GenomeBiology：普通小麥精細表觀組圖譜繪制成功
7月15日，Genome Biology期刊在線發表中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所張一婧研究組與南京農業大學張文利研究組等合作完成的研究論文。該工作生成并繪制普通小麥精細的表觀組圖譜，以此為基礎針對性開發整合計算流程對全基因組順式調控元件進行了系統的挖掘與鑒定，并初步探索了其作用機制，為小麥基因調控機制解析研究提供了重要資源。 廣泛種植的六倍體普通小麥具有龐大而復雜的基因組，高質量的普通小麥全基因組序列于2019年初公布，大小約為16 Gb，是人類基因組的5倍。其中93%是非編碼序列，蘊含著豐富的基因遠端調控元件。在小麥全基因組水平準確鑒定順式元件并解析其調控機制，是研究小麥多倍化及馴化過程中基因表達調控的關鍵步驟。由于表觀修飾在基因調控過程中發揮了重要作用，有機整合表觀組信息有助于在全基因組水平精準預測順式調控區域。但是，與基因組序列相對簡單的模式生物相比，龐大而復雜的小麥基因組對組學數據產生與數......閱讀全文
Genome－Biology：普通小麥精細表觀組圖譜繪制成功
7月15日，Genome Biology期刊在線發表中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所張一婧研究組與南京農業大學張文利研究組等合作完成的研究論文。該工作生成并繪制普通小麥精細的表觀組圖譜，以此為基礎針對性開發整合計算流程對全基因組順式調控元件進行了系統的挖掘與鑒定，并初步探索
首次繪制小麥表觀基因組圖譜
最近，英國利物浦大學的科學家們，對小麥中調節基因活性的遺傳性分子變化，進行了首次全基因組范圍的調查，這可能成為提高作物育種技術的一種新工具。相關研究結果發表在最新一期的《Genome Biology》。延伸閱讀：權威期刊發布首個小麥單體型圖譜。 表觀遺傳標記是一種化學標簽，將自己附著在DNA上
Genome－Biology發布菜豆基因組測序結果
菜豆（Phaseolus），是世界上最古老的作物之一。幾千年前，它與玉米和木薯一起，在美國被馴養，成為世界性的主要主食。根據聯合國糧食和農業組織（FAO）的研究顯示，普通菜豆是最重要的糧食豆類，占世界食用豆類食品的50%，在超過5億人的飲食中顯得尤為重要。這種作物種植在拉丁美洲、非洲、中東、中國
Genome－Biology：為CRISPR選擇最佳向導
細菌一直在與病毒或入侵核酸進行斗爭，為此它們演化出了多種防御機制，CRISPR-Cas9 適應性免疫系統就是其中之一。規律成簇的間隔短回文重復CRISPR與內切酶Cas9的組合，可以在引導RNA的指引下，靶標并切割入侵者的遺傳物質。 2012年研究者們利用這一特點，將CRISPR系統發展成了強大
Genome－Biology發文介紹RNA印記法
生物學家們逐漸意識到，RNA不只是DNA和蛋白之間的過渡產物，它對調節基因的表達有重要作用。深入研究RNA調控，能夠幫助科學家們進一步理解相關疾病。 賓夕法尼亞大學的科學家們開發了分析RNA調控的新方法，這一方法能夠有效獲得RNA與RNA結合蛋白(RBP)互作的所有位點。這一發表在Geno
Genome－Biology：食物會影響DNA序列
牛津大學的研究人員在兩種寄生蟲中檢測到了食物組分造成的DNA序列差異。他們在Genome Biology雜志上發表文章指出，食物能夠影響生物的基因序列。 “生物從食物中獲取原料構建自己的DNA。我們認為，食物組分可能應該能夠改變生物的DNA。我們也許可以預測素食者熊貓與肉食者北極熊之間的基因差
蘇州大學Genome－Biology：聚焦基因組中的新基因
來自蘇州大學、芝加哥大學的研究人員在新研究中，調查了人類和小鼠基因組中新基因驅動基因間相互作用（GGI）網絡的速度及模式。這項研究發布在近期的《基因組生物學》（Genome Biology）雜志上。 蘇州大學的沈百榮（Bairong Shen）教授及芝加哥大學遺傳與進化系終身教授龍漫遠(Man
Genome－Biology：構建豬體細胞染色質三維結構圖譜
豬不僅是重要的經濟家畜，在生物醫學領域也有重要應用。生豬的育種中廣泛應用了輔助生殖技術，包括體外受精技術、孤雌和孤雄生殖技術等。但與體外受精胚胎相比，孤雌和孤雄胚胎的存活率級低。這一存活率差異產生的機制目前還不清楚。深入理解這一機制不僅有助于增加商業化豬育種的產仔數，也將有利于生物醫學研究中轉基
Genome－Biology：新技術90分鐘完成全基因組序列分析
美國國家兒童醫院（Nationwide Children's Hospital）的研發人員最近在Genome Biology上發布了一個自主開發的分析軟件，表示這個軟件使尋找全基因組致病變異從幾周縮短到按幾十個小時。 第一個人類基因組測序完成耗時大約13年，耗費30億美元，而現在技術測序技術的
Genome－Biology：大豆重要性狀遺傳網絡解析
不同復雜性狀間的耦合是分子設計育種的關鍵科學問題。作物的產量、品質等大都是多基因控制的復雜性狀，由于受到一因多效和遺傳連鎖累贅的影響，使某些性狀在不同材料和育種后代中協同變化，呈現耦合性相關。解析復雜性狀間耦合的遺傳調控網絡，明確關鍵調控單元，對分子設計育種具有重要意義。大豆原產中國，是人類和動
Genome－Biology：RNAseq需要多長的讀長？
隨著新一代測序（NGS）的讀長在不斷增長，研究人員也開始糾結：到底多長的讀長才合適？雙端測序是不是優于單端測序？近日，康奈爾大學維爾醫學院的研究人員在《Genome Biology》雜志上發表文章，認為對于差異表達分析而言，讀長并非越長越好。不過，雙端測序和長的讀長無疑能改善剪接的檢測。 最初
歷經13年－小麥基因組圖譜繪制完成
經過１３年努力，來自２０個國家７３個研究機構的２００多名科學家終于繪制完成完整的小麥基因組圖譜。這項“里程碑”工作為培育產量更高、營養更豐富、氣候適應性更強的小麥品種奠定基礎。 國際小麥基因組測序協會１６日在說，他們以一種叫做“中國春”的小麥遺傳研究模式品種為材料，研究整合了２１條小麥染色
973首席科學家發表《Genome－Biology》文章
來自西南大學蠶學與系統生物學研究所的研究人員利用家蠶全基因組芯片分析家蠶多種組織基因表達特征，這一研究成果公布在國際生物學權威期刊《Genome Biology》網絡版上。 領導這一研究的是夏慶友教授，現任教育部“長江學者”特聘教授，“973”項目首席科學家 原文檢索：Genome Biolog
研究繪制迄今最大規模個人表觀基因組圖譜
日前，復旦大學類腦智能科學與技術研究院楊禹丞等DNA元件百科全書計劃國際合作團隊，首次繪制迄今全球最大規模個人表觀基因組圖譜。作為人類基因組計劃以來最大的基因組學協作計劃，“DNA元件百科全書計劃”（Encyclopedia of DNA Elements）從2003年啟動至今整整20周年；本研
研究繪制迄今最大規模個人表觀基因組圖譜
日前，復旦大學類腦智能科學與技術研究院楊禹丞等DNA元件百科全書計劃國際合作團隊，首次繪制迄今全球最大規模個人表觀基因組圖譜。作為人類基因組計劃以來最大的基因組學協作計劃，“DNA元件百科全書計劃”（Encyclopedia of DNA Elements）從2003年啟動至今整整20周年；本研
研究繪制迄今最大規模個人表觀基因組圖譜
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/497746.shtm 日前，復旦大學類腦智能科學與技術研究院楊禹丞等DNA元件百科全書計劃國際合作團隊，首次繪制迄今全球最大規模個人表觀基因組圖譜。作為人類基因組計劃以來最大的基因組學協作計劃，“DN
Nature里程碑成果：擴展人類表觀基因組圖譜
10年前，科學家們宣布人類基因組計劃(Human Genome Project)完工。通過這一國際項目人們旨在了解人類獨特的四種核苷酸——腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鳥嘌呤的組合。這一生物學字母表幫助研究人員確定了人類基因組中大約2.5萬個編碼基因，然而隨著時間的推移，他們開始提出一些關于這些
遺傳發育所在小麥胚發育的表觀組調控方面取得進展
胚胎發育是生物生命周期中至關重要的環節之一，在動植物中存在廣泛的保守性和特異性。動物胚胎發育過程中存在基因組范圍內表觀遺傳修飾的重編程事件，并影響了胚胎發育的進程。胚胎發育過程也適用于探究表觀修飾及轉錄調控對細胞命運決定的貢獻。然而，人們對于植物胚發育過程中轉錄及表觀修飾層面變化的了解要滯后于動
遺傳發育所在小麥胚發育的表觀組調控方面取得進展
胚胎發育是生物生命周期中至關重要的環節之一，在動植物中存在廣泛的保守性和特異性。動物胚胎發育過程中存在基因組范圍內表觀遺傳修飾的重編程事件，并影響了胚胎發育的進程。胚胎發育過程也適用于探究表觀修飾及轉錄調控對細胞命運決定的貢獻。然而，人們對于植物胚發育過程中轉錄及表觀修飾層面變化的了解要滯后于動
遺傳發育所在小麥胚發育的表觀組調控方面取得進展
胚胎發育是生物生命周期中至關重要的環節之一，在動植物中存在廣泛的保守性和特異性。動物胚胎發育過程中存在基因組范圍內表觀遺傳修飾的重編程事件，并影響了胚胎發育的進程。胚胎發育過程也適用于探究表觀修飾及轉錄調控對細胞命運決定的貢獻。然而，人們對于植物胚發育過程中轉錄及表觀修飾層面變化的了解要滯后于動
科學家繪制出首幅小麥基因組物理圖譜
《科學》：有助于培育出更高產和抗旱的小麥新品種 一個由法國、美國、澳大利亞等國科學家組成的研究小組日前為小麥的一個基因組繪制出了首幅物理圖譜，這一成果將有助于科學家培育出更高產和抗旱的小麥新品種。?基因組物理圖譜是指有關構成基因組的全部基因的排列和間距的信息，它是通過對構成基因組的DNA分子進行
《Genome－Biology》：上海交大參與發表強迫癥研究成果
報道： 在2014年3月份的《基因組生物學》(Genome Biology)發表的一項研究中，美國哈佛-麻省理工博德研究所(The Broad Institute of MIT and Harvard)、麻省理工學院、上海交通大學、明尼蘇達大學和康奈爾大學等研究結構的研究人員，采用全基因
頂級實驗室《Nature》發布表觀基因組學圖譜
基因組中表觀遺傳變化是能遺傳的，近期來自Salk生物學研究所等處的一組研究人員完成了一項野生植物表觀基因組學全范圍內的研究分析，從中發現了這種修飾與遺傳信息相互作用的共同模式。這一成果公布在3月7日Nature雜志在線版上。 文章通訊作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. E
植物所揭示萊茵衣藻m6A表觀轉錄組圖譜
m6A是廣泛存在于真核生物mRNA中的表觀修飾，與RNA命運相關。近年來，m6A修飾在植物胚胎發育、莖尖分生組織的命運決定、表皮毛發生、根部發育、葉形態發生、開花轉變、脅迫響應、果實成熟及孢子發生等多個生物學過程中發揮重要功能。然而，m6A在藻類中的功能尚不清楚。藻類包含從單細胞到多細胞的多種細
Genome－Biology：胰腺癌肝轉移的分子特征研究新進展
近日，中國科學院上海營養與健康研究所研究員李虹、李亦學研究組，與上海交通大學附屬仁濟醫院主任醫師孫勇偉、研究員薛婧、主任醫師王理偉及研究員張志剛團隊合作的研究成果，以Integrated genomic and transcriptomic analysis reveals unique cha
科學家成功繪制－首幅小麥基因組物理圖譜
一個由法國、美國、澳大利亞等國科學家組成的研究小組日前為小麥的一個基因組繪制出了首幅物理圖譜，這一成果將有助于科學家培育出更高產和抗旱的小麥新品種。 基因組物理圖譜是指有關構成基因組的全部基因的排列和間距的信息，它是通過對構成基因組的DNA分子進行測定而繪制的。繪制物理圖譜的目的是把有關基因的遺傳
多國科學家破解硬粒小麥全基因組圖譜
近日，來自意大利、加拿大、德國等多國科研機構的科學家共同在Nature Genetics上發表了題為“Durum wheat genome highlights past domestication signatures and future improvement targets”的文章，繪制
解析小麥多倍化的表觀遺傳調控分子機制
近日，南京農業大學農學院教授宋慶鑫課題組在《基因組生物學》（Genome Biology）上發表了研究論文。該研究利用OCEAN-C技術繪制了不同倍性小麥的開放染色質互作圖譜，并整合了染色質可及性、組蛋白修飾和轉錄組，深入解析了六倍體小麥多倍化過程中開放元件遠距離互作調控基因表達的分子機制。
Genome－Biology：上海交大解析阿司匹林的抗結直腸癌機制
癌癥化學預防指利用天然或合成的化學物質來阻止、逆轉、減緩癌癥的發生發展過程。雖然阿司匹林的化學預防效果已經被廣泛研究，但人們還不完全清楚細胞組分在其中起到的作用，比如長非編碼RNA（lncRNA）。lncRNA是長達兩百個核苷酸以上的轉錄本，絕大多數位于細胞核內。 上海交大醫學院的研究團隊發現
Genome－Biology：聯合鑒定肺癌篩查與臨床預后生物標志物
肺癌是最常見的癌癥類型，并且表現出復雜的發病機理和高度異質性，遺傳因素是導致肺癌發生的風險之一，但目前其機制尚不清楚，研究發現13q12.12中的SNP rs753955（A> G）與中國人群中的肺癌發生風險高度相關。 2019年5月24日，南京醫科大學孫玉潔、沈洪斌，昆明醫科大學宋鑫等人在Ge