科學家呼吁關注全球基因組數據庫污染
樣品處理有可能是導致DNA數據庫廣泛污染的最主要原因 2月16日發表在《公共科學圖書館·綜合》(PLoS ONE)期刊上的一份研究報告稱康涅狄格大學的遺傳學家Mark Longo及同事發現由頂級公共測序機構提供的測序結果構建的基因組數據庫中的大約1/5的細菌、植物和非靈長類動物基因組數據受到了人類DNA的污染,樣品處理有可能是導致DNA數據庫廣泛污染的最主要原因。這一研究報告引起了生物研究人員及各大權威媒體的高度關注,《科學家》(The Scientist)雜志以及《自然》(Nature)雜志均在其官方網絡上第一時間對這一事件進行了報道。 Mark Longo等在報告中呼吁科學家們需更加努力以確保測序獲得的基因組不受到污染,并應對來自公共基因組數據庫的基因組進行潛在污染檢測。 “基因組污染是一個大問題,但卻不是一個新問題,”加州大學進化生物學家、美國能源部聯合基因組研究所系統發育基因組學計劃負責人Jonat......閱讀全文
北京基因組所開發完成DNA甲基化重編程數據庫
DNA甲基化是一個重要的表觀遺傳標記,在胚胎早期發育過程中起到至關重要的作用,不同物種所采用的機制亦各不相同。因而,整合多個物種的海量甲基化數據并提供在線的數據瀏覽、獲取及其功能分析,可幫助更多研究人員深入探析不同物種在早期發育時期的DNA甲基化差異,并揭示其DNA甲基化重編程過程與機制。
基因組所完成開發RiceWiki數據庫
近日,中國科學院北京基因組研究所章張研究員課題組與北京理工大學、中國林業科學研究院及華中農業大學合作開發完成RiceWiki數據庫。該數據庫是基于維基百科的水稻基因信息平臺,是可編輯且內容公開的公眾注釋系統。研究成果在Nucleic Acids Research雜志發表。 水稻是人類重
Rab-GTPases-Mark-Targets-In-The-Endocytotic-Machinery
The eukaryotic cell contains compartments with distinct functions bounded by lipid bilayer membranes. The movement of membrane vesicles between these
我國首個尋親DNA數據庫在京建立
?? 科技日報消息,我國第一個專門面向失散人員的尋親DNA數據庫日前在京宣告建立。據數據庫建設方中科院北京華大方瑞司法物證鑒定中心的有關負責人介紹,通過該庫,尋親工作將變得方便快捷。同時,該庫將免費為我國失散人群提供尋親幫助,包括港澳臺地區。 ??? 據悉,該庫的第一批樣本檢測用試劑已經得到了美國
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank-3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0,并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題,在線發表在Nucleic Acids Rese
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank-3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0,并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題,在線發表在Nucleic Acids Rese
科學家呼吁關注全球基因組數據庫污染
樣品處理有可能是導致DNA數據庫廣泛污染的最主要原因 2月16日發表在《公共科學圖書館·綜合》(PLoS ONE)期刊上的一份研究報告稱康涅狄格大學的遺傳學家Mark Longo及同事發現由頂級公共測序機構提供的測序結果構建的基因組數據庫中的大約1/5的細菌、植物和非靈長類動物基因
全球藥典草藥基因組數據庫已上線
近期,中國中醫科學院中藥研究所團隊建立了全球藥典基因組數據庫(GPGD)。該數據庫是全球首個針對藥典收載草藥物種的大型基因組學數據庫。相關研究成果發表在《Science China-Life Sciences》雜志,標題為“Global Pharmacopoeia Genome Database
科學家搭建草莓基因組數據庫
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓為薔薇科草莓屬,因芳香多汁、營養豐富受到喜愛,在全國各地均可種植。栽培草莓為異源多倍體,基因組復雜,雜合度高。 2019年,《自然—遺傳學》發表了利用三代測序數據組裝的高
英政府設數據庫保留無罪者DNA
據《自然》網站報道,今年早些時候,英國政府曾計劃將無罪的普通人的DNA保留在其大型公安數據庫中,一時間引起輿論紛紛。歐洲人權法庭后來裁決,無罪者的DNA不應該被保留。 近日據英國媒體報道,從一些泄露出來的電子郵件得知,英國政府仍然決定保留無罪者的DNA,但時間不是之前所稱的12年,而是6年
Phosphoamino-acid-analysis:Mark-Kampss-method
Phosphoamino acid analysis:Mark Kamps's method1.?Label your protein with 32Pi.?Then subject the protein to SDS polyacrylamide gel electrophoresis
BioMark?基因分析系統介紹
美國Fluidigm公司www.fluidigm.com創立于1999年,總部設在美國加州。其創始人是Steve Quake和Gajus Worthington(公司CEO)。Steve Quake是美國斯坦福大學教授,是微液流領域(Microfluidic Technology)的權威專家http
基因組DNA的提取
第一節 概 述DNA的提取通常用于構建文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇,的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中,可用玻棒將其取出,而小分子DNA則只形成顆粒狀沉淀附于壁上及底部,
基因組DNA的提取
基因組DNA的提取概 述? 基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇,基因組的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中, 可用玻棒將其取出,而小分
基因組DNA的定義
中文名稱基因組DNA英文名稱genomic DNA定 義組成生物基因組的所有DNA。應用學科生物化學與分子生物學(一級學科),核酸與基因(二級學科)
純化DNA實驗_基因組DNA的快速純化
試劑、試劑盒尾部緩沖液蛋白酶 K儀器、耗材離心管玻璃棒實驗步驟第 1 天1. 大約 1.5 cm 長的尾部活檢樣品放在一個 1.5 ml 盛有 0.7 ml 尾部緩沖液的小離心管中,加 35 ul 10 mg/ml 蛋白酶 K,在 55℃ 振搖溫育過夜。尾部緩沖液(配 25 ml)50 mmol/L
北京基因組所構建完成質體基因組結構變異數據庫
多相催化是實現高效定向化學轉化的關鍵技術,其中的一個重要基礎科學問題是如何通過精確設計和調控催化活性位結構及所在環境,從而強化其定向催化功能并創造新型高效催化劑。近日,中國科學技術大學熊宇杰教授課題組和江俊教授課題組繼在電催化體系中提出表面極化概念后,再次通過與黃偉新教授課題組合作,證實界面極化
北京基因組所開發系列特色科學數據庫
近日,中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心(BIG Data Center,BIGD)有七篇數據庫文章在國際學術期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)雜志在線發表,并將于該刊2019年1月出版的數據庫專刊中集中刊發。包括表觀組關聯分析知識庫EWAS Atlas
北京基因組所開發系列特色科學數據庫
近日,中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心(BIG Data Center,BIGD)有七篇數據庫文章在國際學術期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)雜志在線發表,并將于該刊2019年1月出版的數據庫專刊中集中刊發。包括表觀組關聯分析知識庫EWAS Atlas
血基因組DNA提取實驗——血基因組DNA-試劑盒提取法
血基因組DNA提取可用于:(1)從凍全血、血漿、血清、骨髓、其他體液、淋巴細胞、培養細胞、病毒和線粒體中提取DNA;(2)用于后續測序、遺傳信息學等研究。實驗方法原理采用特殊的細胞裂解和蛋白去除液(包括蛋白酶K 裂解)從抗凝全血中得到基因組DNA。實驗材料抗凝全血試劑、試劑盒血基因組DNA 試劑盒儀
DNA數據庫:游走在科學與倫理的邊緣
你可以拋棄你的電腦,并留下你的手機在家里,但你不能逃脫你的DNA,因為他是屬于你的唯一特征,但是現在它被越來越多的貢獻給了某些政府當局。 世界各國當局政府打著打擊恐怖主義和犯罪的旗號,正在搜集數以百萬計公民的遺傳信息。以美國為代表,最高法院近期就備份了許多被捕嫌疑人的DNA數據信息。英國警
血基因組DNA提取實驗
實驗方法原理 本試劑盒采用特殊的細胞裂解和蛋白去除液(包括蛋白酶K 裂解)從抗凝全血中得到基因組DNA。適用于從凍全血、血漿、血清、骨髓、其他體液、淋巴細胞、培養細胞、病毒和線粒體中提取DNA。實驗材料 抗凝全血試劑、試劑盒 血基因組DNA 試劑盒儀器、耗材 96孔深孔板96圓孔板96孔DNA制備板
基因組DNA的快速純化
第 1 天1. 大約 1.5 cm 長的尾部活檢樣品放在一個 1.5 ml 盛有 0.7 ml 尾部緩沖液的小離心管中,加 35 μl 10 mg/ml蛋白酶 K,在 55℃ 振搖溫育過夜。尾部緩沖液(配 25 ml)50 mmol/L Tris,pH 8??????????????????????
細菌基因組DNA提取實驗
細菌基因組DNA提取可應用于:(1)獲得細菌基因組DNA;(2)作為PCR模板;(3)用于測序、遺傳信息分析等。實驗方法原理本試劑盒采用獨特的細胞裂解和相分離技術,結合DNA 制備膜選擇性地吸附DNA 的方法達到純化基因組DNA 的目的。適合于從1.0x109?細菌中獲得多至20 ug 的基因組DN
植物基因組DNA的RFLP
實驗概要本實驗介紹了植物基因組DNA的RFLP多態性分析的原理及操作步驟。通過本實驗可了解不同植物或同一植物不同個體之間基因組DNA順序的差異性,掌握DNA限制性酶切片段長度多態性研究的基本方法。實驗原理DNA多態性是指DNA堿基順序的差異性。這種差異性不僅存在于不同的植物之間,也存在于同一種植物的
血基因組DNA提取實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 采用特殊的細胞裂解和蛋白去除液(包括蛋白酶K 裂解)從抗凝全血中得到基因組DNA。 實驗材料 抗凝全血
小鼠肝基因組DNA制備
原理DNA 以核蛋白形式存在于細胞核中,制備 DNA 的原則是既要將 DNA 與蛋白質、脂類和糖類等分離,又要保持 DNA 分子的完整。蛋白酶K 及鏈霉蛋白酶 E 的應用使這兩個原則得到了保證。蛋白酶K 或鏈霉蛋白酶 E 均為廣譜蛋白酶,其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。
細菌基因組DNA提取實驗
實驗方法原理 本試劑盒采用獨特的細胞裂解和相分離技術,結合DNA 制備膜選擇性地吸附DNA 的方法達到純化基因組DNA 的目的。適合于從1.0×109 細菌中獲得多至20 μg 的基因組DNA。用于PCR、Southern 印跡分析、RAPD、RFLD 等分子生物學實驗。實驗材料 細菌培養物
小鼠肝基因組DNA制備
原理DNA 以核蛋白形式存在于細胞核中,制備 DNA 的原則是既要將 DNA 與蛋白質、脂類和糖類等分離,又要保持 DNA 分子的完整。蛋白酶K 及鏈霉蛋白酶 E 的應用使這兩個原則得到了保證。蛋白酶K 或鏈霉蛋白酶 E 均為廣譜蛋白酶,其重要特性是能在 SDS 和 EDTA 存在下保持很高的活性。
擬南芥基因組DNA的提取
實驗概要本實驗介紹了用CTAB法提取擬南芥基因組DNA。主要試劑CTAB提取液(2%CTAB,50mMEDTA,50mM Tris-HCl,PH 8.0,0.84M NaCI,0.05%巰基乙醇),氯仿,無水酒精,70%的酒精主要設備1.5 mL離心管,65℃水浴鍋,高速離心機,研缽實驗材料擬南芥葉