應用ArraystarChIRP測序和RNA測序于糖尿病性腎病研究
美國德克薩斯大學安德森癌癥研究中心Farhad R. Danesh教授主要從事腎臟病理的基礎與臨床研究。近期，其實驗室通過Arraystar RNA-seq發現lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠體內低表達。表達譜芯片及Arraystar CHIRP-seq等證明，Tug1能夠直接結合PGC-1α和Ppargc1α 上游啟動子區TBE元件，促進Ppargc1α基因表達，并最終影響糖尿病患者足細胞線粒體生物能。該研究成果刊登在國際頂級醫學期刊Journal of Clinical Investigation（IF=12.81）。（RNA-seq、表達譜芯片、CHIRP-seq由Arraystar提供技術服務）研究背景 糖尿病性腎病（DN）是美國常見的糖尿病微血管并發癥，也是導致晚期腎病的罪魁禍首。在DN病理相關因子的研究中發現，過氧化物酶體增殖物激活受體γ的輔因子1α（PGC-1α，由Ppargc1α ......閱讀全文
應用Arraystar－ChIRP測序和RNA測序于糖尿病性腎病研究
美國德克薩斯大學安德森癌癥研究中心Farhad R. Danesh教授主要從事腎臟病理的基礎與臨床研究。近期，其實驗室通過Arraystar RNA-seq發現lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠體內低表達。表達譜芯片及Arraystar CHIRP-seq等證明，Tug1能夠直接結合PGC
應用Arraystar－ChIRP測序和RNA測序于糖尿病性腎病研究
美國德克薩斯大學安德森癌癥研究中心Farhad R. Danesh教授主要從事腎臟病理的基礎與臨床研究。近期，其實驗室通過Arraystar RNA-seq發現lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠體內低表達。表達譜芯片及Arraystar CHIRP-seq等證明，Tug1能夠直接結合PGC
應用Arraystar－ChIRP測序和RNA測序于糖尿病性腎病研究
美國德克薩斯大學安德森癌癥研究中心Farhad R. Danesh教授主要從事腎臟病理的基礎與臨床研究。近期，其實驗室通過Arraystar RNA-seq發現lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠體內低表達。表達譜芯片及Arraystar CHIRP-seq等證明，Tug1能夠直接結
RNASeq和線粒體測序介紹
如今NGS已能夠快速經濟地閱讀數億個reads，所及之處遠超越基因組學（如RNA測序使轉錄組學發生革命性變化）。盡管NGS取得了諸多進步，但依然存在一些重大的挑戰。日前，牛津大學舉辦的“NGS七周年大會”聚焦了NGS面臨的挑戰，此次會議闡述了NGS領域最令人生畏的障礙，同時也闡述了跨越這些障礙的技術
雙RNA測序技術
在發表于《自然》（Nature）雜志上的一篇研究論文中， 由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發現，采用一種允許在感染過程中同時研究細菌與宿主小RNA的新技術，可以揭示出兩者轉錄譜的改變。該研究小組描繪了他們的技術、該技術如何更多地幫助了解細菌感染機制，以及在研究中獲得的重要發現
快速基因測序救命于襁褓
不明病因嬰兒將從中受益，但倫理問題引發擔憂 在只有兩個月大時，這個男孩就已命懸一線。他整個暫短的人生是在美國密蘇里州堪薩斯城兒童慈善醫院新生兒重癥監護室里度過的，內科醫生們絞盡腦汁地尋找導致其異常狀況的病因所在。2013年4月，這名男嬰的肝臟開始衰竭，醫護人員告訴他的父母前景不容樂觀。 隨
Nature發布突破性雙RNA測序技術
由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發現，采用一種允許在感染過程中同時研究細菌與宿主小RNA的新技術，可以揭示出兩者轉錄譜的改變。 在發表于《自然》（Nature）雜志上的研究論文中，這一研究小組描繪了他們的技術，為什么這一技術對于更多地了解細菌感染機制非常有用，以及在研究中獲
核糖核酸（RNA）測序
RNA在細胞中的穩定性較差，在實驗中也更容易受到核酸酶的攻擊。因為RNA是由DNA轉錄產生的，所以信息已經存在于細胞的DNA中。然而，有時也需要對RNA分子進行測序。雖然DNA測序給出了生物體的遺傳圖譜，但RNA測序卻反映了細胞中活躍表達的序列。為了給RNA測序，通常的方法是首先對從樣品中提取的
環狀－RNA－測序案例分析
案例：以結腸癌，卵巢癌，特發性肺纖維化及正常的人組織為例探討 circular RNAs 的富集與增殖的相關性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是構成生物體 RNA 網絡的一部分，而且研究者們推測 circular RNAs 與 miRNAs 一樣具有生物學功能。 目的
RNA甲基化測序
1、NSUN2影響m5C在HEK293細胞中整體分布情況NSUN2被報道是RNA甲基轉移酶，能使tRNAs和mRNA發生m5C甲基化修飾。為了探究NSUN2對HEK293細胞mRNA m5C甲基化修飾的影響。作者利用CRISP/Cas9技術敲減NSUN2（NSUN2-/-HEK293細胞）后進行
Nature：史上最大型RNA測序研究成果
來自日內瓦大學醫學院的研究人員領導一個歐洲科學家小組，發布了一張人類功能性遺傳變異的綜合圖譜。這一研究發表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技術》(Nature Biotechnology)雜志上，提供了有史以來RNA水平上最大的人類基因組與基因活性關聯數據集。 了解每
單細胞RNA測序，眾多研究都pick它
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
Diabetologia最新發表應用Arraystar－LncRNA芯片研究Ⅰ型糖尿病
瑞士洛桑大學Romano Regazzi教授長期從事糖尿病的基礎研究，在糖尿病發病機制研究方面做了很多重要工作。近期，Romano教授課題組應用美國Arraystar公司的Arraystar Mouse LncRNA芯片，發現了受到細胞因子調控并在Ⅰ型糖尿病發病過程中起到重要調控功能的長鏈非編碼
單細胞測序技術應用和發展現狀研究
一背景概況單細胞測序技術是指能夠在單個細胞的水平上，對基因組或轉錄組進行高通量測序分析的一項新技術。與傳統高通量測序相比，單細胞測序不僅能夠分析相同表型細胞的異質性，還能獲取難以培養微生物的遺傳信息以及珍貴的臨床樣本的信息，具有廣闊的應用前景。細胞是生命的單位，目前大部分的基因檢測均是從組織中抽提D
DNA芯片技術和RNA測序有啥不同？
?日本推理小說家東野圭吾的作品《白金數據》中描述了這樣一個未來世界：日本政府秘密建立名為“白金數據”的數據庫。該庫搜集了全國人民的DNA數據，通過對犯罪分子留在現場的毛發、體液等證物進行比對，警方可以高效、快速、準確鎖定真兇。借助“白金數據”的幫助，一個檢舉率100%、冤案率0%的理想法制社會構建完
tRF測序應用于Biomarker研究
南京醫科大學第一附屬醫院腫瘤科副主任醫師殷詠梅教授長期從事消化道腫瘤和乳腺腫瘤的內科治療，近來，其實驗室利用tRF&tiRNA測序，發現在曲妥單抗敏感和耐受的乳腺癌細胞中，tRNA來源的小非編碼RNA分子tRF&tiRNA表達差異顯著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-ZDX
教你輕松玩轉環狀RNA測序加機制研究（二）
3.gga-miR-373 通過與YAP1的3’UTR區結合負調控YAP1的表達，并且過表達gga-miR-375可減弱EMT生信預測揭示YAP1是gga-miR-375的潛在靶基因，進一步的雙熒光素酶報告基因證實了gga-miR-375可通過結合YAP1的3’UTR區抑制YAP1的表達；在體外細胞
教你輕松玩轉環狀RNA測序加機制研究（一）
從表達譜至海綿機制完美進階，教你輕松玩轉環狀RNA測序加機制研究文章導讀：禽白血病病毒J亞群(ALV-J)屬于逆轉錄病毒屬，慢病毒亞科的家族成員，可引起禽類多種腫瘤性疾病，如骨髓細胞瘤、肉瘤、血管瘤、腎腫瘤和成紅細胞增多癥，以及禽類骨髓白血病，導致受感染雞的高死亡很率。該分散的ALV-J菌株分布廣泛
“RNA測序”通用模板新突破
通過檢測血液或尿液中少量的RNA來診斷或治療疾病是一個新興領域。隨著技術的進步，研究人員可以對RNA片段進行測序，但不同的人使用不同的方法來測序RNA，有時會得到不同的結果，這是影響成功的一個重大障礙，使得此領域很難取得進展。近來，密歇根大學Tewari教授的實驗室領導了美國和荷蘭的9個實驗室組
－Pacbio單分子實時測序技術于藥用植物基因組研究應用
藥源短缺成為限制臨床治療和新藥研發的最大瓶頸，因此，開發新的藥物來源途徑是迫切需要解決的問題。利用現代生物技術和次生代謝工程手段是未來生產藥物最有潛力的發展方向。我國藥用植物有1 萬多種，大多數藥用植物遺傳背景不清楚，基因組信息缺乏，遺傳信息和功能基因的研究亦極為薄弱。例如人參屬（Panax）
基因測序儀的定義和應用
基因測序儀又稱DNA測序儀，是測定DNA片段的堿基順序、種類和定量的儀器。主要應用在人類基因組測序、人類遺傳病、傳染病和癌癥的基因診斷、法醫的親子鑒定和個體識別、生物工程藥物的篩選、動植物雜交育種等方面。
DNA測序的功能和應用特點
DNA測序（DNA sequencing，或譯DNA定序）是指分析特定DNA片段的堿基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤（G）的排列方式。快速的DNA測序方法的出現極大地推動了生物學和醫學的研究和發現。在基礎生物學研究中，和在眾多的應用領域，如診斷，生物技術，法醫生物學，
王澤峰研究員發布RNA測序重要成果
細胞周期的推進很大程度上依賴于周期性基因表達。王澤峰（Zefeng Wang）研究員領導北卡羅來納大學的研究團隊，繪制了細胞周期的高分辨率轉錄組圖譜，揭示了周期性基因與癌癥之間的新關聯。這項重要的研究成果于七月一日發表在Cell Research雜志上。王澤峰研究員2015年將實驗室移到中國上海
Science發表有里程碑意義的RNA測序研究
全基因組關聯研究（GWAS）鑒定了數百個心血管代謝疾病（CMD）的風險位點。這些DNA位點大多位于非編碼區域，但人們對相應的基因調控機制還知之甚少。西奈山伊坎醫學院的研究人員對六百名冠心病患者的不同組織進行了基因分型和RNA測序。 “通過分析多個組織的基因表達數據，我們鑒定了在單一組織起作用的
BGISEQ500測序應用性能測試結果發表于GigaScience
深圳華大生命科學研究院宏基因組研究所轉化應用實驗團隊首次公開了使用BGISEQ-500對健康人群腸道樣本進行深度宏基因組測序的數據，并通過一系列的性能評估，展示了BGISEQ-500宏基因組測序應用性能的優異性、準確性、穩定性及跨平臺一致性，相應成果發表于GigaScience。 BGIS
二代測序的焦磷酸測序，合成法測序，連接法測序和離子半導體測序原理
不同的二代測序平臺的區別主要體現在測序反應的技術上，這些差別可以分為4類： 焦磷酸測序，合成法測序，連接法測序和離子半導體測序。焦磷酸測序 在焦磷酸測序中，測序反應通過每個核苷酸結合過程中釋放的焦磷酸來調控。釋放的焦磷酸參與了一系列化學反應從而導致鏈光的產生。發出的光由記錄基因蔟相應序列的相
焦磷酸測序復性和準確性可與Sanger測序法媲美
在Sanger測序問世后約20年的時間里，幾乎所有的核苷酸序列都是由其測出來的。但是其通量已經達到了極限，每個反應步驟需花費很長時間，難以實現基因組水平的大規模測序。另外，在實際工作中，需要對已知序列的DNA片段進行重新測序，而這種分析往往需要檢測幾十個堿基即可。在這種情況下，花費數十小時獲取幾
Nature－Methods發布新RNA測序技術
Santa Cruz公司和Rochester大學的研究人員開發了一種新的RNA測序技術。他們通過這一技術發現了許多此前未被檢測到的調控性小RNA。這一成果發表在八月三日的Nature Methods雜志上。 這個新技術可以在細胞中靈敏檢測到帶有化學修飾（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物體內
單核RNA測序的芯片現已上市
高通量的單核RNA測序方法——DroNc-Seq才剛剛在《Nature Methods》上發表。一轉眼，相應的芯片已經上市。Dolomite Bio公司針對DroNc-Seq推出一款新的芯片，可實現高通量的單核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的張鋒（Feng
單個循環腫瘤細胞RNA測序結果
由麻省總醫院，哈佛大學主持的一項最新研究發現了前列腺癌細胞對一種常見的癌癥治療方法產生抗性的原因，研究人員完成了前列腺癌單個循環腫瘤細胞的RNA測序，其中找到了非經典Wnt信號所起的關鍵作用。 這一研究成果公布在9月18日的Science雜志上。 Androgendeprivationthe