開啟2020年科研新熱點的染色體外環狀DNA（eccDNA）
近期，Nature與Cell相繼發表文章討論染色體外環狀DNA（eccDNA），這位超級明星在各家媒體、宣傳號上紛紛閃亮登場。一時間eccDNA走在了生物醫學研究舞臺的最中央，云序生物已經帶您領略過eccDNA在這兩篇重量級文章中的迷人風采（點擊鏈接：顛覆性發現：癌基因竟不在染色體上---環狀DNA連登Nature，Cell!），它極大的豐富了腫瘤異質性的研究內容，為液體活檢、腫瘤耐藥以及腫瘤微環境討論指明了新的方向。eccDNA在腫瘤環境中可以借助多樣的成環方式、開放的高級結構以及多個調控元件的輔助，強有力的推動原癌基因的轉錄，顛覆了科研人員對原癌基因在腫瘤發生發展當中的傳統認知。染色質是動態的！eccDNA也是動態的！ 雖然eccDNA的討論內容多數圍繞腫瘤環境，那eccDNA是否是腫瘤學的專屬明星分子？并非如此，非疾病狀態下的細胞核同樣擁有豐富的eccDNA。云序生物今天帶來的文章將讓大家感受到，eccDNA在正......閱讀全文
腫瘤細胞中ecDNA新機制在斯坦福大學致癌基因研究應用1
文章導讀eccDNA是染色體外的一種特殊的環狀DNA，從它的出現至今已長達數年，但在起初的很長一段時間里并未得到人們的重視。隨著高通量技術的發展，eccDNA(extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs)作為染色體外的環狀DNA的研究也進一步深入。在國際學術
腫瘤細胞中ecDNA新機制在斯坦福大學致癌基因研究應用2
（5）EcDNA hubs調控兩個癌基因位點的分子互作上述研究證明ecDNA hubs可能促進分子間增強子-啟動子相互作用。為了驗證這些相互作用，作者對人類胃癌細胞系中兩種類型的ecDNA進行了研究，一種ecDNA包含來自8號染色體的MYC擴增子，另一種包含來自10號染色體的FGFR2擴增子。用
再登Nature－GeneticsecDNA與致ai基因擴增及多種ai癥不良...1
再登Nature Genetics-ecDNA與致ai基因擴增及多種ai癥不良預后相關文章導讀研究發現，許多擴增的原ai基因，并不只是位于染色體，而且還能變成游離的染色體外DNA（ecDNA），并出現大量拷貝，而且相當高比例的ecDNA是以環狀DNA分子的形式存在，即eccDNA（染色體外環狀DNA
染色體外DNA——導至癌癥惡變的罪魁
北京時間11月21日，發表在《Nature》上的一篇新研究發現，在人類腫瘤細胞中發現大量如“甜甜圈”般的環狀染色體外DNA(EcDNA)，改變了與癌癥相關基因的表達方式，從而促進了癌細胞的侵襲性，并在腫瘤快速進化和抵御威脅的能力（如化療、放療和其他治療）中發揮了關鍵作用。該研究由美國加州大學圣地亞哥
分子遺傳學詞匯染色體外DNA
中文名稱：染色體外DNA英文名稱：extrachromosomal DNA定 義：存在于染色體外的DNA。包括線粒體DNA、葉綠體DNA和質粒DNA等。應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
新冠肺炎疫情－開啟“云端”科研模式
美國威斯康星國家靈長類動物研究中心的戴夫·奧康納清晨收到在倫敦的一名合作伙伴發來的論文預印本。這項研究在中國完成，兩人通過企業協同云端辦公軟件Slack討論了一上午。下午2點，奧康納打開高清會議系統GoToMeeting，和多個機構的研究人員討論改進研究計劃，他們希望構建一個靈長類動物模型來研
環狀DNA的結構特點
超螺旋，DNA雙螺旋本身進一步盤繞稱超螺旋，超螺旋有正超螺旋和負超螺旋兩種。當盤旋方向與DNA雙螺旋方向相同時，其超螺旋結構為正超螺旋，反之則為負超螺旋，負超螺旋的存在對于轉錄和復制都是必要的。
eccDNA新型生物標志物的多種應用
實驗方法：eccDNA-seq 文章內容1. 血漿中eccDNA檢測eccDNA高通量檢測的關鍵步驟是要通過實驗手段對其進行有效的富集。研究者通過線性DNA的去除、eccDNA的純化、建庫、測序，生物信息分析對反式剪切位點（junction site）的識別從而完成對eccDNA的鑒定。5例
環狀DNA的類型和分布
環狀DNA也有兩種，環狀單鏈DNA和環狀雙鏈，一般存在于病毒、細菌和真核生物的線粒體和葉綠體中， 環狀DNA一般比線性DNA結合更緊密更穩定，儲存的遺傳信息更多（重復序列）。原核生物的擬核是大型環狀DNA。
細胞化學詞匯環狀DNA
中文名稱：環狀DNA分?????? 類：環狀單鏈DNA和環狀雙鏈環狀DNA也有兩種，環狀單鏈DNA和環狀雙鏈，一般存在于病毒、細菌和真核生物的線粒體和葉綠體中， 環狀DNA一般比線性DNA結合更緊密更穩定，儲存的遺傳信息更多（重復序列）。原核生物的擬核是大型環狀DNA。定?????? 義：超螺旋，D
《Nature－Genetics》染色體外DNA會改變癌基因擴增水平
惡性膠質瘤（glioblastoma，GBM）是最常見且最具攻擊性的腦癌，標準治療反應很差，兩年生存率僅為15%。最近，《Nature Genetics》的一篇文章發現了GBM腫瘤耐藥的一個關鍵密碼。 為了靶向遏制GBM的攻擊性，杰克遜實驗室（Jackson Laboratory，JAX）教授
Nature發表山中伸彌新成果，iPS校正環狀染色體
科學家們通過細胞重編程技術(iPS)，使正常染色體成功替代環狀染色體，校正了大規模的染色體缺陷。這樣的新技術有望用來治療，因染色體異常引起的先天畸形、智力障礙和生長遲緩。 這項研究于一月十二日發表在Nature雜志的網站上，文章的通訊作者包括iPS技術的創始人山中伸彌(Shinya Y
帶切口環狀DNA的結構特點
中文名稱帶切口環狀DNA英文名稱nicked circular DNA定 義雙鏈環狀DNA分子中一條單鏈上帶有一個或多個裂口。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
染色體外基因的定義
染色體外基因：也叫細胞質基因，是細胞器和細胞質顆粒中的遺傳物質統稱。質粒、卡巴粒、葉綠體基因、線粒體基因等。
環狀染色體的概念和特點
若斷裂發生于染色體的二個末端，那么斷裂下來的兩個斷片彼此可以粘合成無著絲粒碎片，而帶著絲粒的部分可通過兩斷端的粘合形成環狀染色體。不帶著絲粒的碎片往往消失，而帶著絲粒的部分能繼續進行有絲分裂。如慢性粒細胞白血病患者向急性方向轉化時，常可見到環狀染色體。（1）真核類生物中的一種異常染色體，為沒有末端的
2018國自然研究熱點一：環狀RNA研究深度剖析
1.環狀RNA為什么火？它到底是何方神圣？ 2013年兩篇Nature[1][2]文章的出世，徹底顛覆了我們對RNA的傳統認知，同時也迅速引爆了整個生物醫學界！經過嚴格統計匯總后，2017年國家自然科學金獲批的項目中環狀RNA研究相關的項目總數高達176項，其中有兩項杰出青年基金，一項優秀
Nature－Nanotechnology：DNA環狀分子的自主復制
生物系統中存在很多的自主復制的例子。然而，人工制造這樣的生物系統的自主復制系統卻是相當困難，這是因為生物系統很復雜。在其他領域，人類可以創造某些自我復制系統，比如磁場系統以及模塊化機器人等等。我們很少將這些人造的自我復制系統和生物系統中的自我復制系統進行比較。因而，如果能從理論上將人工的自主復制
今年哪些科研會成為熱點
2016年到來之際，兩大國際權威學術刊物《自然》和《科學》相繼刊發文章，梳理今年全球科研熱點。 中國科研受關注 《自然》雜志認為，中國“科學”系列衛星和500米口徑球面射電望遠鏡（FAST）值得關注。 《自然》說，中國于去年12月成功發射了5顆“科學”系列衛星中的首發星——暗物質粒子探測衛
體外DNA重組技術4
（二）質粒的大量制備:1.將5ml轉化菌種接種于500ml LB培養液(含用于篩選的抗生素)中，37℃以225rpm速度振蕩培養12～16小時；2.10,000rpm，4℃離心15min收集菌體；3.將細菌懸浮于100ml預冷的STE（0.1M NaCl，10mM Tris.Cl，pH8.0，1mM
體外DNA重組技術6
六、重組質粒的轉化【實驗目的】學習和掌握感受態細胞的制備方法和轉化實驗的基本操作。【實驗原理】將重組質粒轉入大腸桿菌的過程稱為轉化。轉化所用的大腸桿菌需要用物理或化學方法特殊處理，使重組DNA分子容易進入細胞內，被處理后易于接納DNA分子的細胞稱作感受態細胞。下面介紹感受態細胞的制備。【實驗試劑與器
體外DNA重組技術2
【注意事項】基因組DNA分子量大，所有操作必須輕柔，酚/氯仿對皮膚有腐蝕作用，應該戴手套操作。二、RNA的制備【實驗目的】1.理解生物細胞中RNA制備方法的原理。2.熟悉組織細胞中RNA制備的基本操作。（一）細胞總RNA的提取1.異硫氰酸胍法【實驗原理】異硫氰酸胍法提取細胞總RNA是目前常用的提取方
體外DNA重組技術5
（三）DNA酶切片段的回收【實驗方法與步驟】1.凍融法:（1）在UV燈下，用手術刀片將含DNA片段的瓊脂糖凝膠切下，-70℃冷凍至少 15min，然后在65℃水浴中使膠融化；（2）加入等倍體積TE-飽和酚，劇烈振蕩30秒鐘，然后-70℃冷凍 15min；（3）室溫融化后，12,000rpm離心5mi
體外DNA重組技術1
在體外將兩個或多個來源相同或不相同的DNA片段連接成新的重組DNA分子，再轉到特定宿主細胞中進行自主復制并表達。這是分子生物學中的基本技術。DNA重組技術的基本程序包括：（1）獲得外源DNA：外源DNA是進行DNA重組的目的DNA片段，一般采用 DNA聚合酶鏈式反應(PCR)或逆轉錄-DNA聚合酶鏈
體外DNA重組技術3
【實驗試劑與器材】（1）Oligo(dT)纖維素（2）層析柱裝置（3）1×上樣緩沖液：20mM Tris.Cl (pH7.6)，0.5M NaCl，1 mM EDTA.Na2 (pH8.0)，0.1%十二烷基肌氨酸鈉(SLS)配制方法: 用Tris.HCl、NaCl和EDTA母液，加入各成分確切
細胞化學詞匯帶切口環狀DNA
中文名稱：帶切口環狀DNA英文名稱：nicked circular DNA定 義：雙鏈環狀DNA分子中一條單鏈上帶有一個或多個裂口。應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
分子遺傳學詞匯環狀DNA
中文名稱：環狀DNA分????類：環狀單鏈DNA和環狀雙鏈定義：超螺旋，DNA雙螺旋本身進一步盤繞稱超螺旋，超螺旋有正超螺旋和負超螺旋兩種。當盤旋方向與DNA雙螺旋方向相同時，其超螺旋結構為正超螺旋，反之則為負超螺旋，負超螺旋的存在對于轉錄和復制都是必要的。
什么是染色體外基因？
染色體外基因：也叫細胞質基因，是細胞器和細胞質顆粒中的遺傳物質統稱。質粒、卡巴粒、葉綠體基因、線粒體基因等。
受益體外檢測熱點－愛康生物估值攀升
據統計，目前A股市場涉及體外診斷的概念股就已達66家。9月29日，成立已有20年的愛康生物科技股份有限公司（簡稱愛康生物）遞交招股材料，開啟上交所科創板上市沖刺。 根據其募投資料，2021年總資產5.26億元，營收3.97億元的愛康生物擬募資6億元，分別布局愛康生物產業基地、研發中心等項目建設和補
共價閉和環狀DNA的結構特點
中文名稱共價閉和環狀DNA英文名稱covalently closed circular DNA;cccDNA定 義兩條多核苷酸鏈是完全連續的環狀雙鏈DNA分子。由于鏈上沒有裂隙可以釋放內部張力，所以可以形成超螺旋結構。天然狀態下某些病毒、細菌的染色體DNA，質粒、線粒體和葉綠體的DNA具有這種結構
關于共價閉合環狀DNA（cccDNA）的簡介
在乙肝病毒的復制過程中，病毒DNA進入宿主細胞核，在DNA聚合酶的作用下，兩條鏈的缺口均被補齊，形成超螺旋的共價、閉合、環狀DNA分子（covalently closed circularDNA，cccDNA）。細胞外乙型肝炎病毒DNA是一種松弛環狀的雙鏈DNA（relaxed circular