基于深度學習的RNA多類型修飾解析算法
中國科學院動物研究所研究員趙方慶團隊開發基于納米孔RNA直接測序技術與深度學習策略的RNA修飾圖譜解析算法ORCA。相關研究發表于《自然-通訊》。基于深度學習的RNA修飾系統識別與注釋模型 論文作者供圖RNA修飾對RNA的剪接加工、出核轉運、以及RNA的穩定性和翻譯效率有著重要的調控作用。但現有研究難以實現多種RNA修飾的同時檢測。如何在同一轉錄本上系統解析不同修飾的分布模式，探究修飾間的協同或競爭關系，并闡明它們如何共同調控RNA剪接加工等關鍵生物學過程，仍是該領域面臨的重要挑戰。近年來，新興的納米孔RNA直接測序技術為系統檢測RNA修飾等核酸化學結構變化提供了重要技術基礎。然而，現有基于納米孔RNA直接測序的修飾識別算法多依賴于體外轉錄合成的修飾訓練集，僅能識別有限修飾類型；或基于不同樣本間電信號水平變化進行修飾差異比較，難以實現對RNA修飾圖譜及其互作模式的全景檢測，極大限制了RNA修飾研究的深入開展。ORCA......閱讀全文
基于深度學習的RNA多類型修飾解析算法
中國科學院動物研究所研究員趙方慶團隊開發基于納米孔RNA直接測序技術與深度學習策略的RNA修飾圖譜解析算法ORCA。相關研究發表于《自然-通訊》。基于深度學習的RNA修飾系統識別與注釋模型? 論文作者供圖RNA修飾對RNA的剪接加工、出核轉運、以及RNA的穩定性和翻譯效率有著重要的調控作用。但現有研
RNA加工修飾
中文名RNA加工修飾所屬領域生物學定義RNA加工修飾，主要加工方式是切斷和堿基修飾，真核生物tRNA前體一般無生物學特性，需要進行加工修飾。
中大學子與學術牛人解析RNA修飾與癌癥干細胞
N6-methyladenosine（m6A）是真核生物mRNA上最常見的一種轉錄后修飾，這種可逆的RNA甲基化修飾與人類疾病有關。研究者們已經陸續定位了哺乳動物轉錄組中的m6A，鑒定了這種動態修飾所需的“讀”、“寫”和“擦除”蛋白。不過，人們還對m6A起到的具體作用還知之甚少。 約翰霍普金斯
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控...
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調控機制技術簡介用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過Western Blot檢測特定的RNA結合蛋白是否與R
RNA修飾相關酶PCR芯片
應用場景：通過關鍵酶/蛋白的RNA表達變化，確定樣品表型與特定RNA 修飾的聯系 優勢：預制的PCR板,覆蓋68個針對不同RNA修飾的Writers/Erasers/Readers基因。精心優化的引物Tm值均一，并經過了嚴格的預實驗驗證，無須摸索引物設計和測試。工業化生產的高度均一的PCR
Cell綜述：RNA修飾的新作用
迄今為止，科學家們已經發現了上百種RNA修飾類型，但是其中大多數在mRNA和調控非編碼RNAs中還是很罕見的。近期的一些研究發現指出，這些修飾中有至少有一些含量豐富，且保守性強。本期Cell雜志以此為中心，介紹了兩種RNA修飾方式的分子機制，和生物學功能。 這兩種RNA修飾方式分別是N6-甲基
RNA足跡和修飾干擾分析實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 RNA 足跡和修飾干擾分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用來研究 RNA 與蛋白質相互作用的技術。RNA 測序及其結構分析的原理是 RNA
RNA足跡和修飾干擾分析實驗
實驗方法原理 RNA 足跡和修飾干擾分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用來研究 RNA 與蛋白質相互作用的技術。RNA 測序及其結構分析的原理是 RNA 足跡試驗的理論基礎，它們都是建立在變性、半變性或
RNA足跡和修飾干擾分析實驗
RNA 足跡和修飾干擾分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用來研究 RNA 與蛋白質相互作用的技術。RNA 測序及其結構分析的原理是 RNA 足跡試驗的理論基礎，它們都是建立在變性、半變性或自然條件下采用堿基特異性
AI算法自動解析腦干白質神經束
美國麻省理工學院、哈佛大學及麻省總醫院的科研團隊開發出一款人工智能（AI）軟件，能夠利用算法自動解析腦干中以往難以清晰成像的白質神經束。這一成果打開了研究腦干的新窗口，也為研究神經系統疾病與腦損傷提供了新工具。該研究發表于《美國國家科學院院刊》。該軟件名為“腦干束工具”（BSBT），基于擴散磁共振成
RNA表觀修飾居然能夠影響天然免疫
DDX46是RNA解旋酶DDX家族成員，對于細胞核內mRNA前體的剪接具有重要的調控作用。《Nature Immunology》雜志8月29日發表了中國醫學科學院院長、中國工程院院士曹雪濤研究團隊的論文，揭示了RNA解旋酶DDX46通過結合RNA去甲基化酶ALKBH改變細胞核內RNA修飾的新方
LCMS/MS檢測整體RNA修飾水平
核酸修飾概要 ： DNA/RNA 修飾是表觀遺傳修飾的重要層面，指的是在 DNA、RNA 堿基 A\T\G\C\U 及核糖上的各種修飾。目前己發現的 DNA 修飾有十幾種，而 RNA修飾有 100 多種，其中甲基化修飾占大部分，目前研究也較為普遍，并且可能具有重要生物調控作用。 實
m5C－RNA修飾靶基因驗證
技術簡介 RIP(RNA Immunoprecipitation)是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡的有力工具。這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行分析。RIP-Seq將RIP技
RNA表觀修飾能夠影響天然免疫研究
前言? ? ? ?DDX46是RNA解旋酶DDX家族成員，對于細胞核內mRNA前體的剪接具有重要的調控作用。《Nature Immunology》雜志8月29日發表了中國醫學科學院院長、中國工程院院士曹雪濤研究團隊的論文，揭示了RNA解旋酶DDX46通過結合RNA去甲基化酶ALKBH改變細胞
空間細胞類型組分解析新算法被提出！
8月7日，中國科學院動物研究所翟巍巍/馬亮團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）上，發表了題為SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for s
研究提出空間細胞類型組分解析新算法
中國科學院動物研究所翟巍巍/馬亮團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）上，發表了題為SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatia
解析糖基化修飾及位點分析
經常聽到糖基化修飾，今天帶大家一探究竟。什么是糖基化修飾呢？糖基化是在糖基轉移酶的控制下，蛋白質或脂質附加上糖類的過程，發生于內質網和高爾基體。糖基化修飾是一類非常重要的翻譯后修飾，大部分膜蛋白和分泌蛋白均為糖蛋白，糖基化修飾不僅影響蛋白質的空間構象、活性、運輸和定位，同時在信號轉導、分子識別，
中國科大揭示小RNA表觀修飾新機制
日前，中國科學技術大學教授光壽紅課題組研究揭示小RNA介導組蛋白3 賴氨酸27 的三甲基修飾機制，研究成果發表在近期的Current Biology 上，中國科大生命科學學院博士生毛慧和朱成明為論文的共同第一作者。 小RNA介導染色體修飾在植物和酵母中有著廣泛的研究，然而在動物中小RNA指導的
Nature解析癌癥與非編碼RNA
人類基因組可生成1萬多種長鏈非編碼RNA(lncRNA) 分子，但人們至今卻只知道其中幾十種轉錄物的功能。在發表在8月14日《自然》(Nature)雜志上的一篇新研究中，來自加州大學的楊柳青(Liuqing Yang，音譯)等研究人員揭示，兩種lncRNAs結合并控制了雄激素受體的功能。
今日技術解析RNA點雜交實驗
實驗步驟純化的RNA的點雜交和狹線雜交：1. 安裝印跡裝置?? 1) 切一張合適大小的帶正電荷尼龍膜。用鉛筆標上表示方向的記號。用水把膜簡單弄濕，在20×SSC中室溫泡1 h。?? 2) 在膜浸泡期間，先用0.1 mol/L NaOH小心清洗印跡裝置，再用無菌水洗干凈。?? 3) 把兩片厚濾紙用20
Cell新文章解析RNA降解機制
如同我們利用碎紙機來銷毀不再有用或是包含潛在破壞性信息的文件一樣，細胞利用分子機器來降解不需要或有缺陷的大分子。來自馬克思普朗克生物化學研究所的科學家們現在解碼了在降解核糖核酸(RNA)過程中起至關重要作用的一個蛋白質復合物(Ski復合物)的結構。這項研究發表在8月15日的《細胞》(Cell)雜
RNA修飾過程中重要化學步驟揭示
項新的研究揭示了為一些RNA添加化學標簽的重要細胞修飾過程中的化學步驟。這一過程被干擾可能會導致人類患神經元疾病、糖尿病和癌癥。由美國賓夕法尼亞州立大學化學家領導的一個研究小組已經對一種促進細菌RNA修飾的蛋白質進行了成像，從而重建這一過程。相關論文15日發表在《自然》雜志上。 轉運RNA（t
Nature：線粒體中的RNA修飾能促進癌癥的擴散
腫瘤細胞在轉移過程中會消耗遠超正常細胞需要的能量，德國癌癥研究中心的研究團隊發現了與能量代謝相關的新型癌細胞轉移的促進因素，相關成果在《Nature》發表，論文的標題為：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
Nature：線粒體中的RNA修飾能促進癌癥的擴散
腫瘤細胞在轉移過程中會消耗遠超正常細胞需要的能量，德國癌癥研究中心的研究團隊發現了與能量代謝相關的新型癌細胞轉移的促進因素，相關成果在《Nature》發表，論文的標題為：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
擬南芥RNA核糖甲基化修飾研究方面獲進展
3月30日，中國科學院生物物理研究所研究員葉克窮課題組、北京大學現代農學院博士王玉秋和中科院遺傳與發育研究所研究員李家洋課題組合作在Nucleic Acids Research上發表了題為Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis tha
揭示RNA－m6A修飾調控抗腫瘤免疫機制
免疫治療是對抗腫瘤的前沿陣地，其治療成功的關鍵是引發針對腫瘤抗原的自發性T細胞反應。許多病人的免疫系統無法有效識別腫瘤抗原，難以引發持續性的T細胞應答并清除腫瘤。研究免疫系統識別腫瘤抗原的分子機制有望發現新型藥物靶點，提高免疫治療效果。 中國科學院北京基因組研究所韓大力團隊與清華大學徐萌團隊、
Nature：線粒體中的RNA修飾能促進癌癥的擴散
腫瘤細胞在轉移過程中會消耗遠超正常細胞需要的能量，德國癌癥研究中心的研究團隊發現了與能量代謝相關的新型癌細胞轉移的促進因素，相關成果在《Nature》發表，論文的標題為：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
Nature新文章解析小RNA調控機制
來自波士頓兒童醫院和哈佛大學醫學院的研究人員，在新研究中揭示了在Lin28介導的let-7選擇性調控中起關鍵作用的一種核酸酶，相關論文“A role for the Perlman syndrome exonuclease Dis3l2 in the Lin28–let-7 pathwa
RNA測序解析白血病轉錄組
巴塞羅那基因組調控中心Dr. Roderic Guigó領導研究團隊，對慢性淋巴細胞白血病進行了轉錄組分析，獲得了CLL相關基因和突變的功能圖譜。這項工作發表在Genome Research雜志上。 這一項目是西班牙慢性淋巴細胞白血病基因組聯盟的最新成果，該聯盟曾鑒定了涉及CLL發展的
張建之教授PNAS解析RNA編輯
如果一些編碼位點的RNA編輯受損，就會引起嚴重的疾病。因此，一些人認為編碼性RNA編輯是對人體有利的。 近年來的基因組研究顯示，人類基因組中有超過一千個編碼位點受到了RNA水平上的A(adenosine)-to-I(Inosine)編輯。許多這樣的RNA編輯事件屬于非同義替換。 現在