀(即DNA測序儀)，采用毛細管電泳技術取代傳統的聚丙烯酰胺平板電泳，應用該公司ZL的四色熒光染料標記的ddNTP(標記終止物法)，因此通過單引物PCR測序反應，生成的PCR產物則是相差1個堿基的3'末端為4種不同熒光染料的單鏈DNA混合物，使得四種熒光染料的測序PCR產物
DNA測序技術的技術原理
化學修飾法測序原理化學試劑處理末段DNA片段，造成堿基的特異性切割，產生一組具有各種不同長度的DNA鏈的反應混合物，經凝膠電泳分離。化學切割反應：包括堿基的修飾，修飾的堿基從其糖環上轉移出去在失去堿基的糖環處DNA斷裂。Sanger法測序的原理就是利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物
關注前沿測序技術
而在蛋白質測序方面，《The Scientists》雜志回顧了一下研究進展，文中提到，上個世紀70年代的生化學家在鉆研細胞信號傳遞、循環和粘附的蛋白化學特征時遇到兩個難題：高精度純化蛋白和提純低分子量蛋白。 比如，在人類破譯干擾素結構之前的20多年中，很難對其進行純化；血管緊縮素II（angi