研究人員基于FFPE樣本構建甲基化圖譜預測癌癥原發部位
9月14日，《自然-通訊》（Nature Communications）在線發表了中國科學院分子細胞科學卓越創新中心石建濤組完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic cancers using formalin-fixed paraffin-embedded tissues）。 該研究開發了新方法，即利用醫學病理學中常用的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本，構建DNA甲基化信息圖譜，并結合機器學習方法，準確預測轉移性癌癥的原發部位。 識別癌癥的原發部位對于癌癥診斷和后續治療至關重要。過去二十年中，針對腫瘤抗原的免疫組織化學（IHC）被視為“金標準”（能夠判定50-65%的轉移癌的原發部位）。然而，約3-9%的轉移癌在臨床上無法確定其原發部位，被稱為原發灶不明腫瘤（CUP）。開發精準的CUP組織溯源方......閱讀全文
FFPE樣本核酸（DNA/RNA）制備
福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE）組織切片的存檔代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料。隨著越來越多的研究人員轉向 FFPE 樣品的分子分析，開發特定的操作步驟，考慮這些樣品的獨特性質就變得越來越重要。QIAGEN 在 FFPE 樣本純化及下游檢測整個流程中都提供完善的解決方案。QIAamp
一步脫蠟法在FFPE樣本DNA提取中的應用
什么是FFPE福爾馬林固定石蠟包埋技術（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE）是一種組織保存技術。這種技術為了維持細胞核蛋白結構，先用福爾馬林固定然后將組織用固體石蠟包埋，以供切片后作組織學診斷或研究使用。FFPE技術的應用福爾馬林由于可以與蛋白氨基發
新方法分析臨床樣本中的組蛋白翻譯后修飾
歐洲腫瘤研究所（EIO）等機構的研究人員開發出一種基于質譜的流程，可分析FFPE臨床樣本中的組蛋白翻譯后修飾。他們于上周在《Molecular & Cellular Proteomics》上詳細介紹了這種技術。 利用這種技術，研究人員分析了一系列乳腺癌樣本，發現Luminal A型乳腺癌和三陰
高分辨率熔點分析技術進行凍存組織樣本甲基化的檢測
1 前言 ???? 啟動子高度甲基化是惡性腫瘤基因轉錄中的一種很常見的現象，被視為細胞惡性轉化的標志之一。DNA甲基化分析是一種基因檢測工具，用于早期癌癥檢測、風險評估與治療療效評估，具有非常誘人的前景。 ? ???? DNA甲基化檢測最常用的方法主要依賴于亞硫酸氫鈉對基因組 DNA 的處理，將胞嘧
FFPE組織樣品的DNA和RNA純化
福爾馬林固定后石蠟包埋的組織簡稱為FFPE樣品。將組織在 4–10% 的福爾馬林中迅速固定。 固定時間限制在 14–24 小時 (越長的固定時間將越容易導致DNA的片段化，對下游實驗不利)。將固定組織徹底脫水 (徹底脫去福爾馬林殘余，因為其阻礙蛋白酶K的作用)。 純化DNA時，使用新鮮從石蠟塊上切下
數字PCR技術在DNA甲基化檢測中的應用
DNA甲基化是目前研究最多的表觀遺傳修飾之一，發生于CpG二核苷酸序列C5位置的胞嘧啶上，多發生于CpG島上，研究發現，DNA甲基化參與調節多種細胞過程，包括胚胎發育，轉錄，X染色體失活，基因組印跡、染色體穩定性等。許多研究發現，DNA甲基化在一系列的疾病（如癌癥等）起到十分重要的作用。在癌癥患者中
如何用FFPE組織樣品進行高通量檢測？
福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的樣品代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術有限公司針對FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標準解決方案，幫助廣
如何用FFPE組織樣品進行高通量檢測？
福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的樣品代表了珍貴且來源廣泛的生物醫學研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術有限公司針對FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標準解決方案，幫助廣大科
MALDITOFMS在突變檢測中的應用
近年來隨著精準醫療的需求，臨床中提出了越來越多的檢測需求。以非小細胞肺癌為例，EGFR、KRAS、BRAF、ALK、ROS1、RET、MET、HER-2已經成為臨床中常用的檢測需求。 目前檢測中，常以熒光定量方法檢測mutation，FISH方法檢測fusion，或者采用NGS技術進行檢測。E
華大科技DNA建庫起始量低至200ng
華大基因旗下全資子公司――華大科技服務有限公司(簡稱“華大科技”)，18日在福爾馬林固定石蠟包埋組織樣本測序技術上再獲新突破，成功推出FFPE全基因組外顯子測序(WES)技術。 目前，科研人員已成功實現外顯子測序DNA建庫起始量低至200ng，測序質量與正常樣本相近，這將有助于更好地解讀F
羅氏為FFPE樣品推出兩款新工具
羅氏診斷應用科學部近日宣布推出兩款新產品：High Pure FFPET RNA Isolation Kit和RealTime ready cDNA Pre-Amp Master & Primer Pools，適用于福爾馬林固定和石蠟包埋的組織(FFPET)。 據估計，現有超過10億個
樣本抽提中RNA降解的解決方法
從臨床樣本出發進行芯片、測序等高通量生物學研究是最常用的思路，但樣本采集過程受制于病理特征、病例數量等因素，耗時費力。無數期盼等來了期待中的臨床樣本，做個RNA抽提還常常……降解樣本的RNA完整度低，長鏈RNA變成了短鏈，在常規的擴增過程中會發生探針檢測的目的片段的丟失，導致芯片結果的不準確。遇到R
樣本抽提中RNA降解的解決方法
從臨床樣本出發進行芯片、測序等高通量生物學研究是最常用的思路，但樣本采集過程受制于病理特征、病例數量等因素，耗時費力。無數期盼等來了期待中的臨床樣本，做個RNA抽提還常常…… 降解樣本的RNA完整度低，長鏈RNA變成了短鏈，在常規的擴增過程中會發生探針檢測的目的片段的丟失，導致芯片結果的不
生物標志物研究與早期藥物研發基因表達分析功...（四）
FFPET 樣本特異性RealTime ready qPCR檢測潛在生物標志物假設檢驗我們使用的第一套臨床樣本來自于各種用于人類研究的福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE）組織。腫瘤來源的 FFPE? 組織是臨床試驗或生物標志物研究中，治療復合物研發最具有相關性的樣本材料。使用 High Pure
羅氏FFPE組織切片核酸純化試劑盒操作說明
High Pure FFPET DNA Isolation Kit基于離心柱法的抽提原理，免去DNA沉淀和有機試劑抽提的步驟，是快速核酸抽提的理想工具。整個抽提過程僅需3小時（含脫蠟過程）；獲得高DNA得率和質量；在qPCR，芯片分析和測序等下游應用中獲得強大信號。圖1：從FFPET樣本中獲得高得率
Nature子刊：解決腫瘤異質性的革命性技術
精準醫療是指與患者分子生物病理學特征相匹配的個體化診斷和治療策略，被認為是繼經驗醫學、循證醫學之后的第三次醫學革命。作為一種極為復雜的致命疾病，腫瘤是精準醫療最重要的領域之一。 腫瘤的精準醫療需要我們準確認識患者腫瘤的分子圖譜。雖然人們已經擁有了強大的遺傳學分析技術（比如二代測序NGS），但腫
JCAD通過抑制LATS2激酶活性促進非酒精性脂肪肝向肝癌的...
JCAD通過抑制LATS2激酶活性促進非酒精性脂肪肝向肝癌的發展非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一種由于代謝紊亂引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）發生的重要來源之一。但是，對于NAFFLD如何向NASH-HCC發展的分子機制還不了解。來自復旦大學醫學院的研究人員，通過石蠟包埋樣本的檢測與后續功能
Agilent－miRNA芯片在各類樣本中的應用（一）
1.新鮮組織樣本新鮮組織一般包括以人類疾病診斷及治療為目的，經患者或健康人同意后，從患者的機體中切取的未經特殊化學試劑處理的病變組織或相鄰健康組織，或者健康人的相同部位的對照組織。這些人類疾病相關的新鮮組織樣本的整理、保存、研究對于提高疾病的診斷質量、促進臨床工作、探討及研究疾病的發病機制具有重要的
JCAD通過抑制LATS2激酶活性促進非酒精性脂肪肝向肝癌發展
非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一種由于代謝紊亂引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）發生的重要來源之一。但是，對于NAFFLD如何向NASH-HCC發展的分子機制還不了解。來自復旦大學醫學院的研究人員，通過石蠟包埋樣本的檢測與后續功能驗證，找到了一個肥胖相關基因，KIAA1462（JCAD），
甲基化的甲基化的功能
甲基化是蛋白質和核酸的一種重要的修飾，調節基因的表達和關閉，與癌癥、衰老、老年癡呆等許多疾病密切相關，是表觀遺傳學的重要研究內容之一。 最常見的甲基化修飾有DNA甲基化和組蛋白甲基化。DNA甲基化能關閉某些基因的活性，去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、D
數字PCR技術精確檢測癌癥基因組擴增
來自斯坦福大學以及Bio-Rad的研究人員證實，數字PCR系統能夠精確測定長期存放的癌組織樣本中的癌癥基因組擴增。該研究成果發表在《Translational Medicine》雜志上。 某些拷貝數變異(如基因組擴增)可能導致特定癌基因的過表達，推動癌癥發展。靶定擴增的癌基因有望實現癌
Bruker與3M公司聯合利用MALDI成像技術分析FFPE組織
美國時間2013年6月4日，布魯克公司發布聲明，表示已簽署了一項獨家專利許可協議，允許布魯克使用關于3M專項創新MALDI質譜成像技術。 該專利許可包涵使用質譜分析技術檢測福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織中的蛋白質。這一技術能使研究人員更容易地學習福爾馬林固定，石蠟包埋(FF
RNA實驗和方案新手必讀（六）
一些樣本來源在其RNA或內含物方面存在著顯著不同，可能導致RNA的分離和分析過程出現問題。當操作這些樣本來源時需要一些特別注意事項。本節將針對大量不同樣本來源的操作進行探討。植物從植物材料中分離RNA會遇到一些特殊困難，常規技術在用于植物樣本之前一般要先經過條件優化。一些植物代謝產物的化學性質與核酸
ChIP實驗的三大法寶
在基因調控領域，可以說沒有比表觀遺傳學更熱的話題了。而染色質免疫共沉淀ChIP是表觀遺傳學研究中最常用的方法。? ChIP通過針對染色質相關蛋白（組蛋白、轉錄因子等）的抗體，來鑒定與該蛋白（或蛋白修飾）相連的序列。這種方式能夠幫助人們定位基因組中發生的表觀遺傳學改變。舉例來說，針對H3K4me3（賴
靶向序列捕獲和新一代測序前對石蠟包埋組織及...（一）
靶向序列捕獲和新一代測序前對石蠟包埋組織及新鮮冷凍組織進行DNA質控靶向序列捕獲和新一代測序前對福爾馬林固定石蠟包埋組織及新鮮冷凍組織進行 DNA 質量控制?作者Melissa Huang Liu安捷倫科技有限公司美國加利福尼亞州拉霍亞Maria Celeste Ramirez安捷倫科技有限公司美國
解決腫瘤異質性的革命性技術
精準醫療是指與患者分子生物病理學特征相匹配的個體化診斷和治療策略，被認為是繼經驗醫學、循證醫學之后的第三次醫學革命。作為一種極為復雜的致命疾病，腫瘤是精準醫療最重要的領域之一。 腫瘤的精準醫療需要我們準確認識患者腫瘤的分子圖譜。雖然人們已經擁有了強大的遺傳學分析技術（比如二代測序NGS），但腫
dna甲基化與rna甲基化的區別
DNA甲基化和組蛋白修飾的相同點：都有包含甲基化修飾；不同點：修飾對象不同，一個是對DNA修飾，一個是對蛋白：組蛋白修飾。而RNA干擾是對RNA的降解，與前兩者差異較大。
科學家嘗試破解一小撮異常反應造福廣大癌癥患者
如果X與大部分晚期膀胱癌患者一樣，她可能現在已經死了。在第一次確診后，她接受了標準化療。結果失敗了。然后，她參加了一個藥物臨床試驗，該藥物最初被批準用于治療其他腫瘤，但科學家希望知道，它是否能作用于轉移性膀胱癌。結果似乎不行——參與試驗的其他患者進展情況均不好。 但X卻好于預期。美國紐約紀念
再創紀錄！AI系統可診斷近100種腦癌
今日，《自然》雜志再出人工智能重磅成果。來自美國、德國、意大利等100多個實驗室的近150位科學家通力合作，聯合在頂級期刊《自然》發表了這篇文章，他們開發了一個超級AI系統，該系統基于腫瘤組織DNA的甲基化數據，可以準確區分近100種不同的中樞神經系統腫瘤。更厲害的是，這個AI系統還能自學成才，發現
Nat－Med：惡性膠質瘤表觀遺傳學分析取得突破
膠質瘤的特點之一就是廣泛的遺傳學和轉錄學異質性，但是迄今為止科學家們對表觀遺傳學在腦膠質瘤疾病進展過程中發揮的作用知之甚少。為此，來自澳大利亞科學院等機構的研究人員使用通過國家患者登記表選擇的高度注釋的臨床隊列的數據對原發和對應復發腦膠質瘤的全基因組DNA甲基化圖譜進行了描述，相關研究成果與近日