空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數據還原，結合已有認知可以大概推斷出來不同的細胞類群在原有組織中的情況。但真實的組成我們不能清晰描繪。因此，面對這樣的現狀，有沒有更好的解決方案呢？當二代測序近乎完勝基因芯片時，誰也不會想到，芯片會有一個華麗轉身，而這次，基因芯片將為二代測序的拓展研究發揮決定性的作用，這就是空間轉錄組測序研究的橫空出世--10x Genomics Visium空間基因表達解決方案。空間轉錄組測序以冰凍切片為材料，解決了細胞解離和細胞活性要求的限制，也將樣本取下后到單細胞測序建庫留有足夠的時間。通過將冰凍切片進行組織染色和芯片的細胞捕獲，實現了同時對空間位置......閱讀全文
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數據還
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
新產品前瞻－空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
空間組學新技術破解腫瘤細胞早期空間侵襲模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大學醫學院分子醫學研究院楊朝勇團隊和附屬仁濟醫院泌尿科鄭軍華團隊開發了一種空間轉錄組學測序新技術Decoder-seq，并運用該技術探究了早期腎細胞癌（RCC）兩種亞型腫
掀開空間轉錄組學的面紗：可視化觀察組織中的基因表達
在一項新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所和皇家理工學院等機構的研究人員開發出一種新的被稱作空間轉錄組學（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一種組織中哪些基因是有活性的。這種方法能夠被用于所有類型的組織中，而且在臨床前研究和癌癥診斷中是有價值的。相關研究結果發表在
杭州華大與南科大新突破：3D“生命劇本”解碼果蠅發育全程
動物發育是基因與細胞在時空維度上精密協作的復雜過程。以果蠅為例，其發育的過程，大體需要經過卵、幼蟲、蛹和成蟲4個階段。如果說這個成長過程，是一場精密編排的“生命舞臺劇”，那么每個細胞何時何地“登場”、如何變成特定的細胞類型，便都是由基因“劇本”調控的。但一直以來，科學家很難完全讀懂發育時空動態背后的
學者開發PASSAGE加速大規模空間轉錄組學特征識別
中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院與北京大學生物醫學前沿創新中心/昌平實驗室合作，在國家自然科學基金、國家重點研發計劃等項目的資助下，開發面向大規模異質性空間轉錄組學切片的表征與空間特征解析方法PASSAGE。2月5日，相關成果發表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
我國學者在空間轉錄組學測序方面取得進展
圖 空間轉錄組測序技術Decoder-Seq的示意圖 在國家自然科學基金項目（批準號：21927806）等資助下，廈門大學楊朝勇教授團隊在空間轉錄組測序技術與應用上取得進展，相關研究成果以“解碼測序提高空間轉錄組測序的轉錄本捕獲效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
空間轉錄組技術用于免疫治療的研究與展望
腫瘤免疫治療現狀近年來，免疫療法，這種通過激活患者的免疫系統來殺死癌細胞的策略，已成為對抗癌癥的新希望。目前的免疫療法主要基于癌癥疫苗，細胞因子（例如白介素2），繼細胞轉移（ACT）和免疫檢查點抑制。基于他們的特點，特別針對程序性細胞死亡-1 /程序性細胞死亡配體1（PD-1 / PD-L1）途
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechn
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
動物所建立高通量大視野空間轉錄組學新技術
在生物醫學研究領域，空間轉錄組學技術已成為揭示細胞組成、空間異質性以及細胞間復雜相互作用的關鍵工具，對探討胚胎發育、神經科學及疾病發生機制等至關重要。然而，該技術在實際應用中受限于成本高昂、視野范圍有限和數據處理通量不足等技術瓶頸。這些限制在構建三維及多時空全轉錄組圖譜時尤為突出。9月10日，中國科
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
3D打印將開啟“私人訂制”生產模式
3D打印方興未艾，市場應用前景可期 最近幾年，3D打印的曝光度越來越高，3D打印房屋、3D打印汽車等3D打印產品的橫空出現，不僅引起民眾的廣泛關注，更是使得3D打印成為投資資金的新寵，銀邦股份、中航重機、華中數控等3D打印概念股表現大好。實際上，3D打印并非新鮮事物，早在20世紀80年代就
發表空間轉錄組與人工智能最新研究成果
近日，電子信息與電氣工程學院自動化系沈紅斌教授、袁野副教授的課題組（模式識別與生物信息學課題組）在《自然-計算科學》（Nature Computational Science）上發表題為《利用圖神經網絡對空間轉錄組數據進行細胞聚類》（Cell clustering for spatial tra
NorthwesternUniversity為空間轉錄組學創建開源“一站式商店”
紐約——Northwestern University的科學家最近發布了空間轉錄組學分析資源（SOAR），這是一個在線工具，旨在成為空間轉錄組學研究的“一站式商店”。 這項平臺在本周《科學進展》（Science Advances）發表的一項研究中被介紹。 Northwestern Unive
基因組學推動生命科學大步向前
2010年下旬，河南安陽曹操墓真偽之辯正酣。而一則來自上海的重磅消息更是引發了多方關注。復旦大學現代人類學教育部重點實驗室宣布，向全國征集曹姓男性DNA樣本，擬用基因組科學的手段驗證出土的頭骨是否為曹操本人。 一下子，基因組科學成為熱門，這一話題“落入尋常百姓家”。 事實上，伴隨著2
科學家提出AI“解碼器”助力空間轉錄組研究
近日，記者從深圳華大生命科學研究院了解到，該院聯合基因組多維解析技術全國重點實驗室成功開發出一款名為SpaSEG的AI“解碼器”，可處理多項核心任務，包括識別組織空間結構域、檢測空間高變基因、整合多張組織切片以及解析細胞間的相互作用，為空間轉錄組分析提供了統一框架。相關研究成果發表于《基因組生物學》
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G