單細胞測序——“刻畫”肝癌免疫微環境的動態特征
肝細胞癌是世界范圍內死亡率排名第三的癌癥，其中中國的肝癌發病率居世界之首【1】。HBV的慢性感染是中國肝細胞癌發生的主要原因，其感染導致腫瘤微環境常伴隨慢性炎癥。免疫逃逸被認為是癌癥發展的標志之一，目前研究表明，腫瘤存在多種免疫逃逸機制，提出了研究腫瘤微環境中不同免疫細胞狀態的重要性【2】。而單細胞測序技術則是研究不同類型免疫細胞的狀態和動態的有力手段。 2019年10月31日，北京大學生物醫學前沿創新中心（BIOPIC）、生命科學學院、北京未來基因診斷高精尖創新中心（ICG）張澤民教授、任仙文副教授聯合首都醫科大學附屬北京世紀壇醫院彭吉潤教授以及勃林格殷格翰公司劉康博士，在Cell上發表了題為Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma的研究論文，結合10x Genomics和SMART-seq2兩種單細胞RNA測序技術......閱讀全文
單細胞RNA測序發現新的免疫細胞
最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。 先天淋巴細胞（ILC）是
單細胞測序——“刻畫”肝癌免疫微環境的動態特征
肝細胞癌是世界范圍內死亡率排名第三的癌癥，其中中國的肝癌發病率居世界之首【1】。HBV的慢性感染是中國肝細胞癌發生的主要原因，其感染導致腫瘤微環境常伴隨慢性炎癥。免疫逃逸被認為是癌癥發展的標志之一，目前研究表明，腫瘤存在多種免疫逃逸機制，提出了研究腫瘤微環境中不同免疫細胞狀態的重要性【2】。而單
空間多位點測序，提供肝癌評估和免疫分型新思路
近日，上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院肝臟外科/肝移植中心杭化蓮團隊和上海市腫瘤研究所王存團隊合作，在《基因組醫學》（Genome Medicine）和《信號轉導和靶向治療》雜志（Signal Transduction and Targeted Therapy）發表系列論文，提出評估肝癌瘤內異質性新方
雙RNA測序技術
在發表于《自然》（Nature）雜志上的一篇研究論文中， 由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發現，采用一種允許在感染過程中同時研究細菌與宿主小RNA的新技術，可以揭示出兩者轉錄譜的改變。該研究小組描繪了他們的技術、該技術如何更多地幫助了解細菌感染機制，以及在研究中獲得的重要發現
核糖核酸（RNA）測序
RNA在細胞中的穩定性較差，在實驗中也更容易受到核酸酶的攻擊。因為RNA是由DNA轉錄產生的，所以信息已經存在于細胞的DNA中。然而，有時也需要對RNA分子進行測序。雖然DNA測序給出了生物體的遺傳圖譜，但RNA測序卻反映了細胞中活躍表達的序列。為了給RNA測序，通常的方法是首先對從樣品中提取的
RNA甲基化測序
1、NSUN2影響m5C在HEK293細胞中整體分布情況NSUN2被報道是RNA甲基轉移酶，能使tRNAs和mRNA發生m5C甲基化修飾。為了探究NSUN2對HEK293細胞mRNA m5C甲基化修飾的影響。作者利用CRISP/Cas9技術敲減NSUN2（NSUN2-/-HEK293細胞）后進行
環狀－RNA－測序案例分析
案例：以結腸癌，卵巢癌，特發性肺纖維化及正常的人組織為例探討 circular RNAs 的富集與增殖的相關性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是構成生物體 RNA 網絡的一部分，而且研究者們推測 circular RNAs 與 miRNAs 一樣具有生物學功能。 目的
“RNA測序”通用模板新突破
通過檢測血液或尿液中少量的RNA來診斷或治療疾病是一個新興領域。隨著技術的進步，研究人員可以對RNA片段進行測序，但不同的人使用不同的方法來測序RNA，有時會得到不同的結果，這是影響成功的一個重大障礙，使得此領域很難取得進展。近來，密歇根大學Tewari教授的實驗室領導了美國和荷蘭的9個實驗室組
肝癌免疫治療新的途徑，肝癌患者新福音
?肝癌是世界上第六大常見癌癥，是全球第三大腫瘤死亡原因，全球約45%的肝癌都來源于我國。肝內膽管細胞癌（iCCA）是第二大原發性肝臟腫瘤（約占10%-15%），僅次于肝細胞肝癌。對于iCCA的治療十分有限，手術治療是iCCA唯一的潛在可治愈手段。但在手術后，iCCA有著很高的復發率，iCCA存在異質
單個循環腫瘤細胞RNA測序結果
由麻省總醫院，哈佛大學主持的一項最新研究發現了前列腺癌細胞對一種常見的癌癥治療方法產生抗性的原因，研究人員完成了前列腺癌單個循環腫瘤細胞的RNA測序，其中找到了非經典Wnt信號所起的關鍵作用。 這一研究成果公布在9月18日的Science雜志上。 Androgendeprivationthe
單核RNA測序的芯片現已上市
高通量的單核RNA測序方法——DroNc-Seq才剛剛在《Nature Methods》上發表。一轉眼，相應的芯片已經上市。Dolomite Bio公司針對DroNc-Seq推出一款新的芯片，可實現高通量的單核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的張鋒（Feng
RNA測序，真的有那么準確嗎？
RNA測序是遺傳學家工具箱中的一種常用工具。利用RNA測序，研究人員能夠定量地檢測各種生物體的基因表達，從而更好地了解細胞中正在發生的事情以及特定基因的功能。由于在藥物發現、疾病診斷和基因鑒定中具有潛在作用，RNA測序的應用似乎無極限。RNA測序的準確性早在2014年，《Nature Biotech
RNA測序發現雜交蟬遺傳證據
? 據英國《通訊·生物學》雜志近日發表的一項動物學研究，日本科學家通過RNA測序，出乎意料地發現了13年蟬與近親17年蟬雜交的遺傳證據，而這兩種蟬至少221年才相遇一次。研究顯示，雜交蟬在極其漫長時間里都維持了各自不同的生命周期，目前科學家無法就這種平行趨異演化給出遺傳學解釋。長期以來，周期蟬的生命
Science發表超深度線粒體RNA測序
蒙特利爾大學的一項新研究顯示，線粒體遺傳物質在個體內和個體間具有顯著的多樣性，而線粒體RNA上的修飾影響著我們每個人的身體健康。 線粒體基因組中的突變與多種疾病和生物學過程有關，然而此前人們還不了解線粒體轉錄組中的序列多樣性。這項研究通過超深度線粒體RNA測序，首次為人們展示了線粒體RNA
Nature－Methods發布新RNA測序技術
Santa Cruz公司和Rochester大學的研究人員開發了一種新的RNA測序技術。他們通過這一技術發現了許多此前未被檢測到的調控性小RNA。這一成果發表在八月三日的Nature Methods雜志上。 這個新技術可以在細胞中靈敏檢測到帶有化學修飾（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物體內
RNASeq和線粒體測序介紹
如今NGS已能夠快速經濟地閱讀數億個reads，所及之處遠超越基因組學（如RNA測序使轉錄組學發生革命性變化）。盡管NGS取得了諸多進步，但依然存在一些重大的挑戰。日前，牛津大學舉辦的“NGS七周年大會”聚焦了NGS面臨的挑戰，此次會議闡述了NGS領域最令人生畏的障礙，同時也闡述了跨越這些障礙的技術
一文讀懂測序技術、腸道菌群、肝癌免疫治療的三角關系
腫瘤免疫治療是腫瘤綜合治療模式中最活躍、最有前景的一種治療手段，Science將其評為2013 年“十大科學突破”之一。腸道是人體內最大的淋巴器官，存在超過70%的T細胞，是絕大多數記憶T細胞的居住地。腸道菌群可以通過直接物理接觸、代謝產物以及腸道粘膜結構成分改變等多種機制與宿主免疫系統相互作用
基于單細胞RNA測序繪制人類大腦高分辨率免疫細胞圖譜
近日，在德國弗賴堡大學醫學中心科學家的指導下，一個聯合研究團隊利用單細胞RNA測序技術繪制了首個人類大腦高分辨率免疫細胞圖譜！有史以來第一次證明大腦中的小膠質細胞（即吞噬細胞）具有相同的核心特征，并會根據大腦功能需求進行適應性表達，揭示了小膠質細胞的時間和空間異質性。2月14日，相關研究成果發表
DNA測序技術檢測肝癌－靈敏度高達95％
近日，由Exact Sciences和梅奧診所（Mayo Clinic）開發的基于血液的DNA測序panel在一項2期臨床驗證性研究中表現優異，能準確地檢測各個階段的肝癌，且檢測特異性超過常用的血清測試。這項新發明有望幫助肝癌患者盡早診斷并采取治療。 肝細胞癌（HCC）是最常見的一種原發性肝癌
“泛轉錄組”首次用于RNA測序分析
近日發表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉錄組”分析全基因組RNA測序數據的方法。 分析一個人的基因表達需要將他的RNA圖譜映射到一個標準參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內發揮功能。但當參照物不
“泛轉錄組”首次用于RNA測序分析
近日發表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉錄組”分析全基因組RNA測序數據的方法。 分析一個人的基因表達需要將他的RNA圖譜映射到一個標準參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內發揮功能。但當參照物
RNA測序深入了解皰疹病毒
近日，發表在《Nature Communications》上的一項研究中，研究人員利用單細胞RNA測序深入了解了皰疹病毒，為預防皰疹感染帶來了新的見解。 如果你的嘴唇開始刺痛發癢，通常意味著你將患上唇皰疹，這是一種小而令人疼痛的水泡，里面充滿了具有高度傳染性的單純皰疹病毒（HSV）。 單純皰疹
Nature：5種RNA測序法終極PK
近日，美國哈佛大學與麻省理工學院的研究人員，將5種不同的轉錄組測序( RNA -seq )法進行了對比，比較結果顯示 RNAse H 技術在分析低質 RNA 樣品方面優于其他技術，且價格最為便宜; SMART 和 NuGEN 法適應于分析少量 RNA 。兩篇研究論文在線發表在5月19日的
長鏈非編碼－RNA－測序案例分析
背景：人類壽命的延長伴隨著神經退行性疾病的發病幾率的增加，因而價格不貴的血液診斷的發展迫在眉睫。通過 RNA-seq 分析血液細胞的轉錄本是發現新的生物標志物的非常高效的途徑。 目的：利用 Illumina 測序平臺對帕金森病人白血球中 lncRNAs 進行分析，探討其對 mRNA 選擇性剪接的
RNA測序解析白血病轉錄組
巴塞羅那基因組調控中心Dr. Roderic Guigó領導研究團隊，對慢性淋巴細胞白血病進行了轉錄組分析，獲得了CLL相關基因和突變的功能圖譜。這項工作發表在Genome Research雜志上。 這一項目是西班牙慢性淋巴細胞白血病基因組聯盟的最新成果，該聯盟曾鑒定了涉及CLL發展的
NASA首次在太空完成RNA直接測序
去年底，美國宇航員在國際空間站首次完成了DNA測序，而不用將樣本運送回地球。如今，他們又利用Oxford Nanopore的MinION測序儀，在太空成功完成了RNA直接測序。 這項工作是基于前人的努力。2016年8月，美國宇航員Kate Rubins首次在微重力的環境下完成了DNA測序工作。
一次RNA甲基化測序的多項成果云序RNA甲基化測序技術...1
一次RNA甲基化測序的多項成果-云序RNA甲基化測序技術大公開文章導讀RNA修飾是表觀遺傳學中調控轉錄后基因表達的關鍵過程，目前對m6A RNA修飾的研究已進行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多種RNA修飾類型參與調控轉錄后的基因表達，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修飾以及ac
一次RNA甲基化測序的多項成果云序RNA甲基化測序技術...2
（二）云序客戶m6A RNA甲基化修飾表達譜，一次測序兩篇文章疾病：胃癌樣品：胃癌組織vs癌旁組織（6 vs 6）研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq4. m6A修飾對其修飾基因在胃癌中的異常表達及預后的潛在影響發表雜志：Frontiers in Genetics影響因子：3.258
科學家研發出預測肝癌復發的“肝癌免疫預警系統”
中國科學技術大學孫成研究組與合作者開發出全新的“肝癌免疫預警系統”——TIMES評分系統。TIMES評分系統如同腫瘤免疫的“天氣預報”，可以提前判斷肝癌是否會復發，為醫生提供更精準的治療決策。腫瘤宛若一座復雜的城市，而免疫細胞是城市中的“警察”，它們分布在不同的街區，守護著健康。但是，目前多數醫生在
研究揭示肝癌免疫逃逸新機制
中國科學院生物物理研究所楊鵬遠研究組和陳潤生研究組近期闡明了乙型肝炎病毒（HBV）相關肝癌外泌體中非編碼RNA HDAC2-AS2調控免疫逃逸新機制，該研究有望為HBV相關肝癌提供新的診療靶標。相關論文2月28日發表于《自然-通訊》。 HBV感染是中國肝癌的主要原因，我國大約80%的肝癌患者都