掀開空間轉錄組學的面紗：可視化觀察組織中的基因表達
在一項新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所和皇家理工學院等機構的研究人員開發出一種新的被稱作空間轉錄組學（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一種組織中哪些基因是有活性的。這種方法能夠被用于所有類型的組織中，而且在臨床前研究和癌癥診斷中是有價值的。相關研究結果發表在Science期刊上，論文標題為“Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics”。 疾病改變組織中RNA分子和蛋白表達。為了獲得關于疾病的更多知識和優化診斷方法，對組織樣品進行顯微研究經常在實驗室和醫院中開展，但是迄今為止，科學家們只能夠同時確定少量RNA分子的位置。 在這項新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所的Jonas Frisén教授團隊與來自瑞典皇家理工學院的Joakim Lundebe......閱讀全文
基因表達的轉錄機制介紹
轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行,以DNA為模板,產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動,留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成,每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉錄本序列的
基因表達轉錄調控的主要途徑
基因表達轉錄調控可分為三種主要途徑:1)遺傳調控(轉錄因子與靶標基因的直接相互作用);2)調控轉錄因子與轉錄機制相互作用,3)表觀遺傳調控(影響轉錄的DNA結構的非序列變化)。
基因表達的轉錄調控的介紹
可分為三種主要途徑： 1）遺傳調控（轉錄因子與靶標基因的直接相互作用）； 2）調控轉錄因子與轉錄機制相互作用； 3）表觀遺傳調控（影響轉錄的DNA結構的非序列變化）。 通過轉錄因子直接調控靶標DNA表達是最簡單和最直接的轉錄調控改變轉錄水平的方法。基因的編碼區周圍通常都具有幾個蛋白質結合
關于基因表達的轉錄機制介紹
基因表達的轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行，以DNA為模板，產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動，留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成，每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉
關于基因表達的轉錄調控介紹
基因表達的轉錄調控可分為三種主要途徑：1）遺傳調控（轉錄因子與靶標基因的直接相互作用）；2）調控轉錄因子與轉錄機制相互作用，3）表觀遺傳調控（影響轉錄的DNA結構的非序列變化）。 通過轉錄因子直接調控靶標DNA表達是最簡單和最直接的轉錄調控改變轉錄水平的方法。基因的編碼區周圍通常都具有幾個蛋白
掀開空間轉錄組學的面紗：可視化觀察組織中的基因表達
在一項新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所和皇家理工學院等機構的研究人員開發出一種新的被稱作空間轉錄組學（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一種組織中哪些基因是有活性的。這種方法能夠被用于所有類型的組織中，而且在臨床前研究和癌癥診斷中是有價值的。相關研究結果發表在
T細胞基因的轉錄激活及其表達
? TCR/CD3復合物與配體結合后，經多種信號轉導途徑傳遞信號，最終導致T細胞活化和增殖。信號轉導中所涉及的基因根據其活化時間可以分為早早期、早期、晚期基因三種類型（表8-5)。早早期基因的轉錄不需蛋白的合成，而早期及晚期基因的轉錄則需蛋白的合成。早早期及早期基因轉錄在有絲分裂期之前，而晚期基因轉
基因表達的轉錄后調控的介紹
真核生物的RNA被翻譯之前需要通過核孔輸出,因此核輸出對基因表達有著顯著影響。所有進出細胞核的mRNA的運輸都是通過核孔進行的,受到各種輸入蛋白和輸出蛋白的控制。 攜帶遺傳密碼的mRNA需要存活足夠長的時間才能被翻譯,因為mRNA在翻譯之前必須經過很長距離的運輸。在典型的細胞中,RNA分子僅在
基因表達的轉錄后調控的相關介紹
基因表達的轉錄后調控：真核生物的RNA被翻譯之前需要通過核孔輸出，因此核輸出對基因表達有著顯著影響。所有進出細胞核的mRNA的運輸都是通過核孔進行的，受到各種輸入蛋白和輸出蛋白的控制。 攜帶遺傳密碼的mRNA需要存活足夠長的時間才能被翻譯，因為mRNA在翻譯之前必須經過很長距離的運輸。在典型的
如何證明基因需要轉錄調控元件調控表達
如何證明基因需要轉錄調控元件調控表達如果此轉錄因子能夠激活靶啟動子，則熒光素酶基因就會表達，從而對基因的表達起抑制或增強的作用，通過檢測熒光的強度可以測定熒光素酶的活性：（1）構建一個將靶啟動子的特定片段插入到熒光素酶表達序列前方的報告基因質粒，熒光素酶與底物反應，如pGL3-basic等。（3）
啟動子與轉錄因子/基因表達調控蛋白
目的基因的表達調控生命活動豐富多彩、千變萬化。但是萬變不離其宗，不管如何變化都圍繞著中心法則展開。核酸作為遺傳物質指導蛋白質的表達，表達產生的一些特殊蛋白（如轉錄因子、調控蛋白）反過來又對DNA指導合成蛋白質的過程進行調控。對基因表達調控的研究一直是生物學研究熱點，涉及到生命活動的各個過程，也是各類
tDEG（轉錄組差異表達基因深度分析）
?本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；對兩個以上生物學樣本之間的差異表達基因進行可信分析；對差異表達所揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
連接非編碼突變和腫瘤基因表達的轉錄組全網絡
腫瘤基因組中充滿了非編碼突變，這些突變對腫瘤的影響研究還不是很清晰。加州大學圣地亞戈分校的科學家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近國際頂級期刊Nature Genetics發表文章 A global transcriptiona
基于－AFLP－的轉錄表達譜分析
實驗材料Total RNA試劑、試劑盒鏈霉親和素包被的磁珠洗滌緩沖液EDTA第一鏈緩沖液第二鏈緩沖液DTT4 dNTP 的混合物SuperScript IIRNase HSTEXTris· ClRL緩沖液ATPPCR 緩沖液T4 多核苷酸激酶緩沖液加樣染料硅烷黏合硅烷溶液變性聚丙烯酰胺凝膠TBE 分
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
增強子轉錄在小麥基因表達調控中的作用獲揭示
廣州大學分子遺傳與進化創新研究中心董志誠團隊與復旦大學、中國科學院分子植物科學卓越創新中心張一婧團隊合作，首次報道了植物中的增強子轉錄，初步闡釋了增強子轉錄在小麥基因表達調控中的作用。相關研究近日發表于《基因組生物學》（Genome Biology）。 增強子是一種40
Cell－reports:轉錄激活因子抑制基因表達——一切皆有可能
近日，來自韓國的科學家在國際學術期刊cell reports在線發表了他們的最新研究進展，他們發現Hippo腫瘤抑制途徑下游一直作為轉錄共激活因子的YAP和YAZ，也能夠通過與具有TEA結構域的轉錄因子相互作用發揮轉錄共抑制因子活性，促進腫瘤進展。 YAP和TAZ是位于Hippo腫瘤抑制途徑下
增強子轉錄在小麥基因表達調控中的作用獲揭示
廣州大學分子遺傳與進化創新研究中心董志誠團隊與復旦大學、中國科學院分子植物科學卓越創新中心張一婧團隊合作，首次報道了植物中的增強子轉錄，初步闡釋了增強子轉錄在小麥基因表達調控中的作用。相關研究近日發表于《基因組生物學》（Genome Biology）。 增強子是一種40
我國學者揭示基因在靈長類腦區的空間表達和調控
近日，國際期刊Genome Research在線發表了由中國科學院上海生命科學研究院（營養與健康院）馬普計算生物學伙伴研究所Philipp Khaitovich研究組和日本國立自然科學研究所認知基因組學Yasuhiro Go研究組合作發表的論文“Human-specific features o
基于－AFLP－的轉錄表達譜分析（一）
實驗方法原理 實驗材料 Total RNA試劑、試劑盒 鏈霉親和素包被的磁珠洗滌緩沖液EDTA第一鏈緩沖液第二鏈緩沖液DTT4 dNTP 的混合物SuperScript II RNase HSTEXTris· ClRL緩沖液ATP PCR 緩沖液T4 多核苷酸激酶緩沖液加樣染料硅烷黏合硅烷溶
基于－AFLP－的轉錄表達譜分析（二）
19. 取 10 ml 反應混合物和分子質量參照物一起電泳，檢查預擴增的情況。 應該看到位于 50～500 bp 之間的，呈拖尾狀的彌散產物。20. 按 1：500 稀釋 2 ul 非選擇性的預擴增cDNA片段（也就是＋0/＋0）到Tris· Cl （pH 8. 0）/0.1 mmol/L EDTA
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
關于基因轉錄的轉錄因子介紹
轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數據還
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat